《R语言实战》day3——第三章图形初阶

本文链接：https://blog.csdn.net/lim18719266191/article/details/132745450

本章内容

 图形的创建和保存

 自定义符号、线条、颜色和坐标轴

 标注文本和标题

 控制图形维度

 组合多个图形

3.1 使用图形

attach(mtcars)

plot(wt, mpg)

abline(lm(mpg~wt)) # 向图形添加了一条最优拟合曲线

title("Regression of MPG on Weight") #添加了标题

detach(mtcars)

保存图形：要通过代码保存图形，将绘图语句夹在开启目标图形设备的语句和关闭目标图形设备的语句之间即可。例如，以下代码会将图形保存到当前工作目录中名为mygraph.pdf的PDF文件中：
除了pdf()，还可以使用函数win.metafile()、png()、jpeg()、bmp()、tiff()、xfig() 和postscript()将图形保存为其他格式。

pdf("mygraph.pdf") 
 attach(mtcars) 
 plot(wt, mpg) 
 abline(lm(mpg~wt)) 
 title("Regression of MPG on Weight") 
 detach(mtcars) 
dev.off()

创建多个图形：
- 通过执行如plot()、hist()（绘制直方图）或boxplot()这样的高级绘图命令来创建一幅新图形时，通常会覆盖掉先前的图形。如何才能创建多个图形并随时查看每一个呢？
方法1：创建下一个图形之前打开一个新的图形窗口

dev.new() 
statements to create graph 1
dev.new()  # 创建下一个图形之前打开一个新的图形窗口
statements to create a graph 2 
etc.

方法2：通过图形用户界面来查看多个图形

在Windows上，这个过程分为两步。在打开第一个图形窗口以后，勾选“历史”（History）→“记录”（Recording）。然后使用菜单中的“上一个”（Previous）和“下一个”（Next）来逐个查看已经绘制的图形。

方法3：最后一种方法，你可以使用函数dev.new()、dev.next()、dev.prev()、dev.set()和 dev.off()同时打开多个图形窗口，并选择将哪个输出发送到哪个窗口中。

形成矩阵：

a<-c(20,30,40,45,60,16,20,27,40,60,15,18,25,31,40)
cnames<-c("剂量","对药物A的响应","对药物B的响应")
mymatrix<-matrix(a,nrow=5,ncol=3,byrow=FALSE)
colnames(mymatrix)<-cnames
matrix

3.2 简单图像制作

dose <- c(20, 30, 40, 45, 60) 
drugA <- c(16, 20, 27, 40, 60) 
drugB <- c(15, 18, 25, 31, 40) 

plot(dose, drugA, type="b")

将x置于横轴，将y置于纵轴，绘制点集(x, y)，然后使用线段将其连接。选项type="b"表示同时绘制点和线。

help(plot)可以查看其他选项

3.3 图形参数

方法1：函数par()：以这种方式设定的参数值除非被再次修改，否则将在会话结束前一直有效。
- par(optionname=value, optionname=name,...)。
- 不加参数地执行par()将生成一个含有当前图形参数设置的列表。
- 添加参数no.readonly=TRUE可以生成一个可以修改的当前图形参数列表。
- 例子：
  - opar <- par(no.readonly=TRUE)
  - par(lty=2, pch=17) ：默认的线条类型修改为虚线（lty=2），将默认的点符号改为了实心三角（pch=17）；也可以拆开使用
  - plot(dose, drugA, type="b")
  - par(opar)
方法2：为高级绘图函数直接提供optionname=value的键值对
- 指定的选项仅对这幅图形本身有效。
- plot(dose, drugA, type="b", lty=2, pch=17)

3.3.1 符号与线条

指定符号

指定线条

结合上述

 plot(dose, drugA, type="b", lty=3, lwd=3, pch=15, cex=2)

type=b：同时绘制点线
ity=3：点点
lwd=3：宽度
pch=15：正方形小点
cex=2：放大两倍

3.3.2 颜色

hsv：基于色相－饱和度－亮度值来生成颜色
函数colors()可以返回所有可用颜色的名称
- Earl F. Glynn为R中的色彩创建了一个优秀的在线图表，参见http://research.stowers-institute.org/efg/R/Color/Chart
R中也有多种用于创建连续型颜色向量的函数，包括rainbow()、heat.colors()、terrain.colors()、topo.colors() 以及cm.colors()。举例来说，rainbow(10)可以生成10种连续的“彩虹型”颜色
创建吸引人的颜色配对
- 使用函数brewer.pal(n, name) 来创建一个颜色值的向量。

举个例子

library(RColorBrewer) 
n <- 7 
mycolors <- brewer.pal(n, "Set1") 
barplot(rep(1,n), col=mycolors)

从Set1调色板中抽取了7种用十六进制表示的颜色并返回一个向量。

若要得到所有可选调色板的列表，输入brewer.pal.info；或者输入display.brewer.all()从而在一个显示输出中产生每个调色板的图形。

用灰色：多阶灰度色可使用基础安装所自带的gray()函数生成。这时要通过一个元素值为0和 1之间的向量来指定各颜色的灰度。gray(0:10/10)将生成10阶灰度色。

n <- 10 
mycolors <- rainbow(n) 
pie(rep(1, n), labels=mycolors, col=mycolors) 
mygrays <- gray(0:n/n) 
pie(rep(1, n), labels=mygrays, col=mygrays)

3.3.3 文本属性

par(font.lab=3, cex.lab=1.5, font.main=4, cex.main=2)

之后创建的所有图形都将拥有斜体、1.5倍于默认文本大小的坐标轴标签（名称），以及粗斜体、 2倍于默认文本大小的标题。

3.3.4 图形尺寸与边界尺寸

par(pin=c(4,3), mai=c(1,.5, 1, .2))

可生成一幅4英寸宽、3英寸高、上下边界为1英寸、左边界为0.5英寸、右边界为0.2英寸的图形。关于边界参数的完整指南，

http://research.stowers-institute.org/efg/R/Graphics/Basics/mar-oma/

3.3的综合例子

dose <- c(20, 30, 40, 45, 60) 
drugA <- c(16, 20, 27, 40, 60) 
drugB <- c(15, 18, 25, 31, 40) 

opar <-par(no.readonly = TRUE)
par(pin=c(2,3)) # 尺寸是宽2英寸，长3英寸
par(lwd=2,cex=1.5) # 线条宽度是2，符号大小1.5
par(cex.axis=.75,font.axis=3) # 坐标轴刻度文字缩放倍数为0.75，文字样式为3
plot(dose, drugA, type="b", pch=19, lty=2, col="red")# 画图，点线结合，点是原点，线条是虚线，颜色是红色
plot(dose, drugB, type="b", pch=23, lty=6, col="blue", bg="green") # 填充是绿的
par(opar) 

# 注意:通过par()设定的参数对两幅图都有效，而在plot()函数中指定的参数仅对那个特定图形有效。

3.4 添加文本、自定义坐标轴和图例

注意：再次提醒，并非所有函数都支持这些选项。请参考相应函数的帮助以了解其可以接受哪些选项。从更精细的控制和模块化的角度考虑，你可以使用本节余下部分描述的函数来控制标题、坐标轴、图例和文本标注的外观

某些高级绘图函数已经包含了默认的标题和标签。你可以通过在plot()语句或单独的 par()语句中添加ann=FALSE来移除它们。

3.4.1标题：title（）

title(main="main title", sub="subtitle", xlab="x-axis label", ylab="y-axis label")

函数title()中亦可指定其他图形参数（如文本大小、字体、旋转角度和颜色）。

#以下代码将生成红色的标题和蓝色的副标题，以及比默认大小小25%的绿色x轴、y轴标签：
title(main="My Title", col.main="red", 
 sub="My Subtitle", col.sub="blue", 
 xlab="My X label", ylab="My Y label", 
 col.lab="green", cex.lab=0.75)

3.4.2 坐标轴：axis（）

axis(side, at=, labels=, pos=, lty=, col=, las=, tck=, ...)

例子

x <- c(1:10) 
y <- x 
z <- 10/x 
opar <- par(no.readonly=TRUE)
par(mar=c(5, 4, 4, 8) + 0.1)
plot(x, y, type="b",
 pch=21, col="red", 
 yaxt="n", lty=3, ann=FALSE) 
lines(x, z, type="b", pch=22, col="blue", lty=2) 
axis(2, at=x, labels=x, col.axis="red", las=2)
axis(4, at=z, labels=round(z, digits=2), 
 col.axis="blue", las=2, cex.axis=0.7, tck=-.01)
mtext("y=1/x", side=4, line=3, cex.lab=1, las=2, col="blue") 
title("An Example of Creative Axes",
 xlab="X values", 
 ylab="Y=X") 
par(opar)

使用lines()语句，你可以为一幅现有图形添加新的图形元素。
函数mtext() 用于在图形的边界添加文本。

次要刻度线

注意，我们最近创建的图形都只拥有主刻度线，却没有次要刻度线。

要创建次要刻度线，你需要使用Hmisc包中的minor.tick()函数。

如果你尚未安装Hmisc包，请先安装它（参考 1.4.2节）。

你可以使用代码：

library(Hmisc)

minor.tick(nx=n, ny=n, tick.ratio=n) 来添加次要刻度线。

其中nx和ny分别指定了X轴和Y轴每两条主刻度线之间通过次要刻度线划分得到的区间个数。tick.ratio表示次要刻度线相对于主刻度线的大小比例。

当前的主刻度线长度可以使用par("tck")获取。

举例来说，下列语句：将在X轴的每两条主刻度线之间添加1 条次要刻度线，并在Y轴的每两条主刻度线之间添加2条次要刻度线：次要刻度线的长度将是主刻度线的一半。

minor.tick(nx=2, ny=3, tick.ratio=0.5)

3.4.4节中给出了添加次要刻度线的一个例子（代码清单3-3和图3-10）。

3.4.3 参考线：abline()

abline(h=yvalues, v=xvalues)

函数abline()中也可以指定其他图形参数（如线条类型、颜色和宽度）。

abline(h=c(1,5,7)) #在y为1、5、7的位置添加了水平实线

abline(v=seq(1, 10, 2), lty=2, col="blue") #则在x为1、3、5、7、9的位置添加了垂直的蓝色虚线

3.4.4 图例：legend()来添加图例

legend(location, title, legend, ...)

其他常用的图例选项包括：

用于指定盒子样式的bty、

指定背景色的bg、

指定大小的cex，

以及指定文本颜色的text.col。

指定horiz=TRUE将会水平放置图例，而不是垂直放置。

help(legend)

例子

dose <- c(20, 30, 40, 45, 60) 
drugA <- c(16, 20, 27, 40, 60) 
drugB <- c(15, 18, 25, 31, 40) 

opar <- par(no.readonly=TRUE) 

par(lwd=2, cex=1.5, font.lab=2) 
plot(dose, drugA, type="b", 
 pch=15, lty=1, col="red", ylim=c(0, 60),
 main="Drug A vs. Drug B", 
 xlab="Drug Dosage", ylab="Drug Response")

lines(dose, drugB, type="b", 
 pch=17, lty=2, col="blue")  # 为一幅现有图形添加新的图形元 素

abline(h=c(30), lwd=1.5, lty=2, col="gray")  # 参考线

library(Hmisc)  #添加次要刻度线
minor.tick(nx=3, ny=3, tick.ratio=0.5)

legend("topleft", inset=.05, title="Drug Type", c("A","B") 
 lty=c(1, 2), pch=c(15, 17), col=c("red", "blue")) #添加图例
par(opar)

3.4.5 文本标注：以通过函数text()和mtext()将文本添加到图形上

text()可向绘图区域内部添加文本，
而mtext()则向图形的四个边界之一添加文本。
使用格式分别为：
- text(location, "text to place", pos, ...)
- mtext("text to place", side, line=n, ...)
- 其他常用的选项有cex、col和font（分别用来调整字号、颜色和字体样式）

除了用来添加文本标注以外，text()函数也通常用来标示图形中的点。我们只需指定一系列的x、y坐标作为位置参数，同时以向量的形式指定要放置的文本。x、y和文本标签向量的长度应当相同。

例子

attach(mtcars) 
plot(wt, mpg, 
 main="Mileage vs. Car Weight", 
 xlab="Weight", ylab="Mileage", 
 pch=18, col="blue") 
text(wt, mpg, 
 row.names(mtcars), 
 cex=0.6, pos=4, col="red") #函数text()被用来在各个数据点右侧添加车辆型号。各点的标签大小被缩小了40%，颜色为红色。
detach(mtcars)

不同字体族

opar <- par(no.readonly=TRUE) 
par(cex=1.5) 
plot(1:7,1:7,type="n") 
text(3,3,"Example of default text") 
text(4,4,family="mono","Example of mono-spaced text") 
text(5,5,family="serif","Example of serif text") 
par(opar)

3.4.6 数学标注：函数plotmath()可以为图形主体或边界上的标题、坐标轴名称或文本标注添加数学符号

你可以使用类似于 TeX 中的写法为图形添加数学符号和公式。请参阅 help(plotmath)以获得更多细节和示例。要即时看效果，可以尝试执行demo(plotmath)。部分运行结果如图3-13所示。

3.5 图形的组合：将多幅图形组合为一幅图形的方法

在R中使用函数par()或layout()可以容易地组合多幅图形为一幅总括图形。

此时请不要担心所要组合图形的具体类型，这里我们只关注组合它们的一般方法。后续各章将讨论每类图形的绘制和解读问题。

你可以在par()函数中使用图形参数mfrow=c(nrows, ncols)来创建按行填充的、行数为 nrows、列数为ncols的图形矩阵。

另外，可以使用mfcol=c(nrows, ncols)按列填充矩阵。

例子

attach(mtcars) 
opar <- par(no.readonly=TRUE) 
par(mfrow=c(2,2))
plot(wt,mpg, main="Scatterplot of wt vs. mpg") 
plot(wt,disp, main="Scatterplot of wt vs. disp") 
hist(wt, main="Histogram of wt") 
boxplot(wt, main="Boxplot of wt") 
par(opar) 
detach(mtcars)

例子2：作为第二个示例，让我们依三行一列排布三幅图形。

注意：高级绘图函数hist()包含了一个默认的标题（使用main=""可以禁用它，抑或使用ann=FALSE来禁用所有标题和标签）

attach(mtcars) 
opar <- par(no.readonly=TRUE) 
par(mfrow=c(3,1)) 
hist(wt) 
hist(mpg) 
hist(disp) 
par(opar) 
detach(mtcars)

函数layout()的调用形式为layout(mat)，其中的mat是一个矩阵，它指定了所要组合的多个图形的所在位置。

attach(mtcars) 
layout(matrix(c(1,1,2,3), 2, 2, byrow = TRUE)) 
hist(wt) 
hist(mpg) 
hist(disp) 
detach(mtcars)

为了更精确地控制每幅图形的大小，可以有选择地在layout()函数中使用widths=和 heights=两个参数。其形式为：

 widths = 各列宽度值组成的一个向量

 heights = 各行高度值组成的一个向量

例子

在以下代码中，我们再次将一幅图形置于第1行，两幅图形置于第2行。但第1行中图形的高度是第2行中图形高度的二分之一。除此之外，右下角图形的宽度是左下角图形宽度的三分之一：

attach(mtcars) 
layout(matrix(c(1, 1, 2, 3), 2, 2, byrow = TRUE), 
 widths=c(3, 1), heights=c(1, 2)) 
hist(wt) 
hist(mpg) 
hist(disp) 
detach(mtcars)

layout()：调整位置和相对大小

图形布局的精细控制

可能有很多时候，你想通过排布或叠加若干图形来创建单幅的、有意义的图形，这需要有对图形布局的精细控制能力。你可以使用图形参数fig=完成这个任务。

代码清单3-4通过在散点图上添加两幅箱线图，创建了单幅的增强型图形。

例子:

原理：

请试想完整的绘图区域：左下角坐标为(0, 0)，而右上角坐标为 (1, 1)。图3-19是一幅示意图。

参数fig=的取值是一个形如c(x1, x2, y1, y2)的数值向量。

opar <- par(no.readonly=TRUE) 
par(fig=c(0, 0.8, 0, 0.8)) 
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg, 
 xlab="Miles Per Gallon", 
 ylab="Car Weight")  #散点图
par(fig=c(0, 0.8, 0.55, 1), new=TRUE) 
boxplot(mtcars$wt, horizontal=TRUE, axes=FALSE) #在上面加箱型图

par(fig=c(0.65, 1, 0, 0.8), new=TRUE) 
boxplot(mtcars$mpg, axes=FALSE) # 在右侧加箱型图

mtext("Enhanced Scatterplot", side=3, outer=TRUE, line=-3) 
par(opar)

第一个fig=将散点图设定为占据横向范围0~0.8，纵向范围0~0.8。

上方的箱线图横向占据 0~0.8，纵向0.55~1。右侧的箱线图横向占据0.65~1，纵向0~0.8。fig=默认会新建一幅图形，所以在添加一幅图到一幅现有图形上时，请设定参数new=TRUE。

我将参数选择为0.55而不是0.8，这样上方的图形就不会和散点图拉得太远。

类似地，我选择了参数0.65以拉近右侧箱线图和散点图的距离。你需要不断尝试找到合适的位置参数