自驱动实验室 | 看AI如何重构化学合成新范式

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人工智能邂逅实验室自动化：金属有机框架的发现与合成新突破

前言：金属有机框架（MOFs）因独特可调结构，在能源存储、药物递送、环境修复等领域极具潜力。但它的合成复杂、结构多样，给传统研究带来巨大挑战。如今，人工智能（AI）与实验室自动化的融合，为 MOF 研究开辟了新路径。

文章思维导图

一、实验室自动化革新 MOF 研究

图1 | 金属有机框架领域中实验室自动化与人工智能的概览

实验室自动化利用机器人技术、软件系统和自动化设备，处理实验室中重复性、耗时或复杂的任务，提升了实验效率、准确性和一致性，在 MOF 研究中发挥着关键作用。

传统的 MOF 合成方法，像水热 / 溶剂热合成等，虽为研究奠定了基础，但存在诸多不足。这些方法耗时费力，易受人为因素影响，导致数据偏差大。在表征和性能评估方面，手工操作效率低、成本高，大规模研究时问题更为突出。

实验室自动化则有效解决了这些问题。它从简单的自动化移液操作，发展为涵盖样品处理、反应控制、数据采集与分析等多环节的集成系统，促进了科研的标准化和可重复性。

二、自动化技术的关键构成

实验室自动化由先进硬件、软件系统和智能机器人组成。硬件系统中，自动化合成工作站是核心。它配备高精度机器人，能精准操作样品，还可按需配置搅拌、加热等模块，确保实验条件精确可控。合成后的表征和评估设备也实现了自动化升级，自动化样品装卸系统大大提高了样品处理效率和一致性。

智能机器人负责样品运输、装卸等任务，实现实验流程无缝衔接。以 ARChemist 系统为例，它能让科学家轻松调整实验装置，适应不同实验需求，提升了实验的灵活性和可重复性。

软件系统方面，高度集成的设备控制系统包含多个功能模块，便于管理。不过，硬件接口标准化问题限制了系统的灵活性和扩展性。为此，SiLA 2 Manager 等操作系统出现，通过标准化和模块化设计，增强了系统集成能力。此外，实验室信息管理系统（LIMS）能自动处理实验数据，促进信息共享与协作，为 AI 驱动的实验优化提供数据支持。

三、高通量实验：自动化的深度应用

实验室自动化为高通量实验（HTE）提供了支撑，HTE 可同时进行多个实验，有效弥补了传统实验方法的不足，为 MOF 研究带来新机遇。

图2 | MOF材料的典型高通量表征技术

在 MOF 合成领域，自 2008 年起，HTE 逐渐成为研究的重要工具。以溶剂热合成为例，从单反应器发展到多通道平行合成技术，能同时改变多个反应变量，加速了材料发现进程。像 Yaghi 团队利用 96 孔板进行大量微反应，合成多种 ZIFs 材料，展现了 HTE 的强大实力。

此外，喷雾法、浸渍法、微流控技术、3D 打印技术等多种高通量合成技术不断涌现。这些技术各有优势，如微流控技术可精确控制液体，实现高效合成；3D 打印能制备复杂结构的 MOF 材料。

在表征和评估环节，高通量技术同样不可或缺。自动化粉末 X 射线衍射（PXRD）用于确定晶体结构和纯度，红外检测、核磁共振（NMR）、透射电子显微镜（TEM）等技术从不同角度全面评估 MOF 材料的性质。在评估吸附性能和催化活性方面，高通量评估技术也发挥着重要作用，帮助研究人员筛选高性能材料。

尽管如此，实现 MOF 研究的完全高通量和自动化仍面临诸多挑战，包括合成方法复杂、原材料多样敏感、样品处理困难、设备成本高以及缺乏标准化程序等。

四、人工智能重塑 MOF 研究格局

AI 的发展为 MOF 研究带来了全新模式，从机器学习到深度学习，再到大型语言模型（LLMs），其应用不断拓展和深化。

4.1 AI 发展的关键阶段及其影响

机器学习阶段，研究人员借助算法和统计模型分析数据，预测 MOF 性能、优化设计。但传统机器学习方法在处理复杂大规模数据时存在局限。

深度学习兴起后，基于神经网络的它能处理更复杂抽象的问题。在 MOF 研究中，深度学习被广泛用于性能预测和结构设计，通过构建深度神经网络，从大量数据中学习规律，提升了预测的准确性和设计的创新性。

近年来，基于 Transformer 架构的 LLMs 为 MOF 研究带来新机遇。LLMs 能理解和生成自然语言文本，在 MOF 研究中用于处理文本数据，提取有价值信息。它与深度学习融合，为 MOF 材料的智能设计和优化提供了新途径。

4.2 Transformer 的应用与优势

图3 | (a) MOFormer的工作流程。(b) Transformer编码器层的内部结构。© 结合CGCNN和MOFormer的自监督学习设置。(d) 不同模型在QMOF和hMOF数据集上的数据效率比较

图4 | MOFTransformer的整体示意图与架构

Transformer 模型凭借自注意力机制在多领域取得突破。它由编码器和解码器组成，通过多头注意力机制、前馈神经网络等组件，有效捕捉数据中的依赖关系。

在 MOF 材料研究中，Transformer 及其变体在性能预测和结构设计方面表现出色。在性能预测上，结合计算化学生成数据，Transformer 能更准确地捕捉材料结构特征，提高预测效率和精度。例如，CrysToGraph 和 GC-Trans 模型借助 Transformer 架构，实现对 MOF 性能的精准预测。

在结构设计方面，MOF 的化学设计空间复杂。理性设计基于专业知识，生成模型驱动的设计则引入随机性。Transformer 架构在处理复杂结构数据时具有优势，能准确捕捉 MOF 各组分间的相互作用。如 Park 等人基于 Transformer 开发的深度强化学习框架，成功设计出对 CO₂亲和力高的 MOF 结构；MOFFUSION 框架结合多种技术，生成高质量的 MOF 结构。

图 5 | Uni-MOF框架的示意图解。(a) 预训练流程。(b) 数据生成流程。© Uni-MOF微调流程。(d) Uni-MOF的整体流程。(e) Uni-MOF在大规模数据库中的整体性能。

图6 | (a) 生成器采用Transformer编码器-解码器架构。它将金属簇、有机连接点的连接点以及有机连接点的支架（以SELFIES表示）输入编码器。然后，解码器根据输入的支架选择拓扑结构和金属簇，并生成有机连接点。(b) 一个示意图显示了生成器（以及一个权重固定的偏置版本）如何创建MOF表示，在强化学习中平衡利用和探索。© 预测器架构是一个Transformer编码器，它从生成器获取MOF表示。添加了一个密集层，以便从第一个标记（类别标记）预测目标属性。(d) 图表比较了由初始（预训练）生成器生成的MOF与通过三轮强化学习优化的MOF的属性分布，属性值由预测器估计。

4.3 LLMs 在 MOF 研究中的创新应用

LLMs 在 MOF 研究中的应用日益广泛。在信息提取方面，传统方法从文献中提取化学信息困难且低效，LLMs 则改变了这一局面。Yaghi 团队利用 GPT 模型和相关策略，高效提取反应条件数据，为开发预测模型奠定基础。Dagdelen 等人的 LLM-NERRE 方法及 MOF-JSON 模型，能准确提取和处理 MOF 相关信息。

图7 | 用于微调GPT-3.5的数据集准备示意图解，以及微调后模型的评估指标

在 MOF 设计上，LLMs 也发挥了重要作用。Yaghi 团队利用 GPT-4 的框架发现新 MOF 材料，通过微调 GPT 模型设计出更优的连接体。Liu 等人开发的 MOFs-LLM，经大量数据训练后，在多项任务中表现出色。Kang 提出的 ChatMOF 系统，能智能处理用户问题，帮助研究人员理解材料性质和行为。

图8 | ChatMOF的概念和示意图。(a) 解释ChatMOF的概念图。(b) ChatMOF的示意图。ChatMOF由三个核心组件组成：代理、工具箱和评估器。在接收到人类的查询后，代理制定计划并选择合适的工具箱。随后，工具箱按照提议的计划生成输出，评估器将这些结果整理成最终响应

目前，多数 MOF 相关 LLMs 是通过微调现有模型得到的，完全重新训练的特定领域 LLMs 较少。未来，模型压缩、微调技术改进以及多模态数据整合将推动 LLMs 在 MOF 研究中的进一步发展。

五、自驱动实验室：MOF 研究的未来趋势

自驱动实验室（SDLs）融合了 AI 与实验室自动化，为 MOF 研究带来了全新的研究模式。

5.1 SDLs 的发展与架构

SDLs 源于实验室自动化技术，为应对化学研究挑战而发展。Alan 教授提出的材料加速平台（MAP）与 SDLs 概念相近，专注于材料研究领域。Alan 团队开发的 ChemOS 2.0 实现了实验全流程自动化，并对 SDLs 的自主性进行了分类。目前多数 SDLs 处于 2 - 3 级，虽有 4 级用于简单任务，但 5 级尚未实现。随着技术进步，化学实验室任务的自动化程度将不断提高。

5.2 SDLs 在 MOF 研究中的实践

在 MOF 研究中，SDLs 已取得一定进展。Smit 团队利用机器学习优化 MOF 合成条件，开发的 SyCoFinder 应用助力实验设计。Pilz 团队借助该应用优化合成参数，改善 MOF 薄膜质量。Xie 团队结合机器人平台和贝叶斯优化算法，优化 ZIF-67 合成。Cronin 团队用机器人平台和 XGBoost 算法探索 POMOFs 的化学空间。

近年来，利用 LLMs 和机器人平台优化 MOF 合成条件成为新方向。Yaghi 团队的 ChatGPT 研究小组，结合多种技术，加速了 MOF 合成条件的优化，提高了材料性能。

图9 | 合成条件查找器（SyCoFinder）。SyCoFinder被设计用来帮助人类和机器人高效探索化学合成中实验参数的空间。(b) 用于合成Al-PMOF的机器人平台。© 第一代和第二代合成的优化参数和结果

5.3 SDLs 的优势与挑战

SDLs 具有显著优势。AI 在其中主导实验设计和执行，通过深度学习挖掘文献，创新实验方案，加速科学发现。SDLs 实现了实验全流程的自动化和智能化，确保实验高效准确，降低人为误差，保障研究的准确性和可重复性。

不过，在 MOF 研究中，SDLs 仍处于起步阶段。在 MOF 材料的表征和评估方面，实现完全无人自动化还面临困难。未来，需改进硬件设备和样品处理方法，以推动 SDLs 在 MOF 研究中发挥更大作用。

图10 | 自动化合成平台的外观。(b) 为移动代理处理定制的NMR机架。© 用于筛选、规模扩展复制和主客体结合实验的启发式决策者逻辑。在此案例中，相对于起始材料的1H NMR峰数量被用作阈值标准。时间线（底部）显示了由人类执行的任务（黑色框）和由自主平台执行的任务（绿色框）

六、融合驱动 MOF 研究新发展

AI 与实验室自动化的融合，为 MOF 研究带来诸多好处。自动化系统可同时管理多个反应参数，实现无人操作，提高实验质量。高通量实验助力材料设计和合成路线优化。实验结果与 AI 模型的反馈循环，提升了预测准确性，加深了对 MOF 结构 - 性能关系的理解，加速了材料发现进程。

尽管目前 AI 在 MOF 研究中存在可解释性等问题，但随着技术发展和跨学科合作，这些问题将逐步解决。未来，AI 与实验室自动化的融合将不断深化，推动 MOF 研究取得更多突破，助力 MOF 材料在多领域的广泛应用。

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