KMP算法DNA的病毒检测

DNA为环状检测一个DNA中是否有病毒DNA序列

#include<string>
#include<iostream>
#include<cstdio>
#include<string.h>
using namespace std;
typedef long long ll;
const int maxn=1e5+5;
char x[maxn], y[maxn]; //模式串 主串
int nex[maxn];
char s[maxn];
int BF(char x[], int m, char y[], int n)
{
	int i,j;
	i=j=0;
	while(i<n && j<m)
	{
		if(y[i]==x[j]) ++i, ++j;
		else i=i-j+1, j=0;
	}
	if(j>=m) return i-j;
	else return -1;
}
void get_nex(char x[], int m, int nex[])
{
	memset(nex, 0, maxn);
	int i, j;
	j=nex[0]=-1;
	i=0;
	while(i<m)
	{
	     while(-1!=j && x[i]!=x[j]) j=nex[j];
		 if(x[++i]==x[++j]) nex[i]==nex[j];
		 else nex[i]=j;
	}
}
int kmp(char x[], int m, char y[], int n)   //模式串 主串
{
	int i, j;
	get_nex(x, m, nex);
	i=j=0;
	while(i<n)
	{
		while(-1!=j && y[i]!=x[j]) j=nex[j];
		i++; j++;
		if(j>=m) return i-j;
	}
	return -1;
}


int main()
{
    while(scanf("%s%s", y,x))
	{
		bool flag=false;
	    int m=strlen(x), n=strlen(y);
	    strcat(x,x),strcat(y,y);   //因为环状都扩大1倍
		for(int i=0; i<m; i++)
		{
			int t=0;
			for(int j=i; j<m+i; j++)
			{
				s[t++]=x[j];  //每个长度m病毒串都跑一遍
			}
			get_nex(s, m, nex);
//		    int pos=BF(s, m, y, 2*n);  //BF
	     	int pos=kmp(s, m, y, 2*n);  //KMP
			if(-1!=pos)
			{
				flag=true;
			}
		}
		if(flag) printf("YES\n");
		else printf("NO\n");
		}
	return 0;
}


/*测试样例
abcda abc  
abcda bcd
abcda cda
abcda daa
abcda aab
abcda aad
abcda aac
*/