本体Ontology
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暮春小友
这个作者很懒,什么都没留下…
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Protege中类名为中文,插件OWLViz生成关系图时都重叠在左上角
我们平常使用国外的软件,最痛苦的莫过于软件的中文问题。如果说界面是英文的我们勉强可以接受的话,那软件中压根儿不支持中文字符的输入就让人太郁闷了。protege虽然是斯坦福出品,但毕竟是外国货,对中文的支持实在有点差劲。 在protege的图形化显示中会用到一个很原创 2011-09-19 16:28:20 · 8637 阅读 · 17 评论 -
胃肠道内窥镜检查本体(An Ontology for Gastrointestinal Endoscopy)
摘要:胃肠道内窥镜领域可以由出于数据编码和数据集成目的的本体中获益。本文介绍了一些早前尝试基于OBO Foundry原则和已经存在的OBO Foundry本体而开发本体的结果。起初,本体仅用于表示实体和关系,而现在则隐式或硬编码于已存在的内窥镜报告系统的用户界面上。本体还被映射到已存在的数据库上以评估本体驱动查询的可行性。长期的目标是使本体发展为独立于应用的胃肠道内窥镜检查领域的术语学和信息模型。翻译 2012-03-22 17:27:19 · 1147 阅读 · 0 评论 -
建模问题及解决方案:由生物教材构建分类(Modeling Issues and Solutions:Building a Taxonomy from a Biology Textbook)
1 引言我们在Halo项目中的任务之一是根据进阶生物学教材的词汇表术语创建分类。Halo项目的目标是构建能够回答并解决广泛的科学学科中的新奇和高级问题的推理系统。为了实现这一目标,分类结果将被用作将生物教材中的段落翻译为推理系统所能操作的逻辑公式的基础。为了辅助展开我们的工作,我们输入2400个来自教材电子词汇表的词汇表术语和定义字符串到OWL格式的Collaborative Pr翻译 2012-03-22 11:05:37 · 1575 阅读 · 0 评论 -
owl_cpp,一个用于操作OWL本体的C++类库(owl_cpp, a C++ Library for Working with OWL Ontologies)
说明:由于我近期工作涉及生物本体,然而国内有关本体的时新文章较少,因此翻译ICBO2011会议的部分论文,与本体领域的研究者和爱好者分享。本人翻译水平有限,如果大家英文水平不错,还是推荐直接看原文。摘要:这里我们介绍owl_cpp(http://sf.net/projects/owl-cpp/),它是一个开源的C++类库,用于对OWL2本体进行语法分析、查询和推理。owl_cpp使用R翻译 2012-03-21 10:53:22 · 3136 阅读 · 5 评论 -
血液本体:血液学领域的本体(The Blood Ontology-An Ontology in the Domain of Hematology)
说明:由于我近期工作涉及生物本体,然而国内有关本体的时新文章较少,因此翻译ICBO2011会议的部分论文,与本体领域的研究者和爱好者分享。本人翻译水平有限,如果大家英文水平不错,还是推荐直接看原文。摘要:尽管人类血液对于临床实践与研究的重要性众所周知,然而血液学与血液注入数据仍然分散在众多的异构资源中。由于对术语的使用与定义缺乏系统化的关注,这样就给医生和生物医学专业人员带来问题。我们翻译 2012-03-16 17:36:05 · 1050 阅读 · 2 评论 -
生物相关的化学实体(ChEBI)本体的最近发展(Recent Developments in the ChEBI Ontology)
引言ChEBI——生物相关的化学实体(Chemical Entities of Biological Interest)——是诸如分子、离子这些化学实体以及它们在生物领域的角色所形成的本体。到2011年4月为止,它已经包含了总共大约25,000个类。这里,我们对本体中的最新发展和变化给出报告,并对影响未来变化的现有工作给予简要概括。1 最近变化1.1 映射顶级本体BFO为了翻译 2012-03-23 17:12:44 · 2343 阅读 · 0 评论 -
Jena学习笔记
Jena是Java语言编写的操作RDF文档的接口。现在我主要是用它将protégé生成的本体模型存入数据库,并且今后可能同样使用Jena来修改数据库中的本体数据。关于Jena的学习方法,我从网上搜了一些,觉得用处不大。探索发现:学习Jena自己的文档才是王道!(http://原创 2011-09-26 11:35:14 · 2149 阅读 · 5 评论 -
本体学习方法及开发过程小结
近期学习了一点儿有关本体的东西,当中遇到不少问题因而求助于网络,却发现问问题的人多,正确解答的人少,且没能发现有完整梳理本体学习方法及开发过程的文章,因此对近期我的学习经历稍作小结,以供本体学习爱好者参考。(一)本体的概念 本体(Ontology)是近年来计原创 2011-09-19 16:47:44 · 2655 阅读 · 4 评论 -
jena无法createmodel的解决方法
今天在iMarine的博客中看到一篇文章《使用Jena将本体存入MySQL——文档和例子》,里面的例子非常好,所以想尝试一下。结果总是抛出异常。debug发现错误出在Model defModel = maker.createModel("MyOntology");这一句,也就原创 2011-09-19 16:49:43 · 810 阅读 · 0 评论 -
protege中使用推理机
《Protege新手入门(推理篇)》里推荐的推理机是http://www.racer-systems.com/中的RacerPro。但是我很悲催地发现它竟然是付费使用。虽然有免费使用到10月份的版本,但是下载下来却不会用。另外也有学生版的可以使用到明年4月份,但是申请步骤非常繁琐原创 2011-09-19 16:26:25 · 6369 阅读 · 4 评论 -
关于protege的dot error的疑问
在使用protege的过程中,我想使用OWLViz来进行图形化展示。按照网上的方法到http://www.graphviz.org/Download_windows.php下载了最新版本的graphviz-2.28.0.msi,安装后,使用OWLViz标签时却总是弹出dot error。试了网上好些方法,如http://bbs.xml.org.cn/dispbbs.asp?boardID=2&ID原创 2011-09-19 16:20:40 · 2301 阅读 · 3 评论