生物系统学中的进化树构建和分析R工具包V

2. **加载V.PhyloMaker2**： 安装后，使用`library(V.PhyloMaker2)`命令来加载这个包。
3. **数据预处理**： 根据你的数据类型和格式，使用相应的函数进行数据导入和预处理。例如，如果你的数据是fasta格式的序列文件，可以使用`read.FASTA()`函数将其读入R。

 

导入数据：首先，你需要将你的序列数据导入到R中。这通常是以fasta或 nexus格式存储的。

library(ape)
sequences <- read.fasta(“your_file.fasta”)

#数据清理：检查并处理缺失数据、异质性（例如，核苷酸替换）、和错误。

查看是否存在任何缺失数据

sum(is.na(sequences))

如果存在缺失数据，可以考虑删除含有缺失数据的行

sequences <- sequences[!apply(sequences, 1, function(x) any(is.na(x))), ]

或者用某种方法填补缺失数据（例如，通过平均或中位数）

sequences[is.na(sequences)] <- median(sequences, na.rm = TRUE)

4. **多重比对**： 使用`muscle()`或其他比对函数对序列进行比对。

 

#序列对齐：对于DNA或蛋白质序列，你需要进行序列对齐。
aligned_sequences <- muscle(sequences)

#转换为距离矩阵：将对齐后的序列转换为距离矩阵，这通常是后续构建系统发育树的步骤。
dist_matrix <- dist.dna(aligned_sequences)

5. **进化树构建**： 使用`build.tree()`或其他相关函数，根据你的数据和研究目标选择合适的树构建方法。

 

假设您已经有了一个包含序列数据的数据框df，并且列名是物种名称

df <- data.frame(sequence1, sequence2, …, sequenceN)

或前面的 data_matrix

使用build.tree()函数构建进化树

这里的参数是假设的，实际参数需要参考V.PhyloMaker包的文档

tree <- build.tree(data = df(或data_matrix),
seq_type = “dna”, # 数据类型，可以是"dna"、“rna"或"protein”
method = “neighbor_joining”, # 构建树的方法，例如"neighbor_joining"（邻接法）或"maximum_likelihood"（最大似然法）
distance_method = “kimura”) # 距离计算方法，例如"kimura"（金氏距离）

6. **进化树优化**： 对构建的初步树进行优化，例如使用`optimize.tree()`函数。

 

假设你已经使用 build.tree() 建立了一个决策树模型

假设 tree_model 是你建立的模型

查看建立的树的概况

summary(tree_model)

根据交叉验证选择最佳的剪枝参数

prune_model <- prune.tree(tree_model)

查看剪枝后的树的概况

summary(prune_model)

如果需要，你可以根据需要进一步调整剪枝参数

7. **进化树可视化**： 使用`plot.tree()`函数将进化树可视化，并通过调整各种参数来定制图形。

 

可视化决策树并调整参数

plot(tree_model, type = “uniform”, fsize = 0.8, cex = 0.8, label = “all”)

添加各种参数以定制图形

plot(my_tree,
type = “fan”, # 树的类型，可以是"phylogram"（分支长度代表进化时间）、“cladogram”（所有分支长度相等）或"fan"（扇形树）
show.tip.label = TRUE, # 是否显示叶节点的标签
edge.width = 2, # 分支线的宽度
edge.color = “black”, # 分支线的颜色
tip.color = “blue”, # 叶节点的颜色
no.margin = TRUE, # 是否移除图形边框
cex = 0.8, # 标签的字体大小
font = 2, # 标签的字体类型
main = “My Evolutionary Tree”, # 图形的标题
sub = “Customized with plot() function”) # 图形的副标题

8. **树形数据分析**： 根据你的研究问题，选择相应的函数进行树形数据分析，如节点支持度评估、分支长度分析等。

 

安装并加载相关包

install.packages(“ape”)
install.packages(“phytools”)
library(ape)
library(phytools)

假设 tree 是你的树形数据

计算节点支持度

bootstrap_tree <- bootstrap.phylo(tree, FUN = your_function_for_tree, B = 100) # your_function_for_tree 是用于估计树的函数

生成共识树

consensus_tree <- consensus(bootstrap_tree)

计算树的相似性矩阵

coph_matrix <- cophenetic(tree)

绘制共演化历史图

cophyloplot(tree1, tree2)

## 补充分析示例：


树形数据分析可以使用R中的多个包来实现，例如`ape`、`phangorn`、`ggtree`等。下面是一个简单的示例代码，使用了`ape`包来进行树形数据分析。


首先，我们需要安装并加载`ape`包：

install.packages(“ape”)
library(ape)

接下来，我们可以根据需求读取树形数据。假设我们有一棵简单的进化树，包含5个物种，并且我们想要计算节点的支持度值：

创建一个简单的进化树

tree <- rtree(5)

先自我介绍一下，小编浙江大学毕业，去过华为、字节跳动等大厂，目前在阿里

深知大多数程序员，想要提升技能，往往是自己摸索成长，但自己不成体系的自学效果低效又漫长，而且极易碰到天花板技术停滞不前！

因此收集整理了一份《2024年最新Linux运维全套学习资料》，初衷也很简单，就是希望能够帮助到想自学提升又不知道该从何学起的朋友。

既有适合小白学习的零基础资料，也有适合3年以上经验的小伙伴深入学习提升的进阶课程，涵盖了95%以上运维知识点，真正体系化！

由于文件比较多，这里只是将部分目录截图出来，全套包含大厂面经、学习笔记、源码讲义、实战项目、大纲路线、讲解视频，并且后续会持续更新

需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！

正体系化！**

由于文件比较多，这里只是将部分目录截图出来，全套包含大厂面经、学习笔记、源码讲义、实战项目、大纲路线、讲解视频，并且后续会持续更新

需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！