如何在linux系统中用conda安装R环境及R包

一、miniconda3的安装不再赘述

二、安装R环境

1. 提前准备好conda的R单独环境

conda env list #查看已有环境

conda create -n R4.1.2

conda activate R4.1.2

2. 进入环境后，多添加一些conda channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

channel少的话，r-base种类少

conda search r-base

选择一款适合的版本

conda install r-base=4.1.2
which -a R

将自己刚才安装的R绝对路径添加到.bashrc中的环境变量中$PATH，也可以加alias。

OK, 现在R的环境已经安装好了。

三、安装R包

1. 镜像设置

进入R

options()$repos      #查看现有镜像

OK，没有任何镜像

file.edit(file.path("~",".Rprofile"))  #打开一个文件

在文件中写入下面的内容       #多写几个镜像

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","The Comprehensive R Archive Network","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
print("已设置北大阿里云镜像")

写完后，退出，重新进入R

options()$repos      #查看现有镜像

2. 安装BiocManager ##官网Bioconductor - Install

R4.1.2对应的BiocManager版本是3.14

在R中输入

if (!require("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version ="3.14")

3. 安装R包

方法一：>install.packages("package_name")

方法二：

> library(BiocManager)

> BiocManager::install("ggplot2")

OK，此时你可以安装自己想要的R包了。

#附些常见的命令，查看已安装的R包“library()”。加载包“library(packagename)”。查看已加载的包“(.packages())”。取消已加载的包“detach("package: packagename")”。(参考知乎-阿辉的科研)