sklearn中的数据预处理和特征工程

目录

一.数据挖掘的五大流程

1. 获取数据 

2. 数据预处理 

3. 特征工程: 

4. 建模,测试模型并预测出结果 

5. 上线,验证模型效果

二.数据预处理

1.数据无量纲化

2.preprocessing.MinMaxScaler(数据归一化)

3.preprocessing.StandardScaler(数据标准化)

4.StandardScaler和MinMaxScaler的选择

5.impute.SimpleImputer(填补缺失值)

6. 处理分类型特征:编码与哑变量

①.preprocessing.LabelEncoder:

②.preprocessing.OrdinalEncoder:

③.preprocessing.OneHotEncoder:

7.处理连续型特征:二值化与分段

①.sklearn.preprocessing.Binarizer(二值化)

②.preprocessing.KBinsDiscretizer(分段,分箱后编码)

三.特征选择(feature selection)

1.Filter过滤法

①.方差过滤(VarianceThreshold) 

②.相关性过滤

③.卡方过滤(相关性过滤)

④.F检验(相关性过滤)

⑤.互信息法(相关性过滤)

⑥.过滤法总结

2.Embedded嵌入法(feature_selection.SelectFromModel)

3.Wrapper包装法(feature_selection.RFE)

4.特征选择总结


一.数据挖掘的五大流程

1. 获取数据 

2. 数据预处理 

数据预处理是从数据中检测,纠正或删除损坏,不准确或不适用于模型的记录的过程  
可能面对的问题有:数据类型不同,比如有的是文字,有的是数字,有的含时间序列,有的连续,有的间断。也可能,数据的质量不行,有噪声,有异常,有缺失,数据出错,量纲不一,有重复,数据是偏态,数据量太大或太小 
数据预处理的目的:让数据适应模型,匹配模型的需求 

3. 特征工程: 

特征工程是将原始数据转换为更能代表预测模型的潜在问题的特征的过程,可以通过挑选最相关的特征,提取特征以及创造特征来实现。其中创造特征又经常以降维算法的方式实现。 
可能面对的问题有:特征之间有相关性,特征和标签无关,特征太多或太小,或者干脆就无法表现出应有的数据现象或无法展示数据的真实面貌 
特征工程的目的:1) 降低计算成本,2) 提升模型上限 

4. 建模,测试模型并预测出结果 

5. 上线,验证模型效果

二.数据预处理

1.数据无量纲化

在机器学习算法实践中,我们往往有着将不同规格的数据转换到同一规格,或不同分布的数据转换到某个特定分布的需求,这种需求统称为将数据“无量纲化”。譬如梯度和矩阵为核心的算法中,譬如逻辑回归,支持向量机,神经网络,无量纲化可以加快求解速度;而在距离类模型,譬如K近邻,K-Means聚类中,无量纲化可以帮我们提升模型精度,避免某一个取值范围特别大的特征对距离计算造成影响。(一个特例是决策树和树的集成算法们,对决策树我们不需要无量纲化,决策树可以把任意数据都处理得很好。)

数据的无量纲化可以是线性的,也可以是非线性的。线性的无量纲化包括中心化(Zero-centered或者Mean-
subtraction)处理和缩放处理(Scale)。中心化的本质是让所有记录减去一个固定值,即让数据样本数据平移到某个位置。缩放的本质是通过除以一个固定值,将数据固定在某个范围之中,取对数也算是一种缩放处理。

2.preprocessing.MinMaxScaler(数据归一化)

当数据(x)按照最小值中心化后,再按极差(最大值 - 最小值)缩放,数据移动了最小值个单位,并且会被收敛到[0,1]之间,而这个过程,就叫做数据归一化(Normalization,又称Min-Max Scaling)。注意,Normalization是归一化,不是正则化,真正的正则化是regularization,不是数据预处理的一种手段。归一化之后的数据服从正态分布,公式如下:

在sklearn当中,我们使用preprocessing.MinMaxScaler来实现这个功能。MinMaxScaler有一个重要参数,feature_range,控制我们希望把数据压缩到的范围,默认是[0,1]。

3.preprocessing.StandardScaler(数据标准化)

当数据(x)按均值(μ)中心化后,再按标准差(σ)缩放,数据就会服从为均值为0,方差为1的正态分布(即标准正态分布),而这个过程,就叫做数据标准化(Standardization,又称Z-score normalization),公式如下: 

对于StandardScaler和MinMaxScaler来说,空值NaN会被当做是缺失值,在fit的时候忽略,在transform的时候保持缺失NaN的状态显示。并且,尽管去量纲化过程不是具体的算法,但在fit接口中,依然只允许导入至少二维数组,一维数组导入会报错。通常来说,我们输入的X会是我们的特征矩阵,现实案例中特征矩阵不太可能是一维所以不会存在这个问题。

4.StandardScaler和MinMaxScaler的选择

看情况。大多数机器学习算法中,会选择StandardScaler来进行特征缩放,因为MinMaxScaler对异常值非常敏感。在PCA,聚类,逻辑回归,支持向量机,神经网络这些算法中,StandardScaler往往是最好的选择。

MinMaxScaler在不涉及距离度量、梯度、协方差计算以及数据需要被压缩到特定区间时使用广泛,比如数字图像处理中量化像素强度时,都会使用MinMaxScaler将数据压缩于[0,1]区间之中。

5.impute.SimpleImputer(填补缺失值)

missing_values 告诉SimpleImputer,数据中的缺失值长什么样,默认空值np.nan

strategy我们填补缺失值的策略,默认均值。 输入“mean”使用均值填补(仅对数值型特征可用) 输入“median"用中值填补(仅对数值型特征可用) 输入"most_frequent”用众数填补(对数值型和字符型特征都可用) 输入“constant"表示请参考参数“fill_value"中的值(对数值型和字符型特征都可用)

fill_value 当参数startegy为”constant"的时候可用,可输入字符串或数字表示要填充的值,常用0

copy 默认为True,将创建特征矩阵的副本,反之则会将缺失值填补到原本的特征矩阵中去。

6. 处理分类型特征:编码与哑变量

在机器学习中,大多数算法,譬如逻辑回归,支持向量机SVM,k近邻算法等都只能够处理数值型数据,不能处理文字,在sklearn当中,除了专用来处理文字的算法,其他算法在fit的时候全部要求输入数组或矩阵,也不能够导入文字型数据(其实手写决策树和普斯贝叶斯可以处理文字,但是sklearn中规定必须导入数值型)。
然而在现实中,许多标签和特征在数据收集完毕的时候,都不是以数字来表现的。比如说,学历的取值可以是["小学",“初中”,“高中”,"大学"],付费方式可能包含["支付宝",“现金”,“微信”]等等。在这种情况下,为了让数据适应算法和库,我们必须将数据进行编码,即是说,将文字型数据转换为数值型。

①.preprocessing.LabelEncoder:

标签专用,能够将分类转换为分类数值

②.preprocessing.OrdinalEncoder:

特征专用,能够将分类特征转换为分类数值

③.preprocessing.OneHotEncoder:

独热编码,创建哑变量

我们刚才已经用OrdinalEncoder把分类变量Sex和Embarked都转换成数字对应的类别了。在舱门Embarked这一列中,我们使用[0,1,2]代表了三个不同的舱门,然而这种转换是正确的吗?
我们来思考三种不同性质的分类数据:
1) 舱门(S,C,Q)
三种取值S,C,Q是相互独立的,彼此之间完全没有联系,表达的是S≠C≠Q的概念。这是名义变量。
2) 学历(小学,初中,高中)
三种取值不是完全独立的,我们可以明显看出,在性质上可以有高中>初中>小学这样的联系,学历有高低,但是学历取值之间却不是可以计算的,我们不能说小学 + 某个取值 = 初中。这是有序变量。
3) 体重(>45kg,>90kg,>135kg)
各个取值之间有联系,且是可以互相计算的,比如120kg - 45kg = 90kg,分类之间可以通过数学计算互相转换。这是有距变量。
然而在对特征进行编码的时候,这三种分类数据都会被我们转换为[0,1,2],这三个数字在算法看来,是连续且可以计算的,这三个数字相互不等,有大小,并且有着可以相加相乘的联系。所以算法会把舱门,学历这样的分类特征,都误会成是体重这样的分类特征。这是说,我们把分类转换成数字的时候,忽略了数字中自带的数学性质,所以给算法传达了一些不准确的信息,而这会影响我们的建模。
类别OrdinalEncoder可以用来处理有序变量,但对于名义变量,我们只有使用哑变量的方式来处理,才能够尽量向算法传达最准确的信息:

这样的变化,让算法能够彻底领悟,原来三个取值是没有可计算性质的,是“有你就没有我”的不等概念。在我们的数据中,性别和舱门,都是这样的名义变量。因此我们需要使用独热编码,将两个特征都转换为哑变量。

特征可以做哑变量,标签也可以吗?可以,使用类sklearn.preprocessing.LabelBinarizer可以对做哑变量,许多算法都可以处理多标签问题(比如说决策树),但是这样的做法在现实中不常见.

7.处理连续型特征:二值化与分段

①.sklearn.preprocessing.Binarizer(二值化)

根据阈值将数据二值化(将特征值设置为0或1),用于处理连续型变量。大于阈值的值映射为1,而小于或等于阈值的值映射为0。默认阈值为0时,特征中所有的正值都映射到1。二值化是对文本计数数据的常见操作,分析人员可以决定仅考虑某种现象的存在与否。它还可以用作考虑布尔随机变量的估计器的预处理步骤(例如,使用贝叶斯设置中的伯努利分布建模)。

②.preprocessing.KBinsDiscretizer(分段,分箱后编码)

这是将连续型变量划分为分类变量的类,能够将连续型变量排序后按顺序分箱后编码。总共包含三个重要参数:

n_bins 每个特征中分箱的个数,默认5,一次会被运用到所有导入的特征

encode编码的方式,默认“onehot” "onehot":做哑变量,之后返回一个稀疏矩阵,每一列是一个特征中的一个类别,含有该 类别的样本表示为1,不含的表示为0 “ordinal”:每个特征的每个箱都被编码为一个整数,返回每一列是一个特征,每个特征下含 有不同整数编码的箱的矩阵 "onehot-dense":做哑变量,之后返回一个密集数组。

strategy用来定义箱宽的方式,默认"quantile" "uniform":表示等宽分箱,即每个特征中的每个箱的最大值之间的差为 (特征.max() - 特征.min())/(n_bins) "quantile":表示等位分箱,即每个特征中的每个箱内的样本数量都相同 "kmeans":表示按聚类分箱,每个箱中的值到最近的一维k均值聚类的簇心得距离都相同 

三.特征选择(feature selection)

特征提取 (feature extraction)从文字,图像,声音等其他非结构化数据中提取新信息作为特征。比如说,从淘宝宝贝的名称中提取出产品类别,产品颜色,是否是网红产品等等。
特征创造 (feature creation)把现有特征进行组合,或互相计算,得到新的特征。比如说,我们有一列特征是速度,一列特征是距离,我们就可以通过让两列相处,创造新的特征:通过距离所花的时间。
特征选择 (feature selection)从所有的特征中,选择出有意义,对模型有帮助的特征,以避免必须将所有特征都导入模型去训练的情况。

1.Filter过滤法

①.方差过滤(VarianceThreshold) 

这是通过特征本身的方差来筛选特征的类。比如一个特征本身的方差很小,就表示样本在这个特征上基本没有差异,可能特征中的大多数值都一样,甚至整个特征的取值都相同,那这个特征对于样本区分没有什么作用。所以无论接下来的特征工程要做什么,都要优先消除方差为0的特征。VarianceThreshold有重要参数threshold,表示方差的阈值,表示舍弃所有方差小于threshold的特征,不填默认为0,即删除所有的记录都相同的特征。

为什么随机森林运行如此之快?为什么方差过滤对随机森林没很大的有影响?这是由于两种算法的原理中涉及到的计算量不同。最近邻算法KNN,单棵决策树,支持向量机SVM,神经网络,回归算法,都需要遍历特征或升维来进行运算,所以他们本身的运算量就很大,需要的时间就很长,因此方差过滤这样的特征选择对他们来说就尤为重要。但对于不需要遍历特征的算法,比如随机森林,它随机选取特征进行分枝,本身运算就非常快速,因此特征选择对它来说效果平平。这其实很容易理解,无论过滤法如何降低特征的数量,随机森林也只会选取固定数量的特征来建模;而最近邻算法就不同了,特征越少,距离计算的维度就越少,模型明显会随着特征的减少变得轻量。因此,过滤法的主要对象是:需要遍历特征或升维的算法们,而过滤法的主要目的是:在维持算法表现的前提下,帮助算法们降低计算成本。

选取超参数threshold 

我们怎样知道,方差过滤掉的到底时噪音还是有效特征呢?过滤后模型到底会变好还是会变坏呢?答案是:每个数据集不一样,只能自己去尝试。这里的方差阈值,其实相当于是一个超参数,要选定最优的超参数,我们可以画学习曲线,找模型效果最好的点。但现实中,我们往往不会这样去做,因为这样会耗费大量的时间。我们只会使用阈值为0或者阈值很小的方差过滤,来为我们优先消除一些明显用不到的特征,然后我们会选择更优的特征选择方法继续削减特征数量。

②.相关性过滤

方差挑选完毕之后,我们就要考虑下一个问题:相关性了。我们希望选出与标签相关且有意义的特征,因为这样的特征能够为我们提供大量信息。如果特征与标签无关,那只会白白浪费我们的计算内存,可能还会给模型带来噪音。在sklearn当中,我们有三种常用的方法来评判特征与标签之间的相关性:卡方,F检验,互信息。

③.卡方过滤(相关性过滤)

卡方过滤是专门针对离散型标签(即分类问题)的相关性过滤。卡方检验类feature_selection.chi2计算每个非负特征和标签之间的卡方统计量,并依照卡方统计量由高到低为特征排名。再结合feature_selection.SelectKBest 这个可以输入”评分标准“来选出前K个分数最高的特征的类,我们可以借此除去最可能独立于标签,与我们分类目的无关的特征。
另外,如果卡方检验检测到某个特征中所有的值都相同,会提示我们使用方差先进行方差过滤。并且,刚才我们已经验证过,当我们使用方差过滤筛选掉一半的特征后,模型的表现时提升的。因此在这里,我们使用threshold=中位数时完成的方差过滤的数据来做卡方检验(如果方差过滤后模型的表现反而降低了,那我们就不会使用方差过滤后的数据,而是使用原数据)

选取超参数K

那如何设置一个最佳的K值呢?在现实数据中,数据量很大,模型很复杂的时候,我们也许不能先去跑一遍模型看看效果,而是希望最开始就能够选择一个最优的超参数k。那第一个方法,就是我们之前提过的学习曲线

卡方检验的本质是推测两组数据之间的差异,其检验的原假设是”两组数据是相互独立的”。卡方检验返回卡方值和P值两个统计量,其中卡方值很难界定有效的范围,而p值,我们一般使用0.01或0.05作为显著性水平,即p值判断的边界,具体我们可以这样来看

从特征工程的角度,我们希望选取卡方值很大,p值小于0.05的特征,即和标签是相关联的特征。而调用SelectKBest之前,我们可以直接从chi2实例化后的模型中获得各个特征所对应的卡方值和P值。

④.F检验(相关性过滤)

F检验,又称ANOVA,方差齐性检验,是用来捕捉每个特征与标签之间的线性关系的过滤方法。它即可以做回归也可以做分类,因此包含feature_selection.f_classif(F检验分类)和feature_selection.f_regression(F检验回归)两个类。其中F检验分类用于标签是离散型变量的数据,而F检验回归用于标签是连续型变量的数据。

和卡方检验一样,这两个类需要和类SelectKBest连用,并且我们也可以直接通过输出的统计量来判断我们到底要设置一个什么样的K。需要注意的是,F检验在数据服从正态分布时效果会非常稳定,因此如果使用F检验过滤,我们会先将数据转换成服从正态分布的方式。

F检验的本质是寻找两组数据之间的线性关系,其原假设是”数据不存在显著的线性关系“。它返回F值和p值两个统计量。和卡方过滤一样,我们希望选取p值小于0.05或0.01的特征,这些特征与标签时显著线性相关的,而p值大于0.05或0.01的特征则被我们认为是和标签没有显著线性关系的特征,应该被删除。以F检验的分类为例,我们继续在数字数据集上来进行特征选择

⑤.互信息法(相关性过滤)

互信息法是用来捕捉每个特征与标签之间的任意关系(包括线性和非线性关系)的过滤方法。和F检验相似,它既可以做回归也可以做分类,并且包含两个类feature_selection.mutual_info_classif(互信息分类)和
feature_selection.mutual_info_regression(互信息回归)。这两个类的用法和参数都和F检验一模一样,不过互信息法比F检验更加强大,F检验只能够找出线性关系,而互信息法可以找出任意关系。
互信息法不返回p值或F值类似的统计量,它返回“每个特征与目标之间的互信息量的估计”,这个估计量在[0,1]之间取值,为0则表示两个变量独立,为1则表示两个变量完全相关。

⑥.过滤法总结

到这里我们学习了常用的基于过滤法的特征选择,包括方差过滤,基于卡方,F检验和互信息的相关性过滤,讲解了各个过滤的原理和面临的问题,以及怎样调这些过滤类的超参数。通常来说,我会建议,先使用方差过滤,然后使用互信息法来捕捉相关性,不过了解各种各样的过滤方式也是必要的。所有信息被总结在下表,大家自取:

2.Embedded嵌入法(feature_selection.SelectFromModel)

嵌入法是一种让算法自己决定使用哪些特征的方法,即特征选择和算法训练同时进行。在使用嵌入法时,我们先使用某些机器学习的算法和模型进行训练,得到各个特征的权值系数,根据权值系数从大到小选择特征。这些权值系数往往代表了特征对于模型的某种贡献或某种重要性,比如决策树和树的集成模型中的feature_importances_属性,可以列出各个特征对树的建立的贡献,我们就可以基于这种贡献的评估,找出对模型建立最有用的特征。因此相比于过滤法,嵌入法的结果会更加精确到模型的效用本身,对于提高模型效力有更好的效果。并且,由于考虑特征对模型的贡献,因此无关的特征(需要相关性过滤的特征)和无区分度的特征(需要方差过滤的特征)都会因为缺乏对模型的贡献而被删除掉,可谓是过滤法的进化版。

 

然而,嵌入法也不是没有缺点。

过滤法中使用的统计量可以使用统计知识和常识来查找范围(如p值应当低于显著性水平0.05),而嵌入法中使用的权值系数却没有这样的范围可找——我们可以说,权值系数为0的特征对模型丝毫没有作用,但当大量特征都对模型有贡献且贡献不一时,我们就很难去界定一个有效的临界值。这种情况下,模型权值系数就是我们的超参数,我们或许需要学习曲线,或者根据模型本身的某些性质去判断这个超参数的最佳值究竟应该是多少。在我们之后的学习当中,每次讲解新的算法,我都会为大家提到这个算法中的特征工程是如何处理,包括具体到每个算法的嵌入法如何使用。在这堂课中,我们会为大家讲解随机森林和决策树模型的嵌入法。
另外,嵌入法引入了算法来挑选特征,因此其计算速度也会和应用的算法有很大的关系。如果采用计算量很大,计算缓慢的算法,嵌入法本身也会非常耗时耗力。并且,在选择完毕之后,我们还是需要自己来评估模型。

feature_selection.SelectFromModel

SelectFromModel是一个元变换器,可以与任何在拟合后具有coef_,feature_importances_属性或参数中可选惩罚项的评估器一起使用(比如随机森林和树模型就具有属性feature_importances_,逻辑回归就带有l1和l2惩罚项,线性支持向量机也支持l2惩罚项)。
对于有feature_importances_的模型来说,若重要性低于提供的阈值参数,则认为这些特征不重要并被移除。feature_importances_的取值范围是[0,1],如果设置阈值很小,比如0.001,就可以删除那些对标签预测完全没贡献的特征。如果设置得很接近1,可能只有一两个特征能够被留下。

estimator

使用的模型评估器,只要是带feature_importances_或者coef_属性,或带有l1和l2惩罚项的模型都可以使用

threshold

特征重要性的阈值,重要性低于这个阈值的特征都将被删除

在嵌入法下,我们很容易就能够实现特征选择的目标:减少计算量,提升模型表现。因此,比起要思考很多统计量的过滤法来说,嵌入法可能是更有效的一种方法。然而,在算法本身很复杂的时候,过滤法的计算远远比嵌入法要快,所以大型数据中,我们还是会优先考虑过滤法。

3.Wrapper包装法(feature_selection.RFE)

包装法也是一个特征选择和算法训练同时进行的方法,与嵌入法十分相似,它也是依赖于算法自身的选择,比如coef_属性或feature_importances_属性来完成特征选择。但不同的是,我们往往使用一个目标函数作为黑盒来帮助我们选取特征,而不是自己输入某个评估指标或统计量的阈值。包装法在初始特征集上训练评估器,并且通过coef_属性或通过feature_importances_属性获得每个特征的重要性。然后,从当前的一组特征中修剪最不重要的特征。在修剪的集合上递归地重复该过程,直到最终到达所需数量的要选择的特征。区别于过滤法和嵌入法的一次训练解决所有问题,包装法要使用特征子集进行多次训练,因此它所需要的计算成本是最高的。

注意,在这个图中的“算法”,指的不是我们最终用来导入数据的分类或回归算法(即不是随机森林),而是专业的数据挖掘算法,即我们的目标函数。这些数据挖掘算法的核心功能就是选取最佳特征子集。 

最典型的目标函数是递归特征消除法(Recursive feature elimination, 简写为RFE)。它是一种贪婪的优化算法,旨在找到性能最佳的特征子集。 它反复创建模型,并在每次迭代时保留最佳特征或剔除最差特征,下一次迭代时,它会使用上一次建模中没有被选中的特征来构建下一个模型,直到所有特征都耗尽为止。 然后,它根据自己保留或剔除特征的顺序来对特征进行排名,最终选出一个最佳子集。包装法的效果是所有特征选择方法中最利于提升模型表现的,它可以使用很少的特征达到很优秀的效果。除此之外,在特征数目相同时,包装法和嵌入法的效果能够匹敌,不过它比嵌入法算得更见缓慢,所以也不适用于太大型的数据。相比之下,包装法是最能保证模型效果的特征选择方法。

feature_selection.RFE

参数estimator是需要填写的实例化后的评估器,n_features_to_select是想要选择的特征个数,step表示每次迭代中希望移除的特征个数。除此之外,RFE类有两个很重要的属性,.support_:返回所有的特征的是否最后被选中的布尔矩阵,以及.ranking_返回特征的按数次迭代中综合重要性的排名。类feature_selection.RFECV会在交叉验证循环中执行RFE以找到最佳数量的特征,增加参数cv,其他用法都和RFE一模一样。 

在特征数目相同时,包装法能够在效果上匹敌嵌入法。

4.特征选择总结

经验来说,过滤法更快速,但更粗糙。包装法和嵌入法更精确,比较适合具体到算法去调整,但计算量比较大,运行时间长。当数据量很大的时候,优先使用方差过滤和互信息法调整,再上其他特征选择方法。使用逻辑回归时,优先使用嵌入法。使用支持向量机时,优先使用包装法。迷茫的时候,从过滤法走起,看具体数据具体分析。

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