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想学习python和R的医学生
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专栏十八:获取差异基因以后对差异基因的选择和利用如gsva基因集评分
这里主要针对的是单细胞测序seurat流程的选择,比如要画出如下的差异基因dotplot,第一步就需要过滤和提取基因。因为在FindAllMarkers函数计算以后,实际上有一些P值和pct值不符合我们要求的,这里简单写一下在FindAllMarkers函数后的常见pipline,包括常规的过滤,以及为后续的TCGA-gsva等方法做准备。原创 2024-08-22 16:39:32 · 64 阅读 · 0 评论 -
专栏十七:如何选择你的单细胞亚群的分辨率--chooseR
单细胞测序Seurat的res选择--chooseR的方法原创 2024-08-14 22:42:15 · 159 阅读 · 0 评论 -
专栏十六:bulk以及单细胞空转中的progeny通路分析
Progeny通路富集分析的使用原创 2023-12-19 21:49:38 · 1382 阅读 · 0 评论 -
专栏十五:omicverse在单细胞分析中的实际使用体验和小改动
实际使用omicverse的一些体会原创 2023-12-11 23:28:18 · 422 阅读 · 0 评论 -
专栏十四:基于Seurat的单细胞质量控制时过滤参数的部分总结思考
单细胞10X测序中对质控指标的部分思考和总结原创 2023-12-10 21:46:40 · 391 阅读 · 0 评论 -
专栏十三:单细胞分群后 将亚群metadata信息返回至大群当中与提取和删除亚群
很常见的需求,比如我提出大群中的成纤维细胞,再分群为FIB1 FIB2 FIB3,现在需要把这部分注释信息返回到大群。原创 2023-12-05 00:44:20 · 1571 阅读 · 1 评论 -
专栏十二:单细胞空间转录组四种常见的不同整合pipline
总结几种常见的单细胞整合方式,不同的数据可能有不同的效果原创 2023-10-10 16:29:40 · 510 阅读 · 0 评论 -
专栏十一:基因集和siganture的jaccard相似系数计算
jaccard系数在生信中的使用--基因集相似性原创 2023-09-22 14:47:45 · 355 阅读 · 0 评论 -
专栏十:10X单细胞的聚类树绘图
专栏十:10X单细胞分析的细胞群聚类树绘制原创 2023-09-16 12:56:17 · 914 阅读 · 1 评论 -
专栏九:差异分析方法代码总结-limma Deseq2 edgR
三大差异分析 limma Deseq2 edgR原创 2023-04-22 14:26:07 · 649 阅读 · 0 评论 -
专栏八:五种打分算法合辑
5种常见打分算法集合 并且算总score原创 2023-04-16 00:12:55 · 343 阅读 · 0 评论 -
专栏六:复习差异分析(1)-limma-芯片
复习一下limma包做芯片分析 为GEO数据验证做准备原创 2023-04-06 11:17:50 · 401 阅读 · 0 评论 -
专栏五:食管癌Cancer Cell文章生信部分解析
看篇文章原创 2023-04-03 11:52:22 · 415 阅读 · 0 评论 -
专栏四:解析cellphoneDB(V3版本为主)
新版本旧版本cellphonedb的运行,本专栏尽量结合二者(新版本增加了东西,但框架没有变)原创 2023-03-21 17:32:23 · 812 阅读 · 0 评论 -
专栏三:解析spatialCNV的使用
文章Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue发在natur原创 2023-03-18 15:18:22 · 785 阅读 · 0 评论 -
专栏二:单细胞空间转录组pseudobulk的使用及代码
基于count数据的加和。包括pseudobulk的代码原创 2023-03-10 11:49:33 · 1265 阅读 · 0 评论 -
专栏一:单细胞分群后marker基因的表达量展示
总结:AverageExpression()可以直接用于已经经过数据处理(log化)后的data,并且得到基因在某个cluster中的平均表达水平。原创 2023-03-07 11:47:39 · 603 阅读 · 0 评论