python3实现对dicom图像处理（图像呈现，缩放，平移）

dicom图像处理

DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信。DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等）。本文主要对dicom图像进行处理。

使用工具

pycharm,python3

pycharm下载地址：

python3下载地址：

pycharm环境搭建：

第三方工具库

对于dicom文件，常用到的库有：pydicom,VTK,STK,opencv,matplotlib,scipy. NumPy
第三方工具库可以在pycharm中自行添加

pydicom:
获取包含的数据集（pydicom.data）
pydicom.data.get_charset_files
pydicom.data.get_palette_files
pydicom.data.get_testdata_file
pydicom.data.get_testdata_files

数据元素表示
数据元素（pydicom.dataelem）
元素标签（pydicom.tag）
元素值解码（pydicom.values）
元素多值表示（pydicom.multival）
序列元素值表示（pydicom.sequence）
专用元素值表示（pydicom.valuerep）

数据集表示（pydicom.dataset）
pydicom.dataset.Dataset
pydicom.dataset.FileDataset
pydicom.dataset.FileMetaDataset
pydicom.dataset.PrivateBlock
pydicom.dataset.validate_file_meta

#coding=utf-8
import cv2
import numpy as np
import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
from skimage.transform import resize

python对于dicom图像的呈现

相关代码：

显示图像

用pycharm读取dicom图像：

# 显示图像
filename = r"D:\Aslicer\QuantitativeImaging_Sunday_Dec1\dataset3_PETCT\PET1\IM-0005-0001.dcm"
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.figure(figsize=(10, 10))
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()

展示dicom图像的元组以及该图像的大小

array1=ds.pixel_array
print(array1)
shape1=ds.pixel_array.shape
print(shape1)

dicom图像缩放

图像缩放的基本原理：
将dicom图像转变为opencv可以处理的图像，然后用opencv进行处理。这一步需要import cv2.需要下载 opencv-python库

# 缩放

IMG_PX_SIZE=32
# relize to new size
resize_img = resize(array1,(IMG_PX_SIZE,IMG_PX_SIZE),anti_aliasing=True)
print(resize_img.shape)
plt.imshow(resize_img)
plt.show()

dicom图像的平移

图像的平移和图像的缩放类似

# 平移
row,cols = array1.shape
# 平移矩阵M
M = np.float32([[1,0,100],[0,1,50]])
dst = cv2.warpAffine(array1,M,(cols,row))
plt.imshow(dst)
plt.show()