【LAMMPS系列】MD模拟数据后处理程序ISAACS

大家好，我是粥粥。

分子动力模拟再好，没有方便的数据分析，就画不出有用又漂亮的图。对于MD模拟数据后处理，LAMMPS内的compute command可以进行简单的RDF、配位数、ADF和MSD等的计算，更多的分析可以借助别人造好的轮子（开源程序）进行计算，对于个性化的分析就要自己去编程了。此系列收集整理后处理程序的用途，以备不时之需。

ISAACS可对由LAMMPS模拟得出的分子构型（data文件或轨迹文件）进行后处理分析的程序，包括径向分布函数、原子配位数、模型自由体积和密度、键角分布、环统计量、球面谐波不变性和键合价，可以在Linux，MacOSX（Intel）和Windows（XP，Vista）平台上工作。本文只介绍ubuntu系统下的安装。

软件安装

ubuntu系统下的安装命令

cd /etc/apt
sudo echo "deb http://widehat.opensuse.org/repositories/home:/Slookeur/xUbuntu_17.10 ./" >> sources.list
sudo apt-get install isaacs
sudo apt-get update isaacs

软件特色

可计算内容

一、X射线或中子散射数据

二、径向分布函数 Radial distribution functions g®