R
klcola
此人很懒,但也不是什么都没有写
展开
-
MacOS 下 Emacs 安装及 ESS 配置
安装 Emacs在这里下载 Emacs 安装https://emacsformacosx.com/安装完成后,emacs 的可执行文件路径是/Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs 执行如下操作mkdir $HOME/bincd $HOME/binln -s /Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs emacs修改 .profile 文件,将 $HOME/bin 目录添加到 PATH 中原创 2022-01-14 20:28:37 · 1070 阅读 · 0 评论 -
在 Ubuntu Linux 系统中安装软件时如何指定版本号
ubuntu 系统官方的软件仓库一般会为某个软件提供几种版本供用户选择安装,如果不指定版本号,系统会默认选择最新的稳定版进行安装。但工作中经常会因为兼容性的问题,需要我们安装某个软件的具体版本,这个时候该如何操作呢?首先,我们可以查看系统中某个软件都提供了哪些版本可供安装,这可以利用 apt-cache madison 命令来实现,废话不多说,直接看 bash 命令行代码$ apt-cache madison r-base r-base | 4.0.2-1.1804.0 | https://cl原创 2020-09-13 16:20:27 · 5503 阅读 · 2 评论 -
利用 ggplot2 绘制 Seurat 对象中的 tSNE 或 UMAP 图
Seurat 软件自带的绘图函数 DimPlot 虽然也提供了一些参数来供我们调整图形,但有时仍然有些你希望的功能不太容易实现,比如将细胞聚类分成三组,每一组是一种颜色,利用 DimPlot 就不容易实现(步骤比较繁琐:需要给细胞的 meta.data 增加额外的分组标识列,然后用 group.by 参数来为不同的分组上色)。一种更灵活的方法是把 tSNE 或者 UMAP 降维的信息从 seurat 对象中提取出来,并利用 ggplot 作图。具体代码如下:## 假设我们有 Seurat 对象存储在 s原创 2020-08-21 15:51:22 · 11480 阅读 · 2 评论 -
R 中如何对 data.frame 中的数字进行格式化?
使用 R 语言内置的 format() 函数请注意,format() 函数是个泛型函数(generic function),该函数默认是针对 list 类型的。比如:> x2 <- c(0, 0.1, 0.12, 0.123, 0.1234)> format(x2, digits = 3)[1] "0.000" "0.100" "0.120" "0.123" "0.123...原创 2020-02-13 18:50:50 · 931 阅读 · 0 评论 -
R install.packages 如何从源代码包安装?
很简单,示例代码如下install.packages("/home/klcola/Matrix.utils_0.9.7.tar.gz", repos = NULL, type="source")原创 2020-02-11 12:01:14 · 3807 阅读 · 2 评论 -
R 语言中如何调整 matrix 和 dataframe 中列的顺序
生物信息工作的一大苦恼就是经常需要在各种语言之间切换,Java、Bash、R、Python、C/C++、Perl,甚至还有 H/ML5/CSS/Javascript,有些常用,有些隔数月乃至数年用到一次。以至于经常是逻辑上知道一个事情该怎么做,一个功能该怎么实现,却发现找不到合适的 API。尤其是 R 语言,由于和 Java/Python 这样的传统编程语言面向的主要应用场景不同,导致做同样事情的...原创 2019-12-30 15:19:50 · 20114 阅读 · 0 评论