* 输入:通常是原始的序列数据和一个参考树
* 输出:JSON格式的文件,包含了每个序列在参考树上的放置信息
* 示例:无特定生成命令,通常由placement软件生成
-
Beast (
.xml
):- 软件:BEAST, BEAUti
- 输入:多序列比对文件和相关参数设置
- 输出:XML格式的配置文件,包含了用于贝叶斯系统发育推断的所有信息
- 示例:使用BEAUti图形界面生成配置文件,然后用BEAST运行分析
-
PhyloXML (
.phyloxml
):- 软件:PhyloXML Tools, ETE Toolkit等
- 输入:多种格式的系统发育数据
- 输出:XML格式的文件,详细记录了系统发育树的信息和相关元数据
- 示例:使用ETE Toolkit的命令行工具将Newick转换为PhyloXML
-
NeXML (
.nexml
):- 软件:nexml-python, CDAOtools等
- 输入:多种格式的系统发育数据
- 输出:XML格式的文件,遵循NeXML标准,包含了系统发育树和相关元数据
- 示例:使用nexml-python库将Newick转换为NeXML
-
NHWT (
.tre
):- 软件:Dendroscope
- 输入:Newick格式的进化树
- 输出:二进制格式的树文件,用于Dendroscope中的快速加载和可视化
- 示例:在Dendroscope中直接打开或保存Newick文件为NHWT
-
PDF / SVG (
.pdf
,.svg
):- 软件:FigTree, iTOL, EvolView等
- 输入:多种格式的系统发育树文件
- 输出:可缩放的矢量图形格式,用于高质量的出版和展示
- 示例:在FigTree中打开系统发育树文件并导出为PDF或SVG
-
CSV / TSV (
.csv
,.tsv
):- 软件:自定义脚本,Python库(如ete3, biopython等)
- 输入:系统发育树和其他相关数据
- 输出:表格格式的文件,便于数据分析和处理
- 示例:使用Python脚本从Newick格式的树中提取信息并保存为CSV
-
JSON (
.json
):- 软件:自定义脚本,JavaScript库(如phylocanvas等)
- 输入:系统发育树和其他相关数据
- 输出:轻量级的数据交换格式,便于Web应用程序使用
- 示例:使用JavaScript库将Newick转换为JSON
进化树构建实例
使用ape
以下是一个完整的例子,包括输入数据格式、数据处理步骤和作用的介绍,以及相应的代码和脚本。
**输入数据格式:**输入数据通常是以fasta格式的序列数据。例如:
>Seq1
ATCGATCGATCG
>Seq2
ATCGATCGTGC
>Seq3
ATCGTAGCTAG
...
每个序列以">"开头,后面跟着序列的标识符(如Seq1),然后是对应的核酸或蛋白质序列。
如果是样品,则>后面应该是样品名称,一般会是物种,下面紧接着是物种对应的barcode或者其他物种相关的序列。
数据处理步骤和作用:
- 读取fasta格式的数据: 使用
read.fasta()
函数从文件中读取fasta格式的序列数据。这将返回一个列表,其中每个元素代表一个序列,元素的名字是序列的标识符。 - 计算序列之间的距离矩阵: 使用
dist.dna()
或dist.alignment()
函数根据DNA或蛋白质序列计算距离矩阵。这个矩阵表示了所有序列之间的差异程度。 - 使用距离矩阵构建进化树: 使用
nj()
函数根据 Neighbor-Joining (NJ) 算法构建进化树。NJ算法是一种基于距离的方法,用于估计物种之间的系统发育关系。 - 可视化进化树: 使用
plot()
函数绘制进化树。可以调整各种参数来美化和注释树。
以下是一个完整的R代码示例:
# 加载ape包
library(ape)
# 读取fasta格式的序列数据
seqs <- read.fasta("sequences.fasta")
# 将序列数据转换为多序列比对对象
alignment <- align.seqs(seqs)
# 计算距离矩阵
dist_matrix <- dist.dna(alignment)
# 使用NJ算法构建进化树
tree <- nj(dist_matrix)
# 可视化进化树
plot(tree, type="unrooted", cex=0.8, label.offset=0.5)
在这个例子中,我们首先加载了ape包,然后读取了一个名为"sequences.fasta"的fasta格式文件。接着,我们将读取的序列数据转换为多序列比对对象,这是进行距离计算的前提。然后,我们计算了基于DNA序列的距离矩阵,并使用NJ算法构建了进化树。最后,我们绘制了未根定的进化树,并调整了标签的大小和偏移量以优化视觉效果。
请注意,实际操作时需要确保fasta文件位于R工作目录下,或者提供完整的文件路径。此外,根据数据的具体情况,可能需要调整距离计算方法和其他参数。
使用Phytools
Phytools是一个R包,用于进化树和物种演化性状的分析。以下是一个使用phytools构建进化树的基本示例,包括输入输出数据格式、数据处理步骤以及完整代码。
输入数据格式:
- Nexus格式的进化树文件:这是一种常见的格式,用于存储分子系统发生学的数据,包括序列信息和树结构。
- 物种特征数据(可选):这可以是CSV或其他格式的表格数据,包含每种物种的特定性状值。
NEXUS格式的进化树文件生成:
Nexus格式的进化树文件通常是由分子系统发生学软件生成的,这些软件通过分析生物大分子(如DNA、RNA或蛋白质)的序列数据来推断物种之间的进化关系。以下是一个常见的生成Nexus格式进化树文件的步骤:
-
收集序列数据:
- 从公共数据库(如NCBI、Ensembl等)或者实验数据中获取目标物种的特定基因或蛋白质序列。
-
序列预处理:
- 根据需要,可能需要对序列进行一些预处理,包括去除低质量序列、填补缺失数据、校正突变等。
-
多序列比对:
- 使用比对软件(如ClustalW、MAFFT、Muscle等)将收集到的序列进行比对,以确定它们的相似性和差异性。
-
模型选择:
- 选择一个适合你的数据的进化模型。这可以通过软件(如JModelTest、ModelTest等)自动完成,这些软件会根据数据的特性选择最佳模型。
-
构建最大似然树(Maximum Likelihood, ML)、贝叶斯推断树(Bayesian Inference, BI)或邻接法(Neighbor-Joining, NJ):
- 使用系统发育分析软件(如RAxML、MrBayes、PHYLIP等)基于比对后的序列和选择的模型来构建进化树。
-
运行分析:
- 在所选软件中设置参数并运行分析。这可能需要一段时间,取决于数据的大小和复杂性。
-
输出Nexus格式的进化树文件:
- 分析完成后,大多数软件都允许你将生成的进化树保存为Nexus格式。在软件的输出选项中选择Nexus格式,并指定输出文件的名称和位置。
以下是一个使用RAxML构建Nexus格式进化树的基本命令示例:
raxmlHPC -s aligned_sequences.fasta -n my_tree -m GTRGAMMA -p 12345
在这个例子中,-s
指定了输入的fasta格式的比对序列文件,-n
指定了输出的树的名称,-m
选择了GTR+Gamma模型,-p
设置了随机数种子。RAxML将会生成一个名为"my_tree.nex"的Nexus格式的进化树文件。
物种特征数据格式:
物种特征数据的CSV文件通常包含每种物种的标识符(如物种名称或编号)和一系列相关的性状值。以下是一个简单的物种特征数据CSV文件的例子:
Species,Trait1,Trait2,Trait3
SpeciesA,10.5,Yes,Blue
SpeciesB,8.2,No,Green
SpeciesC,12.1,Yes,Red
SpeciesD,9.8,No,Yellow
在这个例子中:
- 第一列是"Species",包含了每个物种的名称。
- 接下来的列(“Trait1”、“Trait2"和"Trait3”)是不同的性状。这些性状可以是数值型的(如"Trait1"可能是体长或体重),也可以是分类型的(如"Trait2"可能是有无某种特性,用"Yes"和"No"表示)或名义型的(如"Trait3"可能是颜色)。
每一行代表一个特定物种的性状值。例如,第二行表示"SpeciesB"的"Trait1"值为8.2,“Trait2"值为"No”,“Trait3"值为"Green”。
在使用phytools等R包进行分析时,需要确保物种名称在特征数据文件和进化树文件中是一致的,这样才能正确地将性状数据映射到进化树上的物种上。如果物种名称不一致,可能需要进行一些预处理步骤来匹配或重命名物种名称。
数据处理步骤:
- 加载必要的R包:首先需要在R环境中安装并加载phytools包。
- 读取进化树文件:使用read.nexus函数读取Nexus格式的进化树文件。
- (可选)读取物种特征数据:如果要分析物种性状,可以使用read.csv或其他适当的函数读取特征数据。
- 将特征数据映射到进化树上:使用trait.data函数将特征数据与进化树上的物种对应起来。
- 可视化进化树和性状:使用plotTree或plotSimmap等函数绘制进化树,并可以选择显示物种的性状。
完整R代码示例:
# 加载phytools包
library(phytools)
# 读取Nexus格式的进化树文件
tree <- read.nexus("example_tree.nex")
# (可选)读取物种特征数据
traits <- read.csv("species_traits.csv", header=TRUE)
# 将特征数据映射到进化树上
tree <- trait.data(tree, traits$Trait1, tip.labels=tree$tip.label)
# 可视化进化树和性状
plotTree(tree, type="fan", show.tip.label=TRUE, cex=0.8, label.offset=0.02)
在这个例子中,我们假设有一个名为"example_tree.nex"的Nexus格式的进化树文件,以及一个名为"species_traits.csv"的CSV文件,其中包含物种的性状数据。我们首先读取进化树文件,然后(如果存在的话)读取性状数据,并将性状数据映射到进化树上。最后,我们绘制进化树,并显示物种的标签。
RAxML工具构建
RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) 是一个广泛使用的分子系统发生学工具,主要用于构建最大似然(Maximum Likelihood, ML)进化树。它支持多种模型和优化算法,能够处理大规模的序列数据,并且具有快速、高效的特点。
以下是一个使用RAxML构建最大似然进化树的详细实例脚本:
步骤1:准备输入文件
首先,你需要一个经过多序列比对的fasta格式的文件。例如,你有一个名为 aligned_sequences.fasta
的文件,其中包含了你要分析的物种的基因或蛋白质序列。
步骤2:选择模型和运行RAxML
然后,你可以使用RAxML命令行工具来构建进化树。以下是一个基本的RAxML命令示例:
raxmlHPC -s aligned_sequences.fasta -n my_tree -m GTRGAMMA -p 12345 -N 100
在这个命令中:
-s
参数指定了输入的fasta格式的比对序列文件。-n
参数指定了输出的树的名称前缀,这里为 “my_tree”。-m
参数选择了模型,这里选择的是GTR+Gamma模型。RAxML支持多种模型,具体选择应根据你的数据和研究需求。-p
参数设置了随机数种子,用于保证结果的可重复性。你可以设置任何你喜欢的数字。-N
参数指定了进行的Bootstrap复制次数,这里设置为100次。Bootstrap是一种统计方法,用于评估进化树的分支支持度。
这个命令将会生成一个名为 “my_tree.bestTree” 的最优ML树文件和一个名为 “my_tree.bootstraps” 的Bootstrap树文件。
步骤3:解析和可视化结果
你可以使用其他工具(如 FigTree、iTOL 等)来解析和可视化RAxML生成的进化树。以下是一个使用FigTree打开最优ML树的简单命令:
figtree my_tree.bestTree
这将会启动FigTree程序并打开 “my_tree.bestTree” 文件,你可以在图形界面中查看和编辑进化树。
FigTree 介绍
FigTree 是一个用于可视化和分析系统发育树的图形界面软件。它由林肯大学的 Richard Durbin 开发,并广泛应用于生物学、生态学和进化生物学等领域。FigTree 提供了丰富的选项来定制和美化系统发育树,包括颜色、标签、比例、分支样式等。
以下是一个使用 FigTree 的详细使用脚本示例:
步骤1:安装和启动 FigTree
首先,你需要在你的计算机上安装 FigTree。你可以在其官方网站(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)下载适合你操作系统的版本,并按照安装向导进行安装。
安装完成后,你可以通过以下方式启动 FigTree:
- 在 Windows 系统中,可以通过开始菜单或桌面快捷方式打开 FigTree。
- 在 macOS 或 Linux 系统中,可以通过终端运行
java -jar /path/to/FigTree.jar
命令来启动 FigTree。
步骤2:加载系统发育树文件
启动 FigTree 后,你可以通过以下步骤加载系统发育树文件:
- 点击菜单栏中的 “File”,然后选择 “Open…”。
- 在弹出的文件选择对话框中,找到并选择你的系统发育树文件(通常为
.nex
,.tre
,.nhx
,.xml
, 或.phy
格式),然后点击 “Open”。
步骤3:定制和美化系统发育树
一旦你的系统发育树被加载到 FigTree 中,你可以通过以下方式对其进行定制和美化:
-
调整树的布局和样式:
- 在左侧的 “Appearance” 面板中,你可以选择不同的树布局(如 Radial、Rectangular、Unrooted 等)和分支样式(如 Straight、Curved、Spline 等)。
- 在 “Colors” 面板中,你可以设置树的不同部分的颜色,如分支、标签、背景等。
为了做好运维面试路上的助攻手,特整理了上百道 【运维技术栈面试题集锦】 ,让你面试不慌心不跳,高薪offer怀里抱!
这次整理的面试题,小到shell、MySQL,大到K8s等云原生技术栈,不仅适合运维新人入行面试需要,还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。
本份面试集锦涵盖了
- 174 道运维工程师面试题
- 128道k8s面试题
- 108道shell脚本面试题
- 200道Linux面试题
- 51道docker面试题
- 35道Jenkis面试题
- 78道MongoDB面试题
- 17道ansible面试题
- 60道dubbo面试题
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- 40道nginx面试题
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总计 1000+ 道面试题, 内容 又全含金量又高
- 174道运维工程师面试题
1、什么是运维?
2、在工作中,运维人员经常需要跟运营人员打交道,请问运营人员是做什么工作的?
3、现在给你三百台服务器,你怎么对他们进行管理?
4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点
5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?
6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别,工作中你怎么选择?
7、Tomcat和Resin有什么区别,工作中你怎么选择?
8、什么是中间件?什么是jdk?
9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义?
10、什么叫CDN?
11、什么叫网站灰度发布?
12、简述DNS进行域名解析的过程?
13、RabbitMQ是什么东西?
14、讲一下Keepalived的工作原理?
15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?
16、mysql的innodb如何定位锁问题,mysql如何减少主从复制延迟?
17、如何重置mysql root密码?
网上学习资料一大堆,但如果学到的知识不成体系,遇到问题时只是浅尝辄止,不再深入研究,那么很难做到真正的技术提升。
一个人可以走的很快,但一群人才能走的更远!不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人,都欢迎加入我们的的圈子(技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导),让我们一起学习成长!
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