Linux 运行Proteowizard中msconvert方法摸索－－－wine win32 win64架构的应用

质谱分析生成的原始文件vendor，多数以.raw（特别是Thermo fisher）为主，作为standand format。作为一种质谱分析的收费垄断手段。

作为民间的屌丝格式，mzxml以其免费转化为用户广泛使用。

.raw到mzxml格式成为了逃脱收费的必通之路。

windows下实现msconvert并不难实现，可是巧了，手边没有windows成为了我的致命伤。

于是用了一个周末的时间，重新抄起了自己的wine。

直接进入正题，wine运行Proteowizard并不难，因为有linux版本，链接略，可以自行查阅。

难的是，一般linux默认都是x64架构，而x64一直诟病于对Framework的支持。

然而运行MSConvert(ｍsconvet的GUI )又必须至少Dotnet452以上。Ｗindows proteowizard的安装包安装需要运行dotnet35。 但是winetricks有个bug，那就是dotnet35无法正确，因为其和必须安装的dotnet20相冲突。。。

好吧现在来讲下我的解决方案：

首先新建win32架构的wine

export WINEARCH=win32
export WINEPREFIX=./wine32
wineboot -u

新建好后，使用wine-mono进行安装软件（注意不要着急安装dotnet，因为wine默认在安装dotnet时卸载mono）

env WINEPREFIX=~/.wine32 wine msiexec /i direction_of_mono.msi

安装好后安装必要的vcrun (记得不要忘记安装vcrun2015)

env WINEPREFIX=~/.wine32 winetricks vcrun2003 vcrun2005 vcrun2008 vcrun2010 vcrun2012 vcrun2013 vcrun2015

最后安装dotnet，注意一定要直接安装dotnet46，因为不然会发生各种bug，（不要问我怎么知道的。。。）

env WINEPREFIX=~/.wine32 winetricks dotnet46

好了&#