医疗数据组工具脚本

医疗数据组工具脚本-1

项目构架

项目需求：明日采样方案生成，采样管编码，送检单生成

处理日期相关代码：

获取今日日期和明日日期，数据格式为numpy.datetime64。

today=datetime.date.today()
today=np.datetime64(today)
tommorow = today+1

获取excel文件内容相关代码：

获取目录下包含名为“总表”的xlsx文件。

import os
path=os.getcwd()
files=os.listdir()
for fi in files:
    if '总表' in fi and '.xls' in fi:
        break

信息预处理

去掉无用信息

import pandas as pd
df=pd.read_excel(fi,keep_default_na=False)
columns=df.columns
for column in columns:
    if 'Unnamed' in column:
        del df[column]      

时间格式统一

df['末次暴露时间'] = pd.to_datetime(df['末次暴露时间'])

去掉“转出“人员信息

df=df[~df.备注.str.contains('转出')]

按采样的分类方式排序后，按身份证号去重，可得到下次的真正采样方式。

#重写columns防止columns格式与代码不统一。
Id=[c for c in columns if '身份证号' in c ][0]
#利用身份证号去重,找到Id='身份证号'
result.drop_duplicates(subset=[Id], keep='first'，inplace=True)

依据-房间号\分组- 排序

num=[c for c in columns if '房间号' in c ][0]
group=[g for g in columns if '分组' in g ][0]
result.sort_values(by=[group,num], ascending=True, inplace=True)

新表从新编号：

result=result.reset_index(drop=True,col_level=1)
result.index=result.index+1

分类新建送检单

#Rguan：人体标本送检管
Bg=Rguan[Rguan.标本类型=='鼻+咽+肛拭子']
Bg['标本类型']='鼻拭子'
Yg=Rguan[Rguan.标本类型=='鼻+咽+肛拭子']
Yg['标本类型']='咽拭子'
Gg=Rguan[Rguan.标本类型=='鼻+咽+肛拭子']
Gg['标本类型']='肛拭子'
Rg=Rguan[~(Rguan.标本类型=='鼻+咽+肛拭子')]
#将所有类型合并为一个表并按分组，房间排序。
Rg=Rg.append([Bg,Yg,Gg],ignore_index=True)
Rg.sort_values(by=['分组','房间号'], ascending=True, inplace=True)

创建明日采样目录，采样名单文件

out_day=str(tommrow)[:10]
    try:
        os.mkdir('./{}'.format(out_day))
    except:
        print('目录创建有问题，可能已经有目录了，请验证。')
    result.to_excel('./{d}/{d}采样名单.xlsx'.format(d=out_day),startrow=2)
    
    return result

环境采样管编码

def hj_work(f):
    df=pd.read_excel(path+f,header=2)
   
    names=df['采样点名称'].str.split('+',expand=True)[0]
    room=df['采样点名称'].str.split('+',expand=True)[1]
    nums=df[df.columns[0]].astype(str)
    result='WH-'+nums+'-'+names
    result=pd.concat([result,room], axis=1)
    result.to_excel(path+'打码-{}'.format(f))
    return