五月的田野

fasta序列条数统计统计大于号开始的行数# 通过搜索>的数量grep -c '^>' myFasta.fasta#seqkit统计提取seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4fastq序列条数统计压缩格式解压，统计行数除以4# 通常以fastq.gz格式压缩zcat input.fastq.gz |...

github地址： https://github.com/sanger-pathogens/assembly-stats.git安装conda install assembly-stats使用介绍，如果是多个结果，为了阅读方便，可以存为csv格式# 列头echo faname,sum,ave,largest,N50,N60,N70,N80,N90,N100,N_count,Gap...

perl中的INC变量中包含了所有的perl module的查找路径。 可以使用perl -V 来查看INC的值。whereis perl //查看perl安装位置 （可能装有多个）perl -V // 查看环境# 设置环境变量PERL5LIB来增加到INC，例如：# PERL5LIB=/usr/apache/perl5/5.8.4/i86pc-solaris/Apache/使...

FaQCs 使用perl编写，R画图。不仅可以统计质量，Q30，还可以trim序列。安装简单准备好两个需要的perl 模块,下载github上的文件，然后直接cd lib;./INSTALL.sh。 https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCsfastqc java写的，速度快，结果清晰，但结果没有Q30比值 http://www.bioinf...

Metastats是用于检测宏基因组病例/对照研究中差异丰富特征的软件。它是在包含多个样本的宏基因组数据的背景下开发的第一个工具，并且依赖于非参数t检验。相关资源 - 介绍 http://cbcb.umd.edu/software/metastats - 计算 源代码 https://github.com/icj/Metagenomics - mothur metastats http...

介绍 https://picrust.github.io/picrust/index.html源码 https://github.com/picrust/picrustgalaxy 在线版本 http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/安装教程 https://picrust.github.io/picrust/install.html#inst...