第三届蓝桥杯决赛试题：DNA比对

题目

DNA比对

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。
DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。
为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：
1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT
2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT
3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT
如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。
例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2
你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。
【输入、输出格式要求】
用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。
接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）
程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。
例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT
则程序应输出：
1
1
2
【注意】
请仔细调试！您的程序只有能运行出正确结果的时候才有机会得分！
在评卷时使用的输入数据与试卷中给出的实例数据可能是不同的。
请把所有函数写在同一个文件中，调试好后，拷贝到【考生文件夹】下对应题号的“解答.txt”中即可。
相关的工程文件不要拷入。
源代码中不能使用诸如绘图、Win32API、中断调用、硬件操作或与操作系统相关的API。
允许使用STL类库，但不能使用MFC或ATL等非ANSI c++标准的类库。
例如，不能使用CString类型（属于MFC类库），不能使用randomize, random函数（不属于ANSI C++标准）

代码dp, 参考博客https://blog.csdn.net/qsyzb/article/details/27372073

// DNA 比对
#include <bits/stdc++.h>
using namespace std;

int N;
vector<int> ivec;

int dp[10005][10005];

int getDistance(string fs, string ss)
{
    int len1 = fs.size();
    int len2 = ss.size();
    for(int i=0; i<len1; ++i) {
        dp[i][0] = i;
    }
    for(int i=0; i<len2; ++i) {
        dp[0][i] = i;
    }

    for(int i=1; i<=len1; ++i) {
        for(int j=1; j<=len2; ++j) {
            if(fs[i-1]==ss[j-1]) {
                dp[i][j] = dp[i-1][j-1];
            } else {
                dp[i][j] = min(min(dp[i-1][j]+1,dp[i][j-1]+1),dp[i-1][j-1]+1);
            }
        }
    }

    return dp[len1][len2];
}


void init()
{ 
    cin >> N;
    string fs, ss;
    for(int i=0; i<N; ++i) {
        cin >> fs >> ss;
        ivec.push_back(getDistance(fs,ss));
    }
}



int main()
{
    init();

    for(vector<int>::iterator it=ivec.begin(); it!=ivec.end(); ++it) {
        cout << *it << endl;
    }


    return 0;
}