大家好,我是粥粥。
分子动力模拟再好,没有方便的数据分析,就画不出有用又漂亮的图。对于MD模拟数据后处理,LAMMPS内的compute command可以进行简单的RDF、配位数、ADF和MSD等的计算,更多的分析可以借助别人造好的轮子(开源程序)进行计算,对于个性化的分析就要自己去编程了。此系列收集整理后处理程序的用途,以备不时之需。
ISAACS可对由LAMMPS模拟得出的分子构型(data文件或轨迹文件)进行后处理分析的程序,包括径向分布函数、原子配位数、模型自由体积和密度、键角分布、环统计量、球面谐波不变性和键合价,可以在Linux,MacOSX(Intel)和Windows(XP,Vista)平台上工作。本文只介绍ubuntu系统下的安装。
软件安装
ubuntu系统下的安装命令
cd /etc/apt
sudo echo "deb http://widehat.opensuse.org/repositories/home:/Slookeur/xUbuntu_17.10 ./" >> sources.list
sudo apt-get install isaacs
sudo apt-get update isaacs
软件特色
可计算内容
一、X射线或中子散射数据
二、径向分布函数 Radial distribution functions g®