首先pybedtools只能安装在Linux系统环境下,windows就不要尝试了;
pybedtools的安装不要用pip,使用pip不会自动安装依赖包,会导致以下错误:
最好使用conda命令安装,具体的安装命令如下:
conda install --channel conda-forge --channel bioconda pybedtools
其余的信息可参见:pybedtools documentation — pybedtools 0.8.2 documentation
顺便记录以下安装Git上的包的命令(前提是你已经安装了Git,然后直接替换链接和文件夹名称就可以啦~):
git clone https://github.com/daler/pybedtools.git
cd pybedtools
python setup.py cythonize develop