Geom3D相关环境配置

来自这个论文：

Symmetry-Informed Geometric Representation for Molecules, Proteins, and Crystalline Materialshttps://arxiv.org/abs/2306.09375

来自这个仓库：

https://github.com/chao1224/Geom3D

之前按照README.md中的指导来安装我会出现这个问题：

AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'origin'

而且不知道为什么使用conda安装环境很慢……

所以尝试全部使用pip进行安装：

创建并激活环境：

conda create -n Geom3D python=3.7
conda activate Geom3D

安装rdkit、numpy、networkx、sklearn：

pip install rdkit
pip numpy networkx scikit-learn

安装pytorch（我选择1.12.1版本，可以根据自己的系统调整）：

# CUDA 11.6
pip install torch==1.12.1+cu116 torchvision==0.13.1+cu116 torchaudio==0.12.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu116

安装pyg：

pip install torch_geometric

根据pytorch版本安装pyg对应的相关库：

https://data.pyg.org/whl/这个网址下找到torch对应的版本

 https://data.pyg.org/whl/torch-1.12.1%2Bcu116.html这是torch1.12.1 cuda为11.6的对应whl安装网址

pip install pyg_lib torch_scatter torch_sparse torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.12.1%2Bcu116.html

下载其余的：

pip install ogb==1.2.1

pip install sympy

pip install ase

pip install lie_learn # for TFN and SE3-Trans

pip install packaging # for SEGNN
pip3 install e3nn # for SEGNN

pip install transformers # for smiles
pip install selfies # for selfies

pip install atom3d # for Atom3D
pip install cffi # for Atom3D
pip install biopython # for Atom3D

pip install cython # for pyximport 

pip install ogb sympy ase lie_learn packaging e3nn transformers selfies atom3d cffi biopython cython

最后那个py-xgboost-cpu我是没安装，先看看效果吧。