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安装gWidgets2tcltk
Invalid MIT-MAGIC-COOKIE-1 keyInvalid MIT-MAGIC-COOKIE-1 keyWarning message: In fun(libname, pkgname) : couldn't connect to display ":0"Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") : [tcl] invalid command name "font".Error.原创 2021-12-09 18:17:41 · 687 阅读 · 0 评论 -
R导入文件夹下的所有函数
导入文件夹下的所有函数导入文件夹下所有Rdatapurrr::walk(list.files('~/funs',pattern="*.R$",full.names = T), source,.GlobalEnv)purrr::walk(list.files('~/datas',pattern="*.RData",full.names = T), load,.GlobalEnv)...原创 2021-07-29 14:09:37 · 631 阅读 · 0 评论 -
dplyr tidyr pipe管道 %>%介绍
来自:https://qiita.com/aakansh9/items/c2c4d3f653162778b757https://dplyr.tidyverse.org/https://tidyr.tidyverse.org/dplyr是R中着名的plyr包的下一个版本,用来处理转换数据,tidyr用来获得整洁(tidy)的数据;%>%最初在封装magrittr中引入的管道操作...翻译 2018-10-27 23:28:50 · 2354 阅读 · 0 评论 -
rmarkdown kniter生成报告
主页 https://rmarkdown.rstudio.com 易辉 https://yihui.name/cn/ https://garrettgman.github.io/rmarkdown/articles.html knitr https://github.com/yihui/knitr/downloads 忍者秘籍: https://bookdown.org/yihu...原创 2018-09-05 23:11:13 · 5249 阅读 · 1 评论 -
shiny-server 安装配置
安装服务器 https://www.rstudio.com/products/shiny/download-server/参考文档 http://docs.rstudio.com/shiny-server/安装$ sudo apt-get install gdebi-core$ wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04...原创 2018-09-05 22:59:36 · 1580 阅读 · 0 评论 -
R awesome
# 在dataframe取一列数据,保留df类型,可加(drop)参数otutable_gp[otu_name,,drop=F]read.table(factorfile,sep = '\t',header = T,colClasses=c('factor'), comment.char = '' #保留井号注释行, )...原创 2018-09-05 22:56:43 · 218 阅读 · 0 评论 -
Rstudio shiny rmarkdown tidyverse 相关网页
https://www.rstudio.com/products/rpackages/tidyverse 项目地址: https://www.tidyverse.org/ 集合了多个包在一起shiny 项目地址: https://shiny.rstudio.com/ 用于构建交互式web运用rmarkdown : http://rmarkdown.rstudio.com/ ...原创 2018-09-05 22:47:54 · 583 阅读 · 0 评论 -
R optparse Args 命令行传递参数包
R命令行传递参数包, 类似python参数传递#第一种方法:Args <- commandArgs()filename =Args[6] # 第一个参数是Args[6]不过这种方法不能设默认参数,也不能省略参数commandArgs(T) #第一个参数是Args[1]#第二种方法##类似python版本library("optparse")option_list...原创 2018-08-15 23:39:45 · 3080 阅读 · 0 评论 -
R colors 画图配色相关包及函数
画图heatmap颜色定义colorRampPalette(c('blue','black', 'yellow'))(120)heat.colors() #从红色渐变到黄色再变到白色(以体现“高温”、“白热化”)。terrain.colors() #从绿色渐变到黄色再到棕色最后到白色(这些颜色适合表示地理地形)。cm.colors() #从青色渐变到白色再到粉红色。...原创 2018-08-15 23:30:07 · 4024 阅读 · 0 评论 -
R read.table 读取表格参数详解
read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'", dec = ".", row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1, ...原创 2018-08-15 23:12:28 · 12468 阅读 · 0 评论 -
R MetaboAnalystR 代谢组分析包
R MetaboAnalystR 代谢组分析包#先安装一些依赖bio包source(&quot;https://bioconductor.org/biocLite.R&quot;)biocLite(c('impute','pcaMethods', 'globaltest', 'GlobalAncova', 'Rgraphviz', 'preprocessCore', 'gen...原创 2018-08-15 16:36:14 · 12138 阅读 · 1 评论 -
R-network igraph ggnet2 网络图
R 画网络图 http://kateto.net/network-visualizationinstall.packages(&quot;igraph&quot;) install.packages(&quot;network&quot;) install.packages(&quot;sna&quot;)install.packages(&quot;visNetwork原创 2018-08-10 23:07:38 · 3149 阅读 · 0 评论