在win10和Linux（ubuntu）双系统下安装区域气候模式（RegCM4.5）

在win10和Linux双系统下安装区域气候模式（RegCM4.5）

1.安装win10和Linux双系统

网上有许多安装双系统的教程，笔者这里采用的是win10和ubuntu的双系统。详细教程参考链接:
原文链接：[https://blog.csdn.net/qq_32261101/article/details/108912799]

**注意这里更正1处错误：**文中提出的磁盘分配是基于ubuntu16版本，现在已经更新至ubuntu20版本。故在第一项磁盘分配，也就是内核/boot时，需要增加内存，实测来看，推荐800mb，swap推荐在8G左右。

2.安装前准备工作

若想安装RegCM4.5需要其他软件和库的支持：
1.MPI并行运算库
2.NetCDF库（包含所需的zlib，hdf5库）
3.GUN make工具
4.编译器
5.画图软件NCL
考虑到软件更新，下载文件这里给出百度网盘和官网下载的方法。
（1）MPI并行运算库，如果需要执行并行运算（源码包下载地址：https://www.open-mpi.org/software/ompi）
（2）NetCDF库（在安装NetCDF库之前先需要安装zlib，hdf5，下载地址：zlib源码包下载地址：http://zlib.net/；hdf5源码包下载地址：https://support.hdfgroup.org/downloads/index.html；NetCDF源码包下载地址：http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp）
（3）make工具可在终端直接下载
sudo apt-get install make
（4）这里需要的编译器都是较为常用的gcc，g++，gfortran可在终端直接下载，详细代码放在后文中
（5）ncl下载地址：http://www.ncl.ucar.edu/
此部分参考下载地址参考前人链接：https://blog.csdn.net/bi_hu_man_wu/article/details/60578736

网盘文件

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1xnMgQr6G2YyER59QQR0V6A
提取码：qqe5
此文件是包含了以上的文件和部分其他库函数。

3.安装教程

1.安装日常编译工具

1）进入Ubuntu后，打开左侧ubuntuSoftware，查找”新立得软件包管理器（synaptic）”，点击安装，然后等待自行完成。

2）安装日常编译工具，打开ubuntu的软件更新器，更换国内源，我选择的是华为的国内源。详细步骤参照：https://blog.csdn.net/daerzei/article/details/84873964

1.打开终端输入：
sudo apt-get upgrade
此步骤是为了更新软件包

2.安装日常编译工具
sudo apt-get install tcsh samba cpp m4 quota
检查安装情况：
tcsh --version
samba --version
cpp --version
m4 --version

3）安装regcm4.5所需的编译工具

1.打开终端，下载gcc，g++，gfortran：
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran

一般gcc和g++基本已经安装过。检查版本是否一致：
gcc --version
g++ --version
gfortran –version
若是ubuntu20版本则应该是9.3的以上的版本

2.重连编译库，因为regcm4.5安装中需要重连一下这三个编译库，否则有可能出现错误。

建立备份文件夹：
mkdir /usr/bin/gccbackup
mkdir /usr/bin/g++backup
mkdir /usr/bin/gfortranbackup

先将原来的链接改名，终端输入：
mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gccbackup
mv /usr/bin/g++ /usr/bin/g++backup
mv /usr/bin/gfortran /usr/bin/gfortranbackup

重新链接
ln -s /usr/bin/gcc-9 /usr/bin/gcc
ln -s /usr/bin/gfortran-9 /usr/bin/gfortran
ln -s /usr/bin/g+±9 /usr/bin/g++
这里注意按照版本号更换gcc后的数字，9.3版本为gcc-9

4）安装NetCDF
NetCDF的安装需要有HDF5lib，而HDF5的安装需要先有zlib和curl。所以先要安装zlib和curl。笔者根据前人的教程，将zlib，curl, jpeg, png. Jasper 一起安装了，并且建立了一个JASPER文件夹将这几个lib与include都放在一起，方便后期的环境设置。
打开synaptic，点击搜索，输入libjpeg8，然后libjpeg8-dbg/libjpeg8-dev选项，前面没有打钩的。双击打钩标记，标记后会变绿色，点击应用，然后安装。
同理输入glibc，然后就会看到结果有三个红点的glibc选项，也apply。
同理输入grib2，然后就会看到结果有libgrib2c-dev/libgrib2c0d选项，也apply。
下一步开始安装

第一步解压，把下载好的都解压了，我这里是解压到/usr/local/src,安装完可以删除
tar -zxf zlib-1.2.10.tar.gz -C /usr/local/src
tar -zxf jpegsrc.v9a.tar.gz -C /usr/local/src
tar -zxf libpng-1.6.26.tar.gz -C /usr/local/src
unzip jasper-1.900.1.zip -C /usr/local/src
tar -zxf openmpi-2.0.2.tar.gz -C /usr/local/src
这里可能出现权限不够的问题，转入root模式就可以了，但注意在后文中安装regcm4.5时最好退出root安装。
这里因为是自己安装使用不用安装至不同文件夹
创建新的文件夹都放入其中即可
sudo mkdir /usr/local/rec

1.zlib
cd /usr/local/src/zlib-1.2.10/
./configure --prefix=/usr/local/rec
make
make check
make install

2. curl
apt-get install curl

3. libpng
cd /usr/local/src/libpng-1.6.26
export LDFLAGS=-L/usr/local/rec/lib
export CPPFLAGS=-I/usr/local/rec/include
./configure --prefix=/usr/local/rec
make
make install

4.openmpi
cd /usr/local/src/openmpi-2.0.2
. /configure --prefix=/usr/local/rec
make
make install

配置环境变量
gedit ~/.bashrc
在最后添加下面路径指向：

#for zlib
export ZLIB_HOME=/usr/local/rec
export LD_LIBRARY_PATH=$ZLIB_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#for libpng
export ZLIB_HOME=/usr/local/rec
export LIBPNGLIB=/usr/local/rec/lib
export LIBPNGINC=/usr/local/rec/include
#for mpi
export MPI=/usr/local/rec
export PATH=$MPI/bin:$PATH
export MPI_LIB=$MPI/lib
export MPI_INC=$MPI/include

保存后退出
source ~/.bashrc

安装hedf5
tar-zxf hdf5-1.8.18.tar -C /usr/local/rec
./configure --prefix=/usr/local/rec --with-zlib=/usr/local/rec --enable-fortran --enable-shared
make
make check
make install
make check-install
时间稍长
gedit ~/.bashrc
在最后添加下面：

#for hdf5
export CPPFLAGS=-I$PRO_PATH/usr/local/rec/include
export LDFLAGS=-L$PRO_PATH/usr/local/rec/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$PRO_PATH/usr/local/rec/lib

保存后退出。
source ~/.bashrc

安装NetCDF-C
tar -zxf netcdf-c-4.4.1.tar.gz -C /usr/local/rec
cd /usr/local/rec/netcdf-c-4.4.1/
export CPPFLAGS=-I/usr/local/rec/include
export LDFLAGS=-L/usr/local/rec/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$/usr/local/rec/lib
./configure --prefix=/usr/local/rec --enable-netcdf-4 --enable-shared
make
make check
make install
然后安装好。

安装NetCDF -fortran
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/rec/lib
export CPPFLAGS=-I/usr/local/rec/include
export LDFLAGS=-L/usr/local/rec/lib
./configure --prefix=/usr/local/rec FC=gfortran
make
make check
make install
接着设置环境变量
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:

#for netcdf
export PATH=/usr/local/rec/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/rec/lib:$LD_LIBRARY_PATH

保存后退出
source ~/.bashrc

5)安装ncl
mkdir /usr/local/ncarg
tar -zxf ncl_ncarg-6.4.0.Linux_Debian8.6_x86_64_gnu492.tar.gz -C /usr/local/ncarg/
cd /usr/local/ncarg
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:

#for ncarg
export NCARG_ROOT=/usr/local/ncarg
export PATH=$NCARG_ROOT/bin:$PATH
export MANPATH=$NCARG_ROOT/man:$MANPATH
export DISPLAY=:0.0

保存后退出
source ~/.bashrc
检验NCL是否成功安装，新终端输入：
ncargversion

至此前期安装工作已经完成

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安装RgeCM4.5

1.找到你想要运行模式的文件夹，解压。注意：此文件夹为以后run模式的文件夹，建议新建在/home路径下。

tar –zxvf RegCM-4.5.0.tar.gz
gedit ~/.bashrc

#for regcm4.5
export JASPERLIB=/usr/local/rec/lib
export JASPERINC=/usr/local/rec/include
export NETCDF=/usr/local/rec
#for mpi
export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/rec/man
export PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/rec

source ~/.bashrc

这里一定要添加mpi的环境变量，笔者在这未添加后，后续会出现找不到mpi.mod的错误提示。

2.安装
进入解压后的文件夹内
./configure
make
make install

即可安装完成。

笔者也是刚刚接触RegCM4.5模式，如有问题，欢迎大家一起探讨，后续也会跟进一些模式的运行操作。