LAMMPS - 分子动力学模拟器

本文翻译自：https://www.lammps.org/

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一、关于 LAMMPS

• 官网： https://www.lammps.org/

• github ：https://github.com/lammps/lammps

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LAMMPS 分子动力学模拟器

lamp ：产生光、热或治疗辐射的装置；照亮思想或灵魂的东西 – www.dictionary.com

LAMMPS : Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS 是一款经典的分子动力学程序，专注于材料建模。它是“大规模原子/分子大规模并行模拟器”的缩写。

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悬停动画

输入脚本 : https://www.lammps.org/inputs/in.logo.txt

物理模拟

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• 2023 年 LAMMPS 研讨会和研讨会将于 2023 年 8 月 8 日至 11 日以线上方式举行。访问研讨会网站。
• 有一篇新的 LAMMPS 概述论文，您可以在出版物中引用。请 在此处查看引用详细信息，并 在此处查看精美图片。

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LAMMPS 可用于固态材料（金属、半导体）和软物质（生物分子、聚合物）以及粗粒或中观系统。它可用于模拟原子，或者更一般地用作原子、中观或连续尺度的并行粒子模拟器。

LAMMPS 可在单个处理器上运行，也可以使用消息传递技术和模拟域的空间分解并行运行。其许多模型都有可在 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phis 上提供加速性能的版本。代码设计为易于修改或扩展新功能。

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下载

LAMMPS 以GPLv2条款下的开源代码形式发布。
新老版本下载：https://www.lammps.org/download.html
所有 LAMMPS 开发均通过 GitHub完成，因此所有版本也可在此处访问。

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作者

可以通过电子邮件 developers@lammps.org 联系 LAMMPS 的主要作者，他们的名字和联系方式以及其他贡献者都列在这个页面 https://www.lammps.org/authors.html 。
LAMMPS 开发的资金主要来自美国能源部 (OASCR、OBER、ASCI、LDRD、ECP、Genomes-to-Life)，在此致谢。

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R&D 100

LAMMPS 于 2018 年荣获 R&D 100 奖。
点击此处了解更多信息和视频。

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二、LAMMPS 亮点

（请参阅图片 和 电影页面以获取更多 LAMMPS 计算的示例）

毛细血管中的血流

这是由瑞士 USI 的 Kirill Lykov (kirill.lykov at usi.ch)、Xuejin Li 等人以及美国布朗大学共同开展的研究工作，旨在为基于粒子的方法开发新的开放边界条件 (OBC) 方法，适用于模拟具有多个入口和出口的复杂计算域中的可变形体流动。

图像（左）和视频（右）展示了 OBC 在直管、分叉和毛细管网络的一部分中的红细胞流动中的应用。使用 Blender 程序进行渲染。

本文有进一步的详细信息。

基于粒子的血流模拟的流入/流出边界条件：应用于动脉分叉和树，K. Lykov、X. Li、H. Lei、IV Pivkin、GE Karniadakis，PLoS Computational Biology 11(8): e1004410 (2015)。（doi:10.1371/journal.pcbi.1004410）（摘要）

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2024-05-28（二）