基于随机游走的社团划分算法label progation 的python实现

 其实这个算法也可以作为聚类算法来用，计算出两两样本之间的相似度，作为这个算法里边的权重，可以去掉值很低的，然后进行聚类。我们假设一个图有m个节点n条边，label propagation的复杂度是O(kn) （不确定）k是迭代次数。在一般情况下，n<<m² 因此是个和图规模线性关系的算法。如果聚类最后一步采用这种方法，那么计算两两相似度得到图结构，需要O(m²)应该是主要开销。

 

     之前也介绍过这个算法： http://blog.csdn.net/lgnlgn/archive/2011/01/29/6168756.aspx 算法叫label propagation，基本思想很简单，就是一个节点的所在类别由与其相连的节点共同决定，实际就是类标的马尔科夫随机游走过程。计算的时候需要迭代多次，每个节点选择它邻接节点类标数最多的那一个。

 

原版算法在选择类标时候过于严格，只选一个；其实很容易想到，可以有各种扩展的办法，比如选若干个，分别赋予隶属度，这样每个节点可以属于多个类别，类别差距大的，可以确定成一个。

 

 

   具体地就是

首先：每个节点把自己的类标传播到邻居；然后：每个节点根据邻居传过来的消息作出选择

很容易看到，这两步都可以同步地进行，因此非常适合用MapReduce的框架完成，很多图算法基于随机游走模型的，其实都适用，如pagerank。

 

我简单实现了一个python的版本，虽然是mapreduce的思路，但是纯粹的顺序执行。代码不多 直接贴了，随便建立一个文本文件 每行记录一个节点id，它的邻居节点和权重 tuple，如下

1,((2,1),(3,1),(4,1))

2,((1,1),)

3,((1,1),(4,1))

4,((1,1),(3,1))

代码里面解析直接用了eval方法 所以格式得注意保证。这个算法是无向图的，因此边要多写一次，例如(1,4) 在(4,1)也要写一份。

 

from itertools import imap

 

global gdata_file

global label_vector

global group_map

 

path = "d:/data/graph.txt"

 

def getMaxId():

    return max(imap(lambda x:eval(x)[0],file(path,'r').xreadlines()))+1

 

def mapFunc(line):    ##voting

    node,edges = eval(line.strip())

##    edges = ((node,1),) + edges

    labels = label_vector[node]

    if labels:

        return [(edge+(labels,)) for edge in edges]

    else:

        return [(edge+({node:1},)) for edge in edges]

 

 

def mergeMap(a,b,weight):##merge b to a

    for k,v in b.iteritems():

        g = a.get(k)

        if g:

            a[k] = g + v * weight

        else:

            a[k] = v * weight

    return a

 

def reduceFunc(map_phrase): ##merge

    tmp = {}

    for map_results in map_phrase:

        for map_result in map_results:

            l = tmp.get(map_result[0])

            if l:

                mergeMap(l,map_result[2],map_result[1])

            else:

                tmp[map_result[0]] = mergeMap(dict(),map_result[2],map_result[1])

 

    return tmp

 

def select(m): ##select top k labels

    u = sorted(m.items(),key = lambda x:x[1],reverse=True)

    if len(u) >=3 and ((u[0][1] - u[1][1]) > (u[1][1] - u[2][1])):

        uu = u[:2]

    else:

        uu = u[:3]

    s = sum([x[1] for x in uu])

    return dict( [(x[0],(x[1]+0.0)/s) for x in uu])

 

def close():

    print label_vector

 

label_vector = [None] * getMaxId()

group_map = {}

 

if __name__ == '__main__':

    for loop in xrange(7):

        gdata_file = file(path,"r")

        map_phrase = map(mapFunc, gdata_file.xreadlines())

        group_map = reduceFunc(map_phrase)

        gdata_file.close()

 

        for k,v in group_map.iteritems():

            label_vector[k] = select(v)

 

    close()

 

每次map是一个解析图结构的过程，将节点类标投得到每个邻居，reduce过程就是简单地把所有结果合并。从main开始，迭代多次，每次节点保留隶属度最大的2~3个节点，作为下一次计算的依据，最后close方法用来整理输出。

我还有个疑问，就是向邻居投票的时候，需要包含自己的类标吗？这个我在map阶段注释掉了

 

熟悉python的话看起来不难，代码写得非常业余和不规范。另外只测试能跑和简单的正确性检查。