python dicom专png_无法获取dicom图像以便在python中显示

I'm trying to display a DICOM image in opencv-python.I am using the pydicom library,And then adding API's to create a full fledged DICOM viewer with DOTNET, that runs python(C# calls python with process instance of course!!). I am unable to convert or see the uncompressed DICOM image. whenever i try to load or modify the pixel_array. I get error messges.

import dicom

import cv2

import numpy

df=dicom.read_file("IM-0001-0002.dcm")

df.pixel_array

Traceback (most recent call last):

File "", line 1, in

df.pixel_array

File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 394, in pixel_array

return self._get_pixel_array()

File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 376, in _get_pixel_array

raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array")

NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array

Please suggest me good way to convert the image making cv2.imshow() function o display the image

Thanks in Advance!!

解决方案

You can use the python GDCM binding to decompress the file first, see for example here

你可以使用pydicom库来读取和处理DICOM文件。下面是一个示例代码,演示了如何使用pydicom库来读取DICOM zip文件并将其换为PNG文件: ```python import os import pydicom from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut from PIL import Image # 定义DICOM文件所在的文件夹路径 dicom_folder = 'path/to/dicom/folder' # 遍历文件夹的所有文件 for file_name in os.listdir(dicom_folder): # 检查文件是否为zip文件 if file_name.endswith('.zip'): # 解压缩zip文件 zip_file_path = os.path.join(dicom_folder, file_name) unzip_folder = os.path.splitext(zip_file_path)[0] os.makedirs(unzip_folder, exist_ok=True) os.system(f'unzip {zip_file_path} -d {unzip_folder}') # 遍历解压缩后的文件夹的所有文件 for dicom_file_name in os.listdir(unzip_folder): dicom_file_path = os.path.join(unzip_folder, dicom_file_name) # 读取DICOM文件 ds = pydicom.dcmread(dicom_file_path) # 提取像素数据 pixel_array = ds.pixel_array # 应用VOI LUT if 'VOILUTSequence' in ds: voi_lut = ds.VOILUTSequence[0] pixel_array = apply_voi_lut(pixel_array, voi_lut) # 将像素数据换为图像 image = Image.fromarray(pixel_array) # 保存为PNG文件 png_file_path = os.path.join(unzip_folder, f'{dicom_file_name}.png') image.save(png_file_path) # 删除解压缩后的文件夹 os.system(f'rm -r {unzip_folder}') ``` 这段代码首先遍历DICOM文件所在的文件夹,找到所有的zip文件。然后,它会解压缩每个zip文件,并遍历解压缩后的文件夹的所有DICOM文件。对于每个DICOM文件,它会使用pydicom库读取文件,并提取像素数据。然后,它会应用VOI LUT(如果有的话),将像素数据换为图像,并将图像保存为PNG文件。 请注意,你需要将代码的`'path/to/dicom/folder'`替换为你实际的DICOM文件所在的文件夹路径。
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