MRI
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lxqlxq21
这个作者很懒,什么都没留下…
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Functional MRI (second edition) -- 7. BOLD fMRI: Origins and Properties
Ocygenated heoglobin(Hb) 富氧血红蛋白是diamagnetic反磁性的,使transverse方向的decay减慢,T∗2T_{2}^{*}变长,MRI信号变强。 ————————————————————————————– PET成像过程:radioactive tracer decay的过程中释放positron,与电子碰撞后释放gamma射线,通过接受gamma射线,原创 2015-07-26 10:27:09 · 386 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 1. An introduction to fMRI
phrenologists(颅相学家):认为可以凭借颅骨的突出和凹陷来判断脑的每个功能区域的发育是否发达。position emission tomography(PET) 与 BOLD 的区别:PET需要注射造影剂,测量的是葡萄糖;BOLD测量的是血氧,不需要造影剂。———————————————————————————————————Measurement VS. manipulation原创 2015-06-14 23:32:43 · 474 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 5. MR Contrast Mechanisms and Pulse Sequences
B增强时,T1T_{1} 变大,T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。方便记忆可以思考陀螺的例子: - 当地球引力变大的时候,high-energy和low-energy状态之间的能量差变大,这时想改变状态就会变得更困难,因此T1T_{1} 变大。 - 同时为了保持平衡陀螺需要旋转的更快,因此相互间的相位更容易变得混乱,因此T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。原创 2015-07-14 11:14:52 · 448 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 10. Statistical Analysis:Basic Analyses
t-testt=x¯−y¯σxy=x¯−y¯σ2x+σ2y√t=\frac{\bar{x}-\bar{y}}{\sigma_{xy}}=\frac{\bar{x}-\bar{y}}{\sqrt{\sigma_{x}^{2}+\sigma_{y}^{2}}} 把该值换算成probability,需要除以自由度,自由度的计算方法是数据数n-1.如果数据集x中有p个数据,y中有q个数据,则自由度为p+q原创 2015-08-26 22:14:38 · 535 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 6. From Neuronal to Hemodynamic Activity
EPSP(excitatory post-synaptic potential) -原创 2015-07-23 15:35:43 · 362 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 8. Signal, Noise, and Preprocessing of fMRI Data
Experimental Design 分为:blocked designs: 用于detection,即确定task激活的区域event-related designs: 用于estimation,即确定时间上的变化Analysis分为:voxelwise analysisregion-of-analysis(ROI) analysis原创 2015-08-07 10:32:26 · 452 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 9. Experimental Design
变量:分类方法1:Independent variables 自变量Dependent variables 因变量分类方法2:categorical variable 分类变量continues variables 连续变量控制量分配种类:between-subjects:将控制量放在不同的对象上。within-subjects:将控制量放在同一组对象上,一般比较推荐这种方式。Hyp原创 2015-08-21 20:16:55 · 291 阅读 · 0 评论 -
FreeSurfer
1.Brain volume aparcstats2table –subjects *h.aparc.stats(Freesurfer 文件夹下stats文件,注意文件名只能取这个,否则找不到文件)原创 2016-08-04 22:09:10 · 1306 阅读 · 0 评论 -
beta 和 correlation 的关系
acceptedAssuming you're talking about a simple regression model Yi=α+βXi+εiestimated by least squares, we know from wikipedia that β^=cor(Yi,Xi)⋅SD(Yi)SD(Xi)Therefore the转载 2016-09-21 22:03:33 · 1964 阅读 · 0 评论 -
Install Softwares
BEaST*Done? Need to test. - minc库位置 /opt/minc-itk4/lib - beast-library-1.1位置 /opt/minc-itk4/share/beast-library-1.1Usage: 1. $ source /opt/minc-itk4/minc-toolkit-config.sh2. PATH=$PATH:/opt/minc-i原创 2016-06-07 05:46:17 · 833 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 3. Basic Principles of MR Signal Generation(II)
公式解释:Magnetci Moment μ\mu: 在磁场中所受最大力和B的比。 Angular Momentum J=mωr2J=m\omega r^{2}———————1 gyromagnetic ratio γ=μJ\gamma=\frac{\mu}{J}————-2ex: 以单个质子为例 μ=IA=qTπr2\mu=IA=\frac{q}{T}\pi r^{2}———————————原创 2015-07-03 08:43:41 · 466 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 4. Basic Principles of MR Image Formation
Bloch Equation dM⃗ dt=γM⃗ ×B⃗ +1T1(M0−Mz→→)−1T2(Mx→+My→)\frac{d\vec{M}}{dt}=\gamma \vec{M} \times \vec{B}+\frac{1}{T_{1}}(\vec{M_{0}-\vec{M_{z}}})-\frac{1}{T_{2}}(\vec{M_{x}}+\vec{M_{y}})————————–1 可原创 2015-07-10 14:44:14 · 345 阅读 · 0 评论 -
欢迎使用CSDN-markdown编辑器
[1]PRISM: A Divide-and-Conquer Low-Rank and Sparse Decomposition Model for Dynamic MRI 将矩阵分离为low-rank和sparse部分分别降噪,low-rank部分使用identity transform(即不变换),sparse部分使用tight framelet transform(TF,应该也可以使用其他变原创 2015-04-14 23:18:12 · 487 阅读 · 0 评论 -
About norms(范数)
L0-norm 统计矩阵中有多少非零元素 L1-norm就是绝对值相加,又称曼哈顿距离 L2-norm就是欧几里德距离 Lp-norm ||x||p=(|x1|p+|x2|p+...+|xn|p)||x||_{p}=(|x_{1}|^{p}+|x_{2}|^{p}+...+|x_{n}|^{p})原创 2015-04-14 23:28:19 · 485 阅读 · 0 评论 -
MRI 数据(HCP数据及其他)
HCP预处理pipeline:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23668970文件夹结构以及每个文件是什么:http://www.humanconnectome.org/documentation/S500/HCP_S500+MEG2_Release_Reference_Manual.pdf dtseries.nii是皮层数据,大小大概只有64k两个工具箱:原创 2015-05-09 01:16:16 · 8734 阅读 · 4 评论 -
MRI数据处理:如何打开.nii文件及其他
在matlab中:addpath('/usr/local/matlab.etc/');load_nii('文件名');原创 2015-04-14 23:08:32 · 18873 阅读 · 0 评论 -
Statistical Analysis of fMRI Data- 2: Basic MR Physics
longitudinal relaxation: T1, spin return to parallel state (63%)transverse Relaxation: T2, loss of phase coherence (37%)TR: how often we excite the nucleiTE: how soon after excitation we begin data原创 2015-06-17 04:49:47 · 766 阅读 · 0 评论 -
Functional MRI (second edition) -- 2. MRI Scanners
M–main static magnetic field R –delivery of energy at the resonance frequency of the targeted atomic nuclei I – image formation ———————————————————————————————-原创 2015-06-21 01:03:52 · 425 阅读 · 0 评论 -
BOLD信号产生原理
专业词汇:BOLD: blood oxygenation level dependentCBF: cerebral blood flowE: cerebral oxygen extraction fractionCBV: cerebralblood volumeHb: hemoglobin(血红蛋白)CMRO2: cerebral metabolic rate of oxygenHb富氧原创 2015-06-06 04:48:43 · 3514 阅读 · 0 评论 -
MRI task-base Experiment
Task setting:training 6min baseline test: 看到红色物体出现就按空格,用于测试被试的反应速度。(test用synscope写成)大约20min (2 blocks * 100 trials/block): · screen1: 出现三个曲线形状。 · screen2: 出现一个曲线形状,判断该曲线是否在screen1上出现过。(test用E-pri原创 2015-06-06 05:06:21 · 421 阅读 · 0 评论 -
GSReg_demo
#!/bin/tcsh -fset sdir = $PWDset stat = 0set pname = `basename $0`SETUP: set gngain = 4.0 #base nz gain factor set gnr = (1.0 2.0 1.0 2.0) #nz gain factor per group, 30 subjects per group转载 2015-06-01 22:26:11 · 815 阅读 · 0 评论 -
E-prime debug
没有SRBOX怎么办? SRBOX是常用的一种键盒,如果没有SRBOX,在E-prime中会报错无法找到设备。这时只需要双击”Experiment”名,进入”properties”,在里面选择”device”页,将SRBOX前的勾选去掉。就不会再报错了。我们实验室使用的键盒的四个键分别对应键盘上的“rgyb”。如何改键? 一般只需要在Initializeparameters文件里面进行编原创 2015-06-11 04:18:09 · 1152 阅读 · 0 评论 -
MRI scanner 连线说明和实验步骤
按键盒: 左手盒blue yellow对应1,2右手盒green red对应3,4triger T白色USB——按键蓝色网线——eye tracking 黑色耳机线黑色视频线原创 2016-06-03 04:00:30 · 1322 阅读 · 0 评论