【图像重建】运动鲁棒体积心脏磁共振成像MRI附matlab代码

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摘要: 自由呼吸容积心磁共振成像 (CMR) 易受运动伪影影响,限制了其临床应用。本文提出了一种名为压缩恢复与异常值剔除 (CORe) 的新方法,以提高自由呼吸CMR对运动的鲁棒性。CORe 方法将测量数据中的异常值建模为附加的辅助变量,并利用磁共振物理约束下的组稀疏性对辅助变量进行约束,通过迭代算法联合估计辅助变量和图像。通过模拟研究和真实数据实验,我们将 CORe 与传统压缩感知 (CS)、稳健回归 (RR) 和现有异常值剔除方法进行比较,结果表明 CORe 在抑制运动伪影、保持图像清晰度和提高血流测量可靠性方面具有显著优势。

1. 引言

心磁共振成像 (CMR) 作为一种无创成像技术,在心血管疾病诊断中发挥着至关重要的作用。然而,呼吸和心动等生理运动会造成严重的图像伪影,降低图像质量,影响诊断准确性。为了克服这一挑战,自由呼吸容积 CMR 技术应运而生,它无需呼吸屏气,提高了患者的舒适性和扫描效率。然而,自由呼吸 CMR 对运动更为敏感,需要有效的运动伪影抑制方法。

现有的运动伪影抑制方法主要包括基于图像配准的运动校正和基于重建算法的运动鲁棒性增强。基于配准的方法通常计算量大,对严重的运动伪影处理效果有限。而基于重建算法的方法,例如压缩感知 (CS),虽然能有效减少数据采集时间并提高图像质量,但其对异常值的敏感性限制了其在处理自由呼吸 CMR 数据中的应用。

本文提出了一种新颖的运动伪影抑制方法——压缩恢复与异常值剔除 (CORe),它结合了压缩感知的优点和异常值剔除策略,能够有效地抑制自由呼吸 CMR 中的运动伪影,提高图像质量和诊断准确性。

2. 方法

CORe 方法的核心思想是将测量数据中的异常值建模为一个附加的辅助变量。该辅助变量代表了由于运动引起的信号偏差。我们利用磁共振物理规律,对辅助变量施加组稀疏性约束,即假设异常值主要集中在局部区域,并与相邻像素具有相关性。通过迭代算法,我们联合估计图像和辅助变量,实现对异常值的有效剔除和图像的精确重建。

具体来说,CORe 方法的数学模型可以表示为:

y = Ax + Bz + n

其中,y 代表测量数据,A 代表正向投影矩阵,x 代表待重建图像,B 代表与运动相关联的矩阵,z 代表辅助变量(异常值),n 代表高斯白噪声。我们通过最小化以下目标函数来联合估计 x 和 z:

min ||x||1 + λ||z||{2,1} s.t. ||y - Ax - Bz||_2 ≤ ε

其中,||x||1 代表 x 的 L1 范数,用于实现图像的稀疏性;||z||{2,1} 代表 z 的组 L1 范数,用于实现辅助变量的组稀疏性;λ 为正则化参数,控制稀疏性的强度;ε 代表噪声容限。

我们采用迭代算法求解上述优化问题。具体算法流程包括:初始化 x 和 z,然后交替更新 x 和 z,直到收敛。

3. 结果

为了评估 CORe 方法的性能,我们进行了两组模拟研究和真实数据实验。模拟研究中,我们模拟了不同程度的运动伪影,并比较了 CORe、CS、稳健回归 (RR) 和一种现有的异常值剔除方法的性能。结果表明,在归一化均方误差 (NMSE) 和结构相似性指数 (SSIM) 方面,CORe 在 55 次不同实现中均优于其他方法。

真实数据实验中,我们使用了七个三维 (3D) 动作成像数据集、十二个静息四维 (4D) 血流成像数据集和八个应激四维 (4D) 血流成像数据集。专家读者对 3D 动作图像的评估表明,CORe 在抑制伪影的同时,能够保持或提高图像清晰度。对于 4D 血流图像,CORe 能够获得更可靠和一致的血流测量结果,尤其是在存在非自主运动或运动负荷的情况下。

4. 讨论

本文提出的 CORe 方法有效地提高了自由呼吸 CMR 对运动的鲁棒性。与传统的 CS 和 RR 方法相比,CORe 通过引入辅助变量来建模异常值,并利用组稀疏性约束,能够更有效地抑制运动伪影。模拟研究和真实数据实验的结果验证了 CORe 方法的优越性。

然而,CORe 方法也存在一些局限性。例如,正则化参数 λ 的选择需要根据具体数据进行调整。此外,CORe 方法的计算复杂度相对较高。未来的研究将集中于改进算法效率和参数选择策略,以进一步提高 CORe 方法的实用性。

5. 结论

CORe 方法为自由呼吸容积 CMR 提供了一种有效的运动伪影抑制方法。其在提高图像质量和血流测量可靠性方面的显著优势,有望促进自由呼吸 CMR 技术的临床应用,为心血管疾病的诊断提供更准确和可靠的影像学信息。 未来的研究将致力于优化算法,提升其计算效率和自动化程度,以实现更广泛的临床应用。

📣 部分代码

std_nmse_core=std(nmse_core);

mean_ssim_cs=mean(ssim_cs);

std_ssim_cs=std(ssim_cs);

mean_ssim_rr=mean(ssim_rr);

std_ssim_rr=std(ssim_rr);

mean_ssim_so=mean(ssim_so);

std_ssim_so=std(ssim_so);

mean_ssim_core=mean(ssim_core);

std_ssim_core=std(ssim_core);

%% Plotting

k=6; % Number of tiles in figure

fig=figure; 

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title("Reference Image");

subplot(2,k,2); imagesc(abs(x_zf),[0,xmax]); axis('image','off'); title('zf'); colormap('gray'); 

title(['ZF, nmse: ' num2str( 10*log10( norm(x(:)-x_zf(:))/norm(x(:)) ),3) ])

subplot(2,k,3); imagesc(abs(x_cs),[0,xmax]); axis('image','off'); title('CS'); colormap('gray');

title(['CS, avg nmse: ' num2str((mean_nmse_cs),3) '+- std:' num2str((std_nmse_cs),3) ])

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title(['RR, avg nmse: ' num2str((mean_nmse_rr),3) '+- std:' num2str((std_nmse_rr),3) ])

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title(['SO, avg nmse: ' num2str((mean_nmse_so),3) '+- std:' num2str((std_nmse_so),3) ])

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title(['CORe, avg nmse: ' num2str((mean_nmse_core),3) '+- std:' num2str((std_nmse_core),3) ])

subplot(2,k,8); imagesc(5*abs(x_zf - x),[0,xmax]); axis('image','off'); colormap('gray');

title(['Error Map, nmse: ' num2str( ssim(real(x_zf),real(x)),3) ])

subplot(2,k,9); imagesc(5*abs(x_cs - x),[0,xmax]); axis('image','off'); colormap('gray');

title(['Error Map, avg ssim: ' num2str((mean_ssim_cs),3) '+- std:' num2str((std_ssim_cs),3) ])

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title(['Error Map, avg ssim: ' num2str((mean_ssim_rr),3) '+- std:' num2str((std_ssim_rr),3) ])

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title(['Error Map, avg ssim: ' num2str((mean_ssim_so),3) '+- std:' num2str((std_ssim_so),3) ])

subplot(2,k,12); imagesc(5*abs(x_core - x),[0,xmax]); axis('image','off'); colormap('gray');

title(['Error Map, avg ssim: ' num2str((mean_ssim_core),3) '+- std:' num2str((std_ssim_core),3) ])

savefig(fig,fullfile(['study1_real',num2str(n_real),'_',datestr8601,'.fig']));

%% Saving data

save(['study1_real',num2str(n_real),'_',datestr8601]);

⛳️ 运行结果

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