MPICH2的安装

    最近由于导师的一个项目结项，需要搭建一个并行运算平台。经高手推荐，我们打算采用MPI+OpenPBS来搭建，各节点机位为fodera，通过共享上网。

 

假设共有4台机器，主机名分别为station1，station2，station3，station4。以第一台为例：

 

1.1、更改/etc/hosts文件

#vi /etc/hosts

    打开hosts文件，更改如下：

    #127.0.0.1 localhost.localdomain localhost（注意，这行必须注释，否则连不上计算节点）

    192.168.0.1 station1

    192.168.0.2 station2

    192.168.0.3 station3

    192.168.0.4 station4

 

1.2 创建SSH信任连接（在root目录下）

 

1.2.1 在station1生成SSH秘钥对

    #ssh-keygen -t rsa  #一路回车即可，产生.ssh文件
    #ls -a                       #查看是否有.ssh文件夹

1.2.2进入.ssh目录
    #cd .ssh

 

1.2.3 生成authorized_keys文件

    #cp id_rsa.pub authorized_keys 

 

1.2.4 退出到root目录

    #cd ..

 

1.2.5 建立本身的信任连接

    #ssh station1      #按提示输入yes

 

1.2.6 设置station2（station2的root目录下）
    #ssh-keygen -t rsa     生成.ssh文件夹
    #scp 192.168.0.1：/root/.ssh/* /root/.ssh    拷贝station1上的.ssh文件夹覆盖本地的
    #scp 192.168.0.1：/etc/hosts /etc/hosts      拷贝station1上的hosts文件覆盖本地的
    #ssh station1  提示处输入yes回车

设置station3，station4的方法与station2相同

 

1.2.7 确认四台机器的信任连接已建立
    对每个节点执行：

    #ssh station1

    #ssh station2

    #ssh station3

    #ssh station4

    在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆（"Last login:时间日期"提示信息除外）

 

2  安装mpich2

2.1 到MPICH官方网站下载源代码包，解压缩

    #tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz

 

2.2 进入mpich2解压目录

    #cd mpich2-1.0.8

 

2.3 设置安装目录

    #./configure --prefix=/usr/local/mpich

 

2.4 编译

    #make

 

2.5 安装

    #make install

 

2.6 改变目录(可选)

    #mv mpich2-1.0.8 /usr/local/mpich/install

 

2.7 退出到root目录

    #cd

 

2.8 通过编辑.bashrc文件修改环境变量

    #vim .bashrc

   修改后的.bashrc文件如下：

    # .bashrc

    # User specific aliases and functions

 

   alias rm='rm -i'

   alias cp='cp -i'

   alias mv='mv -i'

   PATH="$PATH:/usr/local/mpich/bin"   #新增加的

   #Source global definitions

   if [ -f /etc/bashrc ]; then

  . /etc/bashrc

   fi

 

2.9 测试环境变量设置

    #which mpd

    #which mpicc

    #which mpiexec

    #which mpirun

 

2.10 修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword

   #vi /etc/mpd.conf

   设置文件读取权限和修改时间

   #touch /etc/mpd.conf

   #chmod 600 /etc/mpd.conf

 

2.11 创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts

   #vi mpd.hosts

   文件内容如下：

   station1

   station2

   station3

   station4

 

3  测试

3.1 本地测试

　　启动：

#mpd&

[1] 24455

　　观看启动机器：

　　#mpdtrace

station1

退出：

　　#mpdallexit

3.2运行集群系统

　　#mpdboot -n 4 -f mpd.hosts

　　参数-n 4指定了要起动的机器个数，-f mpd.hosts指定了通过mpd.hosts运行

    #mpdtrace

    station1

    station6

    station3

    station8

　 #mpdallexit

 

3.3测试运行MPICH的圆周率的程序

    在软件的安装包里有圆周率计算的原代码icpi.c,先编译成可执行文件

    #cd /usr/local/mpich/install/examples/

    mpicc icpi.c -o icpi

 

3.1 集群测试

    #mpdboot -n 4 -f mpd.hosts

    #启动这四台机器

    #mpiexec -n 4 /usr/local/mpich/install/examples/icpi

    用num指定使用的进程数

Enter the number of intervals: (0 quits) 100000000

pi is approximately 3.1415926535901937, Error is 0.0000000000004006

wall clock time = 18.460739

Enter the number of intervals: (0 quits) 10000

pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307

wall clock time = 0.022534

Enter the number of intervals: (0 quits) 0

#mpdallexit

 

3.2 单机测试

    #cd /usr/local/mpich/install/examples/  

    #./icpi

Enter the number of intervals: (0 quits) 100000000

pi is approximately 3.1415926535902345, Error is 0.0000000000004414

wall clock time = 73.898167

Enter the number of intervals: (0 quits) 10000

pi is approximately 3.1415926544231341, Error is 0.0000000008333410

wall clock time = 0.010941

 

测试结果表明：在intervals的值设为100000000，既精确值比较大时，群集的4进程并发运行时间是18.460739秒，单机单进程运行时间是73.898167秒，明显快很多，并行运算还是很有效果的。在intervals的值设为10000，既精确值比较小时，群集的4进程并发运行时间是0.022534秒，单机单进程运行时间是0.010941秒，这是因为并行运算过程中，参与运算的机器需要通过网络传递一些消息，如果计算量不大的话，花在了这上面的时间影响会比较明显，因而反不如单机的来得快。