解决用Intervene来计算Peak样本的overlap时conda install -c bioconda intervene无法安装intervene

最近在入门生信，找了一个网上的ATAC-seq项目来学习入门（https://zhuanlan.zhihu.com/p/166496466），遇到在conda的虚拟环境或base环境下无法安装intervene的问题，记录下解决方案。

1.改换成pip install intervene安装;

pip install intervene

单独下载pybedtools

刚才的pip下载不是完全顺利的，会出现pybedtools失败问题

下载相关依赖报错ERROR: Failed cleaning build dir for pybedtools，则此时重新单独安装pybedtools，命令为

conda install --channel conda-forge --channel bioconda pybedtools

安装成功后，再使用conda install -c bioconda intervene命令就可以正常安装intervene了.

修改包源码解决调用Iterable的问题

安装好后用 intervene --version 测试一下是否安装成功，但是又报错:

ImportError: cannot import name ‘Iterable’ from ‘collections’

这是因为Python在3.1版本后从collections调用Iterable改成了从collections.abc，所以根据报错文件路径找到对应py文件

File “/home/me/Anaconda3/envs/atac_test/lib/python3.10/site-packages/intervene/modules/venn/list_venn.py”, line 6, in

最后 cd 到这个 list_venn.py 文件，输入命令

vim list_venn.py

进入编辑模式，把from collections import Iterable改成 from collections.abc import Iterable 即可，然后测试intervene --version ，安装成功。