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RSS订阅原创 visdom的使用
再打开浏览器localhost:8097可以实时看到训练结果。这是因为使用visdom需要提前在终端运行。这种错误 但程序是能正常运行的。
2023-03-20 15:27:11
2117
原创 Improving unsupervised stain-to-stain translation using self-supervision and meta-learning
该论文利用CycleGANs用于肾脏病理图像的染色转换，并且提出了两个新颖的方法来改善翻译性能。首先，将一个初级的分割网络结合到cycleGAN用于自监督应用导向性通过语义知道优化的翻译网络；其次，在翻译输出处结合了额外的通道来间接分离人工的元信息。
2023-03-13 15:46:20
2183
原创 Whole-cell segmentation of tissue images with human-level performance using large-scale data annotat
论文review
2022-11-06 20:42:27
2550
1
原创 RuntimeError: Error(s) in loading state_dict for DataParallel: Missing key(s) in state_dict: “modul
解决：加个False
2022-05-03 15:11:47
774
原创 在调模型测试test代码中遇到的问题
1.test中出现的问题RuntimeError: Input type (torch.cuda.FloatTensor) and weight type (torch.FloatTensor) should be the same原因：model没有加载到cuda里面，而数据在cuda中。解决：在model.eval（）之前加model.cuda()把模型加载到cuda里面2.问题TypeError: sigmoid(): argument 'input' (position
2022-04-14 12:09:47
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原创 RIC-Unet: An Improved Neural Network Based on Unet for Nuclei Segmentation in Histology Images
一、Method在论文中，使用TCGA的数据集中的30张全幅数字病理切片，仅仅用每个病人的一张WSI切片，以最大限度地增加细胞核外观变化。由于处理WSI的计算要求很高，WSI被裁剪为大小为1000*1000的子图像，这些子图像来自细胞核密集的区域且一个病人选一张WSI,每一个子图被标注了边界，细胞核和背景分开。为了增加细胞核外观的多样性，这些图片覆盖七种不同的组织区域。此外，数据集分离16个子图作为训练和验证集，这包括13372个细胞核；14个子图作为测试集，包括8251个细胞核，被标注好的细胞边界的数
2022-04-11 21:25:12
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原创 Joint fully convolutional and graph convolutional networks for weakly-supervised segmentation of
Author: Jun Zhang期刊：MIA背景在数字病理中，组织区域分割是必不可少的，先前的研究通常需要全监督（例如像素级别的标注），然而这种标注是比较难得的。相关贡献这篇文章的主要贡献如下：1.用了图像级别前景区域的标签作为弱标签。2.用动态超像素操作连接FCN和GCN，使得用端到端的方式训练我们的FGNet成为可能。3.用弱监督学习策略预热提出的FCN模型。最后结果可以与强监督模型相匹敌。方法大致流程：输入图像经过FCN得到像素级别的特征。根据特征生成
2022-04-06 10:55:49
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原创 解决CUDA error: out of memory
前情提要：本人遇到的问题是在训练是正常，一到验证时就会出现cuda error: out of memory的问题解决思路溯寻：1.首先就是考虑减少batch_size和num_worker，对于我的情况不奏效2.然后找到pin_memory发现是设置的True，改为false，仍旧不管用3.包括把 # Empty GPU cache if torch.cuda.is_available(): torch.cuda.empty_cache()...
2022-03-30 19:16:41
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原创 解决Expected object of scalar type Long but got scalar type Float一系列问题
查阅攻略说要在targets后面加long()结果：出现新的问题，包括用torch.squeeze(targets)也不好使最后发现是cross_entropy 那里出了问题，改成BCELoss后加一句：解决了问题
2022-03-25 18:44:38
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原创 DDTNet: A Dense Dual-Task Network for Tumor-Infiltrating Lymphocyte Detection and Segmentation
DDTNet: 乳腺癌组织病理学图像中肿瘤浸润淋巴细胞检测和分割的密集双任务网络HE染色图像中浸润淋巴细胞的形态评估对于乳腺癌的诊断预后和治疗都至关重要。DDTNet同时实现组织病理学图像中TIL的自动检测和分割。DDTNet包括一个主干网络（例如特征金字塔网络）用于提取多尺度的形态特征，一个检测模型用于定位TIL中心和一个分割网络，用于TIL边界描绘，其中一个边界意识分支进一步被用于提供一个优于分割的形状。在本文，一个新型的DDTNet被提出用于同时进行淋巴细胞的检测和分割。检测和分割模型
2022-03-25 13:12:59
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原创 conda 安装albumentations
pip不能用，用conda 装 记录一下conda install -c conda-forge imgaugconda install -c conda-forge albumentations
2022-03-24 13:53:23
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原创 Hierarchical graph representations in digital pathology
Author: Pushpak PatiPublication: Medical image analysisIntroduction组织标本的癌症诊断、预后和治疗反应预测高度依赖表型和构成组织实体的拓扑分布。因此，适当的组织代表编码组织实体是计算机辅助癌症患者护理的当务之急。为此，有几种方法利用细胞图，捕捉细胞微环境，以描绘组织。这允许利用图论和机器学习将组织表示映射到组织功能，并量化他们的关系。虽然细胞信息是至关重要的，但它是不完整的综合表征复杂的组织结构。在此，他们将组织作为多种类型的组织
2022-03-22 14:00:13
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原创 远程桌面连接不上后的端口映射方法
但是会发现跟服务器连同一个路由器下的电脑利用路由器下的IP可以访问，说明之前访问的服务器IP已经改变，这时需要登录路由器进行端口映射。步骤如下：1..2.点击路由设置还是应用管理？记不清了，反正就是找到虚拟服务器3.IP地址一栏填写在上网设置里面显示的IP4.填写完可以在终端里面用ifconfig看10.开头的IP，进行访问目前还没有实现，有帮助到解决问题的情评论留言交流...
2022-03-22 09:48:35
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原创 from albumentations.pytorch import ToTensorV2ImportError: cannot import name ‘ToTensorV2‘
python报错解决
2022-03-22 09:29:24
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原创 Hover-net: Simultaneous segmentation and classification of nuclei
期刊：Medical Image AnalysisAuthor: Simon Graham, Quoc Dang Vu等Background:同时进行核分割和分类方法的发展使得在一个全切片病理图像中定量分析成千上万个核成为可能。Method1.整体流程这是论文提出方法的整体流程图，输入的图像会进行三个分支的任务，一个是进行分类;一个是进行像素是否为核像素的预测，还有一个是核像素距离核像素集合质心水平垂直距离图的预测，后两个任务共同完成图像的细胞核分割任务。像素预测判断出像素.
2022-01-20 10:42:32
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原创 ubuntu用gdc-client从TCGA上下载数据的步骤
1.下载1. GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons下载gdc-client到 Downloads2.在Downloads下打开终端输入： unzip gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip解压gdc-client，直接解压到Downloads3.在Downloads下打开终端后输入 ./gdc-client -h 可以看到4.输入 ./gdc-c...
2022-01-17 17:14:47
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原创 解决cannot import name ‘Adam‘和Could not interpret optimizer identifier CSDN创作打卡
from keras.optimizers import Adamfrom tensorflow.keras.optimizers import Adamfrom tensorflow.keras.optimizers import Adam # - Worksfrom tensorflow.keras.optimizers import adam # - Does not workfrom keras.optimizers import Adam # - Does no.
2022-01-17 15:55:47
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空空如也
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