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RSS订阅原创 【LAMMPS系列】LAMMPS软件安装资料包
大家好，我是粥粥。LAMMPS 是一种经典的分子动力学代码，专注于材料建模。它是大型原子/分子大规模并行模拟器的首字母缩略词。LAMMPS 具有固态材料（金属、半导体）和软物质（生物分子、聚合物）以及粗粒或中等系统的势函数。它可用于模拟原子，或者更笼统地说，作为原子、细观或连续尺度上的并行粒子模拟器。LAMMPS软件分为WIN版和LINUX版，本文提供WIN版的LAMMPS软件、LINUX版的LAMMPS软件和必要的环境包，如FFTW、MPICH。具体安装教程可在bilibili搜索《Lammps最新详细安
2022-01-10 23:39:01
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原创 【LAMMPS系列】径向分布函数RDF与结构因子SF
大家好，我是粥粥。这几天，用PYTHON写了一个计算SiO2的O-Si间的偏径向分布函数(partial RDF)和针对不同Si近邻(neighbor1，neighbor2...neighbor6)的偏偏径向分布函数(partial partial RDF)，自己起的名字。如图1，以此可以枚举SiO2非晶化过程中，原子间的拓扑约束，并考察其变化。此外，根据实验得到偏结构因子计算出偏径向分布函数，就可以根据我MD模拟的结果，来对应实际材料中的难以计算和预测的性质。图1 | SiO2辐照后的偏RDF(O-Si)
2022-01-04 11:27:01
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原创 【LAMMPS系列】如何获取适合目标系统的反应力场ReaxFF
大家好，我是粥粥。反应力场（reactive force field，ReaxFF），是一种基于键级的分子力场，常用于分子动力学模拟，由Adri van Duin、William A. Goddard和加利福尼亚理工学院的合作者提出。通过分子动力学或蒙特卡洛，模拟介观尺度下，可能发生的化学反应，以及有关的热力学与动力学性质。能够用于高温热解、燃烧、催化、溶液环境、界面、金属和金属氧化物表面分子反应的模拟。LAMMPS模拟中首先要获得反应力场文本文件，才可进行模拟，但目标文献或最相关文献中一般不会直接给出此文
2022-01-03 20:41:39
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原创 【LAMMPS系列】LAMMPS安装WIN并行版
大家好，我是粥粥。LAMMPS 是一种经典的分子动力学代码，专注于材料建模。它是大型原子/分子大规模并行模拟器的首字母缩略词。LAMMPS 具有固态材料（金属、半导体）和软物质（生物分子、聚合物）以及粗粒或中等系统的势函数。它可用于模拟原子，或者更笼统地说，作为原子、细观或连续尺度上的并行粒子模拟器。LAMMPS软件分为WIN版和LINUX版，本文提供最新版的WIN并行版的LAMMPS软件和MPICH。最新版的WIN并行版的LAMMPS安装非常简单，但很多刚入门的小伙伴还是不会安装，来找我付费安装。这里提供
2022-01-02 15:18:59
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原创 【LAMMPS系列】MD模拟数据后处理程序ISAACS
大家好，我是粥粥。分子动力模拟再好，没有方便的数据分析，就画不出有用又漂亮的图。对于MD模拟数据后处理，LAMMPS内的compute command可以进行简单的RDF、配位数、ADF和MSD等的计算，更多的分析可以借助别人造好的轮子（开源程序）进行计算，对于个性化的分析就要自己去编程了。此系列收集整理后处理程序的用途，以备不时之需。ISAACS可对由LAMMPS模拟得出的分子构型（data文件或轨迹文件）进行后处理分析的程序，包括径向分布函数、原子配位数、模型自由体积和密度、键角分布、环统计量、球面谐波
2022-01-02 14:38:48
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空空如也
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