R-应用流行病学和公共卫生-0.简介

已于 2022-03-26 15:44:46 修改
阅读量390 收藏 2
点赞数
分类专栏： 流病 文章标签： r语言
于 2022-03-26 15:41:20 首次发布
原文链接：https://epirhandbook.com/en/index.html
版权

        从今天开始记录《R for applied epidemiology and public health》的内容，原文链接：R for applied epidemiology and public health | The Epidemiologist R Handbook，该书册中尝试给出至少两种方法解决问题，一种是基于R包，另一种是基于专门为解决问题而设计的R包，优先考虑tidyverse中的 R 包和函数。

        书中的注释：

                注意：这是一个注释
                提示：这是一个提示。
                注意：这是一个警示性说明。
                危险：这是一个警告。

        书中的软件、包及相应的版本：

## - Session info ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
##  setting  value                       
##  version  R version 4.1.0 (2021-05-18)
##  os       Windows 10 x64              
##  system   x86_64, mingw32             
##  ui       RStudio                     
##  language (EN)                        
##  collate  English_United States.1252  
##  ctype    English_United States.1252  
##  tz       America/New_York            
##  date     2021-12-15                  
## 
## - Packages -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
##  ! package              * version     date       lib source                               
##    abind                * 1.4-5       2016-07-21 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    ada                    2.0-5       2016-05-13 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    adagio                 0.8.4       2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ade4                   1.7-16      2020-10-28 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    anytime                0.3.9       2020-08-27 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    ape                  * 5.5         2021-04-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    aplot                  0.0.6       2020-09-03 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    apyramid             * 0.1.2       2020-05-08 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    assertive.base         0.0-9       2021-02-08 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    assertive.properties   0.0-4       2016-12-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    assertive.types        0.0-3       2016-12-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    assertthat             0.2.1       2019-03-21 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    aweek                * 1.0.2       2021-01-04 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    backports              1.2.1       2020-12-09 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    base64enc              0.1-3       2015-07-28 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    bayestestR             0.10.0      2021-05-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    BiocManager            1.30.15     2021-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    bit                  * 4.0.4       2020-08-04 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    bit64                  4.0.5       2020-08-30 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    blob                   1.2.1       2020-01-20 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    bookdown               0.22        2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    boot                 * 1.3-28      2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    broom                * 0.7.6       2021-04-05 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    broom.helpers          1.3.0       2021-04-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    bslib                  0.2.5.1     2021-05-18 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    cachem                 1.0.5       2021-05-15 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    callr                  3.7.0       2021-04-20 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    car                    3.0-10      2020-09-29 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    carData                3.0-4       2020-05-22 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    cellranger             1.1.0       2016-07-27 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    checkmate              2.0.0       2020-02-06 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    class                  7.3-19      2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    classInt               0.4-3       2020-04-07 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##  P cleangeo               0.2-4       2021-04-17 [?] CRAN (R 4.1.1)                       
##    cli                    3.0.0       2021-06-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    clock                  0.3.0       2021-04-22 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    cmprsk                 2.2-10      2020-06-09 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    coarseDataTools        0.6-5       2019-12-06 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    coda                   0.19-4      2020-09-30 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    codetools              0.2-18      2020-11-04 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    colorspace             2.0-2       2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    commonmark             1.7         2018-12-01 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    conquer                1.0.2       2020-08-27 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    corrr                * 0.4.3       2020-11-24 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    cowplot              * 1.1.1       2020-12-30 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    crayon                 1.4.1       2021-02-08 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    crosstalk              1.1.1       2021-01-12 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    curl                   4.3.2       2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    curry                  0.1.1       2016-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    data.table           * 1.14.0      2021-02-21 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    DBI                  * 1.1.1       2021-01-15 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    dbplyr                 2.1.1       2021-04-06 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    deldir                 0.2-10      2021-02-16 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    Deriv                  4.1.3       2021-02-24 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    DiagrammeR           * 1.0.6.1     2020-05-08 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    dichromat              2.0-0       2013-01-24 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    digest                 0.6.27      2020-10-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    distcrete            * 1.0.3       2017-11-23 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    distributional         0.2.2       2021-02-02 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    doBy                 * 4.6.10      2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    doParallel             1.0.16      2020-10-16 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    downlit                0.2.1       2020-11-04 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    dplyr                * 1.0.6       2021-05-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    dsr                  * 0.2.2       2019-08-23 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    DT                   * 0.18        2021-04-14 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    e1071                  1.7-7       2021-05-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ecmwfr               * 1.3.0       2020-07-13 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    effectsize             0.4.5       2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ellipsis               0.3.2       2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    Epi                  * 2.44        2021-02-27 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    epibuffet              0.0.0.9005  2021-07-12 [1] Github (R4EPI/epibuffet@39cbc7e)     
##    epicontacts          * 1.2.0       2021-05-30 [1] Github (reconhub/epicontacts@facf491)
##    epidict                0.0.0.9001  2021-07-12 [1] Github (R4EPI/epidict@1893db0)       
##    EpiEstim             * 2.2-4       2021-01-07 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    epikit               * 0.1.2       2021-04-29 [1] Github (R4EPI/epikit@9267b80)        
##    EpiNow2              * 1.3.2       2020-12-14 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    epitrix              * 0.2.2       2019-01-15 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    etm                    1.1.1       2020-09-08 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    evaluate               0.14        2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    evd                    2.3-3       2018-04-25 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    expm                   0.999-6     2021-01-13 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    fabletools           * 0.3.1       2021-03-16 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    FactoClass             1.2.7       2018-10-01 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    fansi                  0.5.0       2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    farver                 2.1.0       2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    fastLink             * 0.6.0       2020-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    fastmap                1.1.0       2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    feasts               * 0.2.1       2021-03-22 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    ff                   * 4.0.4       2020-10-13 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    fitdistrplus           1.1-5       2021-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    flexdashboard        * 0.5.2       2020-06-24 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    flextable            * 0.6.6       2021-05-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    forcats              * 0.5.1       2021-01-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    foreach                1.5.1       2020-10-15 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    forecast             * 8.14        2021-03-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    foreign                0.8-81      2020-12-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    formatR                1.10        2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    formattable          * 0.2.1       2021-01-07 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    Formula              * 1.2-4       2020-10-16 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    fracdiff               1.5-1       2020-01-24 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    frailtypack          * 3.3.2       2020-10-14 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    fs                   * 1.5.0       2020-07-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    futile.logger          1.4.3       2016-07-10 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    futile.options         1.0.1       2018-04-20 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    future                 1.21.0      2020-12-10 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    future.apply           1.7.0       2021-01-04 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    gdata                  2.18.0      2017-06-06 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    gdtools                0.2.3       2021-01-06 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    generics               0.1.0       2020-10-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ggExtra              * 0.9         2019-08-27 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    ggforce              * 0.3.3       2021-03-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gghighlight          * 0.3.1       2020-12-12 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    ggnewscale           * 0.4.5       2021-01-11 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    ggplot2              * 3.3.5       2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ggpubr               * 0.4.0       2020-06-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ggrepel              * 0.9.1       2021-01-15 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    ggridges               0.5.3       2021-01-08 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    ggsignif               0.6.1       2021-02-23 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    ggtext                 0.1.1       2020-12-17 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    ggtree               * 3.0.1       2021-05-25 [1] Bioconductor                         
##    ggupset              * 0.3.0       2020-05-05 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    globals                0.14.0      2020-11-22 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    glue                   1.4.2       2020-08-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gmodels                2.18.1      2018-06-25 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    goftest                1.2-2       2019-12-02 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    grates                 0.2.0       2021-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gridExtra              2.3         2017-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gridtext               0.1.4       2020-12-10 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    gt                     0.3.0       2021-05-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gtable                 0.3.0       2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    gtools                 3.8.2       2020-03-31 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    gtsummary            * 1.4.1       2021-05-19 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    haven                  2.4.1       2021-04-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    here                 * 1.0.1       2020-12-13 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    highcharter          * 0.8.2       2020-07-26 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    highr                  0.9         2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    hms                    1.1.0       2021-05-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    htmltools              0.5.1.1     2021-01-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    htmlwidgets            1.5.3       2020-12-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    httpuv                 1.6.1       2021-05-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    httr                   1.4.2       2020-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    i2extras             * 0.1.0       2021-03-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    igraph                 1.2.6       2020-10-06 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    imputeTS             * 3.2         2021-01-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    incidence              1.7.3       2020-11-04 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    incidence2           * 1.1         2021-05-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    inline                 0.3.19      2021-05-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    insight                0.14.1      2021-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ipred                  0.9-11      2021-03-12 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    isoband                0.2.4       2021-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    iterators              1.0.13      2020-10-15 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    janitor              * 2.1.0       2021-01-05 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    jpeg                   0.1-8.1     2019-10-24 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    jquerylib              0.1.4       2021-04-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    jsonlite               1.7.2       2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    kableExtra           * 1.3.4       2021-02-20 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    KernSmooth             2.23-20     2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    km.ci                  0.5-2       2009-08-30 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    KMsurv                 0.1-5       2012-12-03 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    knitr                  1.33        2021-04-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    labeling               0.4.2       2020-10-20 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    labelled               2.8.0       2021-03-08 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    lambda.r               1.2.4       2019-09-18 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    later                  1.2.0       2021-04-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    lattice                0.20-44     2021-05-02 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    lava                   1.6.9       2021-03-11 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    lazyeval               0.2.2       2019-03-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    leafem                 0.1.6       2021-05-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    leaflet                2.0.4.1     2021-01-07 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    leaflet.providers      1.9.0       2019-11-09 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    leafsync               0.1.0       2019-03-05 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    LearnBayes             2.15.1      2018-03-18 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    lifecycle              1.0.0       2021-02-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    linelist             * 0.0.40.9000 2020-09-18 [1] Github (reconhub/linelist@cae034d)   
##    listenv                0.8.0       2019-12-05 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    lmtest               * 0.9-38      2020-09-09 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    loo                    2.4.1       2020-12-09 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    lpSolve                5.6.15      2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    lubridate            * 1.7.10      2021-02-26 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    lwgeom                 0.2-6       2021-04-02 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    magrittr             * 2.0.1       2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##  P maps                   3.4.0       2021-09-25 [?] CRAN (R 4.1.2)                       
##    maptools               1.1-1       2021-03-15 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    markdown               1.1         2019-08-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    MASS                 * 7.3-54      2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    matchmaker             0.1.1       2020-02-21 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    Matrix               * 1.3-4       2021-06-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    MatrixModels           0.5-0       2021-03-02 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    matrixStats            0.58.0      2021-01-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##  P MazamaSpatialUtils     0.7.6       2021-09-15 [?] CRAN (R 4.1.1)                       
##    mcmc                   0.9-7       2020-03-21 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    MCMCpack               1.5-0       2021-01-20 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    memoise                2.0.0       2021-01-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    mgcv                   1.8-36      2021-06-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    mice                 * 3.13.0      2021-01-27 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    microbenchmark         1.4-7       2019-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    mime                   0.11        2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    miniUI                 0.1.1.1     2018-05-18 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    mitools                2.4         2019-04-26 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    modelr                 0.1.8       2020-05-19 [1] CRAN (R 4.0.2)                       
##    munsell                0.5.0       2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    naniar               * 0.6.1       2021-05-14 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    networkD3            * 0.4         2017-03-18 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    nlme                   3.1-152     2021-02-04 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    nnet                   7.3-16      2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    numDeriv               2016.8-1.1  2019-06-06 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    officer              * 0.3.18      2021-04-02 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    OpenStreetMap        * 0.3.4       2019-05-31 [1] CRAN (R 4.1.1)                       
##    openxlsx               4.2.3       2020-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    pacman                 0.5.1       2019-03-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    parallelly             1.25.0      2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    parameters           * 0.14.0      2021-05-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    patchwork            * 1.1.1       2020-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    PerformanceAnalytics * 2.0.4       2020-02-06 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    PHEindicatormethods  * 1.3.2       2020-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    pillar                 1.6.1       2021-05-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    pkgbuild               1.2.0       2020-12-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    pkgconfig              2.0.3       2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    plotly               * 4.9.3       2021-01-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    plotrix                3.8-1       2021-01-21 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    plyr                   1.8.6       2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    png                    0.1-7       2013-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    polyclip               1.10-0      2019-03-14 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    polyCub                0.8.0       2021-01-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    prettyunits            1.1.1       2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    pROC                   1.17.0.1    2021-01-13 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    processx               3.5.2       2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    prodlim                2019.11.13  2019-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    progress               1.2.2       2019-05-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    progressr              0.7.0       2020-12-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    projections          * 0.5.4       2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    promises               1.2.0.1     2021-02-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    proxy                  0.4-26      2021-06-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    ps                     1.6.0       2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    purrr                * 0.3.4       2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    quadprog               1.5-8       2019-11-20 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    Quandl                 2.10.0      2019-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    quantmod             * 0.4.18      2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    quantreg               5.85        2021-02-24 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    R.methodsS3            1.8.1       2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    R.oo                   1.24.0      2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    R.utils                2.10.1      2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    R6                     2.5.0       2020-10-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    raster                 3.4-10      2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    RColorBrewer         * 1.1-2       2014-12-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    Rcpp                 * 1.0.6       2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##  D RcppParallel           5.1.4       2021-05-04 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    readr                * 1.4.0       2020-10-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    readxl               * 1.3.1       2019-03-13 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    RecordLinkage        * 0.4-12.1    2020-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    renv                   0.13.2      2021-03-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    repr                   1.1.3       2021-01-21 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    reprex                 2.0.0       2021-04-02 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    reshape2               1.4.4       2020-04-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rgdal                  1.5-23      2021-02-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rgeos                  0.5-5       2020-09-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rio                  * 0.5.26      2021-03-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##  D rJava                  1.0-4       2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rlang                  0.4.11      2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rlist                  0.4.6.1     2016-04-04 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rmarkdown              2.9         2021-06-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rootSolve              1.8.2.1     2020-04-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rpart                  4.1-15      2019-04-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rprojroot              2.0.2       2020-11-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    RSQLite              * 2.2.7       2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rstan                  2.21.2      2020-07-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rstatix              * 0.7.0       2021-02-13 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rstudioapi             0.13        2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    runner                 0.4.0       2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rvcheck                0.1.8       2020-03-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    rvest                  1.0.0       2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    s2                     1.0.6       2021-06-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    sass                   0.4.0       2021-05-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    scales               * 1.1.1       2020-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    scatterplot3d          0.3-41      2018-03-14 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    see                  * 0.6.4       2021-05-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    SemiCompRisks        * 3.4         2021-02-03 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    sessioninfo            1.1.1       2018-11-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    sf                   * 1.0-1       2021-06-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    shiny                * 1.6.0       2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    sitrep               * 0.1.7       2021-07-12 [1] Github (R4EPI/sitrep@9a57f33)        
##    skimr                * 2.1.3       2021-03-07 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    slider               * 0.2.1       2021-03-23 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    snakecase              0.11.0      2019-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    sp                   * 1.4-5       2021-01-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    SparseM                1.81        2021-02-18 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    spatstat               2.1-0       2021-04-03 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spatstat.core          2.1-2       2021-04-18 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    spatstat.data          2.1-0       2021-03-21 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spatstat.geom          2.1-0       2021-04-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    spatstat.linnet        2.1-1       2021-03-28 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spatstat.sparse        2.0-0       2021-03-16 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spatstat.utils         2.1-0       2021-03-15 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spData               * 0.3.8       2020-07-03 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    spdep                * 1.1-8       2021-05-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    srvyr                * 1.0.1       2021-03-28 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    StanHeaders            2.21.0-7    2020-12-17 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    stars                * 0.5-2       2021-03-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    statmod                1.4.36      2021-05-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    stinepack              1.4         2018-07-30 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    stringdist           * 0.9.6.3     2020-10-09 [1] CRAN (R 4.0.3)                       
##    stringi                1.6.2       2021-05-17 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    stringr              * 1.4.0       2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    survC1               * 1.0-3       2021-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    surveillance         * 1.19.1      2021-03-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    survey               * 4.0         2020-04-03 [1] CRAN (R 4.0.0)                       
##    survival             * 3.2-11      2021-04-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    survminer            * 0.4.9       2021-03-09 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    survMisc               0.5.5       2018-07-05 [1] CRAN (R 4.0.4)                       
##    svglite                2.0.0       2021-02-20 [1] CRAN (R 4.0.5)                       
##    systemfonts            1.0.2       2021-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tensor                 1.5         2012-05-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tibble               * 3.1.2       2021-05-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tidyquant            * 1.0.3       2021-03-05 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tidyr                * 1.1.3       2021-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tidyselect             1.1.1       2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tidytree               0.3.4       2021-05-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tidyverse            * 1.3.1       2021-04-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    timeDate               3043.102    2018-02-21 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tmap                 * 3.3-1       2021-03-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tmaptools            * 3.1-1       2021-01-19 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    treeio               * 1.16.1      2021-05-23 [1] Bioconductor                         
##    trending             * 0.0.3       2021-04-19 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    truncnorm              1.0-8       2018-02-27 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tseries                0.10-48     2020-12-04 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tsibble              * 1.0.1       2021-04-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    TTR                  * 0.24.2      2020-09-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tweenr                 1.0.2       2021-03-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    tzdb                   0.1.1       2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    units                * 0.7-2       2021-06-08 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    UpSetR               * 1.4.0       2019-05-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    urca                   1.3-0       2016-09-06 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    utf8                   1.2.1       2021-03-12 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    uuid                   0.1-4       2020-02-26 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    V8                     3.4.2       2021-05-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    vctrs                  0.3.8       2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    viridis              * 0.6.1       2021-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    viridisLite          * 0.4.0       2021-04-13 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    visdat                 0.5.3       2019-02-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    visNetwork           * 2.0.9       2019-12-06 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    vistime              * 1.2.1       2021-04-10 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    warp                   0.2.0       2020-10-21 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    webshot              * 0.5.2       2019-11-22 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    withr                  2.4.2       2021-04-18 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    wk                     0.4.1       2021-03-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    writexl              * 1.4.0       2021-04-20 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    xfun                   0.24        2021-06-15 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    XML                    3.99-0.6    2021-03-16 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    xml2                   1.3.2       2020-04-23 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    xtable               * 1.8-4       2019-04-21 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    xts                  * 0.12.1      2020-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    yaml                   2.2.1       2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    yardstick            * 0.0.8       2021-03-28 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    zip                    2.2.0       2021-05-31 [1] CRAN (R 4.1.0)                       
##    zoo                  * 1.8-9       2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0) 
## 
## [1] C:/Users/neale/OneDrive - Neale Batra/Documents/Analytics-LAPTOP-RS5P2IBO/R/Projects/R handbook/epiRhandbook_eng/renv/library/R-4.1/x86_64-w64-mingw32
## [2] C:/Users/neale/AppData/Local/Temp/RtmpGSkexj/renv-system-library
## 
##  P -- Loaded and on-disk path mismatch.
##  D -- DLL MD5 mismatch, broken installation.

掉头就走
关注
专栏目录
EpiNow2：估计实时病例数和时变流行病学参数
01-28
EpiNow2：估计实时病例数和时变流行病学参数
COVID-19：针对COVID-19大流行的探索性数据分析和建模
02-20
COVID-19：针对COVID-19大流行的探索性数据分析和建模
R-应用流行病学和公共卫生-1.下载
lixueliuwei的博客
03-26 320
下载离线手册 使用链接下载 下载链接为：https://github.com/appliedepi/epirhandbook_eng/raw/master/offline_long/Epi_R_Handbook_offline.html 使用R包下载 该书提供了一个R包：epirhandbook，可以使用download_book()进行下载 R包安装及下载 # install the latest version of the Epi R Handbook package pacman::
用R分析COVID-19流行病学[译文]
yzhlinscau的博客
03-06 6469
作者简介：Tim Churches是新南威尔士大学临床医学院的高级研究员，也是Ingham应用医学研究所的健康数据科学家。 他的研究领域是普通医学、全科医学、职业卫生、公共卫生实践，尤其是人口健康监测和临床流行病学。 英文原文的链接：COVID-19 epidemiology with R 前言 当我在2020年3月4日撰写本文时，世界正处于由SARS-Cov2病毒引起的全球COVID-19大流行...
covid-us-forecasts:在美国预测Covid-19
04-27
在美国预测Covid-19 该存储库的建立是为了对由托管的有所贡献。 有关技术提交的详细信息，请参阅 ，或者请参阅的项目 楷模 我们使用一组模型来预测美国各州Covid-19的死亡人数。 这些包括： rt估计（ EpiNow2 ）： models/rt 作为案例卷积的死亡（ EpiNow2 ）： models/deaths-conv-cases 时间序列方法的平均集合： models/timeseries 然后，使用在一定范围的视野和训练窗口内平均的分位数回归将这些模型整合在一起。 然后使用适当的评分规则从scoringutils选择最终提交。 我们每周累积和事故死亡人数，美国和选定的美国各州1-4提前一周预测。 有关正在进行的工作，请参见。 有关其他国家/地区的Rt估算和预报，请我们的。 贡献者 LSHTM，传染病数学建模中心： 山姆·雅培（@seabbs） 凯思·谢拉
R-应用流行病学和公共卫生-2.R语言基础
lixueliuwei的博客
03-26 1203
名词解释 RStudio- RStudio 是一个图形用户界面 (GUI)，可以更轻松地使用。 对象- 您存储在 R 中的所有内容 - 数据集、变量、列表、总人口数，甚至是图形等输出 -是分配了名称并且可以在以后的命令中引用的对象。 函数- 函数是接受输入并返回转换后的输出的代码块。 包- R 包是可共享的功能包。 脚本- 脚本是保存您的命令的文档文件。 学习资源 Rstudio网站：RStudio Cheatsheets - RStudio Rstudio帮助文档：输入 ?函数名 回车，即.
R-应用流行病学和公共卫生-X.生存分析
lixueliuwei的博客
04-02 1167
跳个章，最近要做生存分析，先把这一部分记录下来 概述 生存分析侧重于描述给定的个体或个体群体，定义事件点（疾病的发生、疾病治愈、死亡、对治疗有反应后复发……）为failure，该事件点在一段时间后发生，称为观察个体的failure time(或基于队列/人群的研究中的随访时间）。为了确定failure time，有必要定义一个起源时间（可以是包含日期、诊断日期……）。 生存分析的推理目标是起源和事件之间的时间。在当前的医学研究中，它被广泛用于临床研究，例如评估治疗效果，或在癌症流行病学中评估各种癌症生
R-应用流行病学和公共卫生-7.数据清洗
lixueliuwei的博客
04-06 798
本手册强调使用tidyverseR 包系列中的函数。下面列出了本页中演示的基本 R 函数。 其中许多函数属于dplyrR 包，它提供“verb”函数来解决数据操作挑战（名称是对“data frame-plier”）的引用。dplyr是tidyverseR 包系列的一部分（其中还包括ggplot2、tidyr、stringr、tibble、purrr、magrittr和forcats等）。 Function Utility Package %>% “pipe” (pa...
seir：在SEIR模型中的应用-流行病学
02-22
在"seir-master"的源代码中，你可能会发现以上提到的各种功能的实现，通过阅读和理解这些代码，你可以深入学习SEIR模型及其在Python中的应用，这对于理解传染病动态和制定公共卫生策略有着重要价值。
lshtm-multimorbidity:回购LSHTM的多发病项目信息
04-09
lshtm多发病 回购LSHTM的多发病项目信息
STM32多路AD.zip
07-16
资源内是STM32 多路ADC的源码，可使用Keil5 MDK直接打开，亲测可用，可根据需要自行改变ADC的通道数。
epi2:KoCo19第二轮流行病学分析代码
04-28
KoCo19第二轮流行病学分析 慕尼黑KoCo19进行的前瞻性Covid-19队列研究的第二轮（2020年11月至2021年1月）的统计流行病学分析代码。 研究网站为 ，请参阅此处以获取更多信息。 该代码托管在。 结构 该代码位于以下文件夹中： /Statistics ：包含用于估计总体和每周患病率的未加权点估计以及关联的置信区间的代码。 /Output ：包含未加权患病率估计的结果。 /SamplingWeights ：包含用于执行采样权重校正和校准的代码。 还包含加权的患病率和发病率估计以及置信区间。 /PermutationStudies ：包含通过排列测试的聚类分析。 更多： /Icons ：包含一些用于可视化的图标。 数据 出于数据保护的原因，这些数据不可公开获得。 接触 如有特定问题，请联系相应子模块中指定的负责人。 如有一般问题，请联系Yannik Schaelt
COVID-19：COVID-19信息中心
02-20
COVID-19：COVID-19信息中心
covid19-rt
02-09
covid19-rt 根据COVID-19每日病例数计算Rt值 我们需要对公共卫生研究进行统计咨询和支持，以分析安大略省几个公共卫生部门的数据。 第一个分析将是： 根据所附的Excel文件（即3月1日至今）从每日COVID-19病例计数中计算出每周的Rt值（安大略省，滑铁卢，约克，多伦多和皮尔地区）。 第二种分析将是： 在每个公共卫生部门和整个安大略省，通过分段回归确定Rt行为的斜率/断点随时间的变化（以及COVID-19传播趋势的变化）。 请参阅所附示例。 回归将基于零到八个断裂点，使用斜率变化/离散回归段，每个段至少有五个数据点。 在每个不同的部分使用单独的截距，计算最佳模型的截距和斜率，从而可以分别识别Rt的增加或减小，以及日值的突然“跳跃”或“暴跌”。 与示例类似的颜色代码附加了增加限制的时间段（深红色表示锁定，浅红色表示增加限制，绿色表示减少限制） Rt与全球流动
行业分类-设备装置-湖北省儿童和乳牛中隐孢子虫和贾第虫的分子流行病学研究.zip
09-12
《湖北省儿童和乳牛中隐孢子虫和贾第虫的分子流行病学研究》这份文档，虽然在标题和描述中并未明确指出IT行业的专业内容，但我们可以从中挖掘出一些与生物信息学、公共卫生和数据分析相关的知识点。这些领域在现代...
ph142-sp21：加州大学伯克利分校公共卫生课程材料142：生物学和公共卫生概率与统计概论
02-10
课程将涵盖条件概率、独立事件、贝叶斯定理以及大数定律等基本概念，这些都是评估疾病风险和流行病学研究的基础。 3. **统计推断**：统计推断是公共卫生决策的核心，包括参数估计和假设检验。学生将学习如何使用...
常用的流行病学研究方法学习教案.pptx
11-21
【流行病学研究方法】是公共卫生领域中用于研究疾病分布、病因及预防措施的重要手段。在本学习教案中，主要涵盖了流行病学的三大方法类别：观察流行病学、实验流行病学和理论流行病学。 1. **观察流行病学**： - *...
空间流行病学知识PPT学习教案.pptx
10-13
空间流行病学是流行病学的一个重要分支，专注于研究疾病在地理位置上的分布规律，特别是对小范围环境暴露与疾病关联性的...因此，空间流行病学不仅丰富了流行病学的研究方法，也为公共卫生实践提供了重要的科学依据。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值