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RSS订阅转载 R-应用流行病学和公共卫生-9.字符和字符串
本页演示了使用stringr包来评估和处理字符值（“字符串”）。合并、排序、拆分、排列 -str_c(),str_glue(),str_order(),str_split() 清洁和标准化 调整长度 -str_pad(),str_trunc(),str_wrap() 更改大小写 -str_to_upper(),str_to_title(),str_to_lower(),str_to_sentence() 按位置评估和提取 -str_length(),str_sub(),...
2022-04-11 22:38:32
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-8.日期处理
在 R 中使用日期比使用其他对象类需要更多的注意力。下面，我们提供了一些工具和示例来减少这个过程的痛苦。幸运的是，可以通过练习轻松解决日期问题，并使用一组有用的软件包，例如lubridate。在导入原始数据时，R 通常将日期解释为字符对象——这意味着它们不能用于一般的日期操作，例如制作时间序列和计算时间间隔。为了使事情变得更加困难，可以通过多种方式格式化日期，并且您必须帮助 R 知道日期的哪一部分代表什么（月、日、小时等）。R 中的日期是它们自己的对象类 -Date类。需要注意的是，还有一个类可以存
2022-04-10 20:21:42
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-7.数据清洗-2
心态崩了，上一篇续写因为ctrlz重写了两遍，因为提交不上又重写了两遍。。。分了吧选择或重新排序列使用select()fromdplyr选择要保留的列，并指定它们在数据框中的顺序。注意：在以下示例中，linelist数据框已修改select()并显示，但未保存。这是出于演示目的。修改后的列名通过管道将数据框传输到names().以下是清洁管道链中此时行列表中的所有列名：names(linelist)## [1] "case_id" "generation.
2022-04-10 17:24:49
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-7.数据清洗
本手册强调使用tidyverseR 包系列中的函数。下面列出了本页中演示的基本 R 函数。其中许多函数属于dplyrR 包，它提供“verb”函数来解决数据操作挑战（名称是对“data frame-plier”）的引用。dplyr是tidyverseR 包系列的一部分（其中还包括ggplot2、tidyr、stringr、tibble、purrr、magrittr和forcats等）。Function Utility Package %>% “pipe” (pa...
2022-04-06 18:34:47
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-X.生存分析
跳个章，最近要做生存分析，先把这一部分记录下来概述生存分析侧重于描述给定的个体或个体群体，定义事件点（疾病的发生、疾病治愈、死亡、对治疗有反应后复发……）为failure，该事件点在一段时间后发生，称为观察个体的failure time(或基于队列/人群的研究中的随访时间）。为了确定failure time，有必要定义一个起源时间（可以是包含日期、诊断日期……）。生存分析的推理目标是起源和事件之间的时间。在当前的医学研究中，它被广泛用于临床研究，例如评估治疗效果，或在癌症流行病学中评估各种癌症生
2022-04-02 17:54:21
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-6.导出
rio包使用rio，您可以export().首先给出要保存的 R 对象的名称（例如linelist），然后在引号中输入要保存文件的文件路径，包括所需的文件名和文件扩展名。例如：这会将数据框linelist作为 Excel 工作簿保存到工作目录/R 项目根文件夹：export(linelist, "my_linelist.xlsx") # will save to working directoryexport(linelist, here("data", "clean", "my_lin..
2022-04-01 21:40:45
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-5.导入
rio包我们推荐的 R 包是：rio。名称“rio”是“RI/O”（输入/输出）的缩写。它的功能import()和export()可以处理许多不同的文件类型（例如.xlsx、.csv、.rds、.tsv）。当您提供这些函数的文件路径（包括“.csv”之类的文件扩展名）时，rio将读取扩展名并使用正确的工具导入或导出文件。here包here()可以很容易地告诉 R 在哪里找到和保存你的文件——本质上，它构建了文件路径。与 R 项目结合使用，here允许您描述 R 项目中文件相对于 R 项目
2022-03-30 22:28:25
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-4.建立project
R-project使您的工作可以捆绑在一个可移植的、独立的文件夹中。在项目中，所有相关的脚本、数据文件、图形/输出和历史都存储在子文件夹中，重要的是 -工作目录是项目的根文件夹。要创建 R 项目，请从“文件”菜单中选择“新建项目”。如果要为项目创建一个新文件夹，请选择“新建目录”并指明要创建它的位置。 如果要在现有文件夹中创建项目，请单击“现有目录”并指明文件夹。 如果要克隆 Github 存储库，请选择第三个选项“版本控制”，然后选择“Git”。有关详细信息，请参阅版本控制和与 Git 和 G
2022-03-28 22:18:29
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-3.安装所需包
在安装之前先安装pacman，然后运行下述代码从CRAN安装########################################### List of useful epidemiology R packages ############################################ This script uses the p_load() function from pacman R package, # which installs if packag
2022-03-28 22:04:24
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-2.R语言基础
名词解释RStudio- RStudio 是一个图形用户界面 (GUI)，可以更轻松地使用。 对象- 您存储在 R 中的所有内容 - 数据集、变量、列表、总人口数，甚至是图形等输出 -是分配了名称并且可以在以后的命令中引用的对象。 函数- 函数是接受输入并返回转换后的输出的代码块。 包- R 包是可共享的功能包。 脚本- 脚本是保存您的命令的文档文件。学习资源Rstudio网站：RStudio Cheatsheets - RStudio Rstudio帮助文档：输入 ?函数名 回车，即.
2022-03-26 22:42:21
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-1.下载
下载离线手册使用链接下载下载链接为：https://github.com/appliedepi/epirhandbook_eng/raw/master/offline_long/Epi_R_Handbook_offline.html使用R包下载该书提供了一个R包：epirhandbook，可以使用download_book()进行下载R包安装及下载# install the latest version of the Epi R Handbook packagepacman::
2022-03-26 17:20:32
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转载 R-应用流行病学和公共卫生-0.简介
从今天开始记录《R for applied epidemiology and public health》的内容，原文链接：R for applied epidemiology and public health | The Epidemiologist R Handbook，该书册中尝试给出至少两种方法解决问题，一种是基于R包，另一种是基于专门为解决问题而设计的R包，优先考虑tidyverse中的 R 包和函数。 书中的注释：注意：这是...
2022-03-26 15:41:20
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