【论文阅读】TomoAlign: A novel approach to correcting sample motion and 3D CTF in CryoET

基本信息

作者：Jose Jesus Fernandez（西班牙一个研究所）, Sam Li （美国加利福尼亚大学）
期刊：Journal of Structural Biology, 2021
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摘要

TomoAlign 是一个软件包，集成了一些工具来减轻断层扫描中两个重要的分辨率限制因素：
1. 电子束引起的样品运动
2. 显微镜的衬度传递函数（CTF)

• 该软件特别关注了厚样品的断层扫描，它们需要基准标记物来进行准确的倾斜序列配准和样品运动估计。
• 建立了在倾斜序列采集期间经历的电子束引起的样本运动模型，运动模型可以用于产生以感兴趣的颗粒为中心的运动矫正的子倾斜序列。
• 此外，它确定每个倾斜图像上每个颗粒的散焦并进行矫正，从而产生运动矫正和CTF矫正后的子倾斜序列（subtilt-series）。或者它可以将CTF信息传递出去，然后在RELION 等外部包中执行CTF矫正。
• TomoAlign 作为一种多功能工具，可以在确定原位结构的过程中，简化从倾斜序列的初始对齐到最终子断层平均的cryoET工作流程。

结论

方法

TomoAlign 流程：（3 steps）

1. 实现了基于标记物的倾斜序列配准，其中包括了对样品运动的估计，得到运动模型。
2. 然后运动模型可以用于断层重建，产生运动补偿的断层成像。为了减少计算时间和磁盘占用，这个断层重建通常在分箱大小内计算（通常是4x, 6x），并且不考虑CTF矫正。然后感兴趣的颗粒被挑选出来并记录下它们的坐标。
3. 一旦确定了感兴趣的颗粒，最后一步是提取和所选颗粒相关的subtilt序列。使用第一步所确定的运动模型来提供运动补偿的subtilt序列。此外，关于每个tilt的CTF信息允许它基于坐标和采集几何找出每个颗粒的逐个tilt的CTF，以生成CTF矫正的subtilt序列。或者，他会在数据文件中记录下3D-CTF信息，和没有CTF矫正过的subtilt序列一起提供给其他的软件包。然后用外部程序对输出的subtilt序列进行断层重建，来生成子断层图像，用于后续的子断层图像平均。

TomoAlign直接和IMOD对接，从IMOD接收标记物模型和tilt-series，以原始或对齐堆栈的形式，采用MRC文件格式。重建后的断层图像采用MRC格式。对于最后一步，可以使用任何常用软件来提供颗粒坐标和每个tilt的散焦值。

TomoAlign可以和Relion对接，以MRC格式编写输出subtilt序列和包含star格式的对齐和CTF参数的元数据文件。子断层图重建最好使用Relion的傅里叶反变换完成，也可以用其他的，比如Tomo3D的加权背投影算法（WBP）。运动矫正后、CTF矫正后的子断层图可以用作其他子断层平均软件的输入。

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$$Author：Chier$$