根据肺结节三维数据与图像预测肺结节良恶性

纯情男高在线coding

于 2023-04-24 09:43:42 发布

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文章标签：机器学习 python 人工智能

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_54429217/article/details/130335670

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这个问题涉及到很多方面，包括Python编程，医学影像处理和机器学习。下面是一个例子，展示了如何使用pyradiomics库提取影像组学特征，并使用随机森林算法训练和测试肺结节良恶性预测模型。

首先，我们需要导入所需的库和模块：

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import pandas as pd
import radiomics
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.metrics import accuracy_score

接下来，我们加载肺结节三维数据的原始图像和对应的分割mask图像。在这个例子中，我们将使用一个名为“image.nii.gz”的NIfTI格式的文件来存储原始图像数据，以及一个名为“mask.nii.gz”的文件来存储分割mask图像数据。这两个文件应该在同一目录下。

# Load the images
image_path = 'image.nii.gz'
mask_path = 'mask.nii.gz'
image = sitk.ReadImage(image_path)
mask = sitk.ReadImage(mask_path)

然后，我们可以使用pyradiomics库来提取影像组学特征。在这个例子中，我们将使用“firstorder”和“glcm”的两个特征类别。

# Define the feature extractor
feature_extractor = radiomics.featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()

# Specify the feature classes to be extracted
feature_classes = ['firstorder', 'glcm']

# Extract the features from the images
features = feature_extractor.execute(image, mask, feature_classes)

执行完这段代码后，我们将得到一个包含所有提取的影像组学特征的Python字典。

接下来，我们将把这些特征保存为CSV格式的文件，以便我们可以使用它们来训练和测试机器学习模型。在这个例子中，我们将使用“features.csv”作为输出文件名。

# Convert the features to a pandas DataFrame
df = pd.DataFrame([features])

# Save the features to a CSV file
df.to_csv('features.csv', index=False)

现在，我们已经提取了影像组学特征并保存为CSV文件。接下来，我们将使用这些特征来训练和测试机器学习模型。

首先，我们将从CSV文件中加载特征数据，并将其分成训练集和测试集。在这个例子中，我们将使用70%的数据作为训练集，30%的数据作为测试集。

# Load the features from the CSV file
data = pd.read_csv('features.csv')

# Split the data into training and testing sets
X = data.drop('label', axis=1)
y = data['label']
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3, random_state=42)

然后，我们将使用随机森林算法来训练一个分类器，并使用测试集来评估模型的性能。在这个例子中，我们将使用“RandomForestClassifier”作为分类器，并使用“accuracy_score”作为性能指标。

# Train the classifier
clf = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=42)
clf.fit(X_train, y_train)

# Test the classifier
y_pred = clf.predict(X_test)
accuracy = accuracy_score(y_test, y_pred)
print('Accuracy: {:.2f}%'.format(accuracy*100))

执行完这段代码后，我们将得到一个准确度分数，表示分类器在测试集上的性能。

最后，我们可以将训练和测试代码保存为两个独立的Python文件以供后续使用。

train.py:

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import pandas as pd
import radiomics
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# Load the images
image_path = 'image.nii.gz'
mask_path = 'mask.nii.gz'
image = sitk.ReadImage(image_path)
mask = sitk.ReadImage(mask_path)

# Define the feature extractor
feature_extractor = radiomics.featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()

# Specify the feature classes to be extracted
feature_classes = ['firstorder', 'glcm']

# Extract the features from the images
features = feature_extractor.execute(image, mask, feature_classes)

# Add the label to the features
features['label'] = 1

# Convert the features to a pandas DataFrame
df = pd.DataFrame([features])

# Save the features to a CSV file
df.to_csv('features.csv', index=False)

test.py:

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import pandas as pd
import radiomics
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# Load the images
image_path = 'image.nii.gz'
mask_path = 'mask.nii.gz'
image = sitk.ReadImage(image_path)
mask = sitk.ReadImage(mask_path)

# Define the feature extractor
feature_extractor = radiomics.featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()

# Specify the feature classes to be extracted
feature_classes = ['firstorder', 'glcm']

# Extract the features from the images
features = feature_extractor.execute(image, mask, feature_classes)

# Add the label to the features
features['label'] = 1

# Convert the features to a pandas DataFrame
df = pd.DataFrame([features])

# Save the features to a CSV file
df.to_csv('features.csv', index=False)