2分钟了解Anndata

一、什么是anndata？

python的一个库，专门用于处理、分析单细胞RNA测序数据或其他高维生物数据。
单细胞RNA测序分析工具scanpy处理对象就是anndata数据结构。

二、数据结构

表格式数据~dataframe
![[Pasted image 20231223153002.png]]

组成部分

• .X ：np.array 基因表达矩阵【cell x gene】
• .obs：pd.DataFrame 细胞的注释信息
• .var：pd.DataFrame 基因的注释信息
• .uns：dict 未排序的数据
• .layers（层）：存储其他数据层，如归一化后的数据、差异表达分析的结果

三、创建anndata对象

• 使用scanpy创建

import scanpy as sc
adata = sc.AnnData(X=matrix,obs=obs)

• 使用Anndata创建

import anndata as ad
adata = ad.AnnData(X=matrix,obs=obs)