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R语言
风月平分破_
这个作者很懒,什么都没留下…
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数据清理项目feedback记录
对dt_omics中每个样本,针对唯一识别码(样本编号)、患者ID、样本日期,从而匹配日期最近的病理诊断信息。如果病理诊断为单一诊断,则直接返回该位置为1,其他位置均为0的向量。唯一识别码定义不清。导致出现冗余的清理代码。20231105 反思组学数据中,病理类型清理问题。不应该直接去清理表格,再将清理好的表格进行合并。如果病理诊断为NOSURE。应该针对每位患者去清理,减少可能的情况。避免了很多复杂的tag和清理规则。原创 2023-11-05 20:26:19 · 54 阅读 · 1 评论 -
ggplot2使用技巧
ggplot2部分技巧原创 2022-11-18 16:37:06 · 412 阅读 · 0 评论 -
R常用函数(data.table、并行函数)使用技巧
lapply 可自外部传递参数lapply(DT[-1], quantile, probs = 1:3/4)#probs可在function后面作为参数传递do.call(rbind,lapply(range_split,`length<-`,max(lengths(range_split))))#通过传递参数进行补齐mapply和Map可传递多个参数mapply(function(x, i) paste(i, x), x, names(x))# a b .原创 2022-01-12 09:38:54 · 938 阅读 · 0 评论 -
R 正则 正向预查/反向预查
写在最前面:本文主要为了解决在单正则式中表示非/不包含某字符串的问题。需要用到perl=T当然可以使用grep+!grep联合表示,but我懒。一、引入及概念#eg.> grepl("[^脑].*室","室")[1] FALSE原因:[ ^脑]表示非脑,但需要消耗字符串中的字符,即需要一个字符位于室前面,来匹配[ ^脑]。解决方法:使用不消耗字符串中字符的正向预查/反向预查,即(?=PATTERN)和(?!PATTERN)二、正向向后预查eg. grepl("(?=PATTERN原创 2021-12-02 21:59:34 · 552 阅读 · 0 评论 -
从github上装R包
先安装devtools。直接装的话非常慢,所以用其他源来下~options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")install.packages("devtools")如果直接用devtools的包的install_github经常是装不上去的。最好是把github的包手动下下来,阔以直接github网页上面下,在右上角的位置~ 或者用git clone http://然后setwd()到下载的路径,再devtools:install(’’原创 2021-01-12 15:28:00 · 597 阅读 · 0 评论 -
【R包安装报错系列】ubantu下安装R包报编译失败
今天在安装rtracklayer包,一直报编译失败的错The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpkZpkOC/downloaded_packages’Installation path not writeable, unable to update packages: backports, BH, broom, caTools, cli, codetools, colorspace, cowplot, cpp11, data.ta原创 2021-01-12 11:22:17 · 2600 阅读 · 2 评论