算法优化
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学术程稻属
中科院遗传发育所在读博士,研究水稻,关注植物免疫和群体遗传进化,经常摸鱼学生信。同名简书分享文献,欢迎围观~
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Boyer-Moore算法增强遍历DNA motif
Boyer-Moore遍历算法在基因组学领域,我们经常需要在海量的DNA数据库中进行motif的比对。在Rosalind问题中,小编曾经分享过一道寻找DNA motif的问题,详情可以回顾这篇博文:Finding a Motif in DNA。问题本身并不难,原文中使用一个for循环即可实现模式串(motif)的遍历。for循环遍历示意图如下:程序员写完很高兴,电脑要是会说话可就要抗议了。傻瓜式遍历带来的运算负荷在进行大规模计算任务时会急剧攀升。看似简单的逻辑背后其实有很大的提升空间。在这里我们介绍B原创 2022-05-21 10:34:58 · 258 阅读 · 0 评论 -
Java动态规划算法求解最大子数和问题
动态规划算法是求解决策最优解的重要算法。当我们遇到多阶段决策问题时,即某一阶段的决策会影响下一阶段的决策,动态规划算法能够形成一个决策序列,进而确定整个活动所执行的行动路线。而其中每一阶段的决策都依赖于上一步的决策,同时也影响着下一步的决策,故称动态规划。最大子数和问题如下:给定一个整数数组,找到一个具有最大连续子数和,返回其最大值。举个栗子,{1,-1,-2,2,3,4,5,6,-3}是一个整数型数组,1,-1,-2三个数是一个连续子数,但是这仨的和明显不如2,3,4,5,6这个连续子数和要大。...原创 2022-06-21 16:05:56 · 597 阅读 · 0 评论