PYTHON h5py库包安装及读写

一、h5py库包安装

1. 在线安装

基本方法:

cmd安装:pip install h5py
pycharm环境:file-->setting-->PROJECT-->Project interpreter-->**+**-->搜索需要的库包-->installing

然而,本人在线安装该库包时报错,猜测可能原因是依赖环境下载问题,于是下载相应库包并手动安装:

2. 离线安装

2.1 登录PYPI网站下载所需库包

网址:https://pypi.org/
搜索h5py库包和相应的依赖库包six库包,下载对应python版本及个人计算机的库包

ATTENTION:在python中安装h5py库包需要的依赖条件:six库包,我们要同时下载该库包,先安装之

2.2 cmd安装下载的whl文件

以windows 64位系统+python3.6环境为例:
下载了h5py-2.10.0-cp36-cp36m-win_amd64.whlsix-1.14.0-py2.py3-none-any.whl二库包

  1. 打开cmd窗口,转到下载的库包位置:cd D:\\支持环境软件\python包
  2. 先安装依赖环境,输入命令pip install six-1.14.0-py2.py3-none-any.whl
  3. 安装h5py库包,输入命令pip install h5py-2.10.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

OK!

二、h5py基本操作

1. HDF/h5文件基本构成

可以将h5文件理解成文件夹系统,group就是文件夹,dataset就是文件。
group里面可以存储group以及dataset。

2. 写——利用h5py库包创建h5文件及其group和dataset

import numpy as np
import h5py

2.1 创建一个h5文件,文件指针是f

f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','a')

创建模式:

r	Readonly, file must exist,仅读,文件必须已经存在
r+	Read/write, file must exist,读写,文件必须已经存在
w	Create file, truncate if exists,新建文件,如果存在则覆盖
w- or x	Create file, fail if exists,新建文件,如果存在则新建失败
a	Read/write if exists, create otherwise (default),如果文件存在则读写,如果不存在则覆盖
2.2 对创建的h5文件创建其group和dataset:

假设我要创建3个group:Information、Data_group、Data_parameter
g1 = f.create_group("Information")
g2 = f.create_group("Data_group")
g3 = f.create_group("Data_parameter")

在Information组里面创建数据集:

a. 数据为numpy格式:
Inf_Data = np.array([[67.5,1],[350,4],[6.70,4.9],[10,58.4],[12000,97]])
d1 = g1.create_dataset('Spectrum_Resolution', data=SpeReData)

添加attribute:

d1.attrs['col1'] = 'Center Length'
d1.attrs['unit'] = 'm'

b. 数据为str数组:
dt = h5py.special_dtype(vlen=str) # 计划创建的数据格式是str
data = np.array([['slavery'],['kmi']])
d1 = g1.create_dataset('Slavery', data.shape, dtype=dt)
d1[:] = data

3. 读——获取h5文件各group和dataset信息

稍后发布

4. 批量读写

5. 整体代码

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