第一次用代码做脑电数据预处理遇到的问题/自学脑电分析推荐参考文献

第一次用matlab处理数据、第一次做脑电数据分析、第一次直接用代码进行预处理分析操作……可谓问题百出，好在最后还是“顺利”跑出来了。现把我遇到的问题以及解决办法总结如下：

1、设置路径

脚本设置路径的前两行给了这样的代码：

DIR = fileparts(fileparts(mfilename('fullpath'))); 

Current_File_Path = fileparts(mfilename('fullpath'));

意思是一个用来设置main study directory（主要的研究目录），一个用来设置脚本以及其它要用到的文件所在的路径。

举例：我的路径需要是这样的：

DIR = 'F:\ERP_final_homework\ERN_LRP_data\ERP_CORE-master\ERN';

Current_File_Path = 'F:\ERP_final_homework\ERN_LRP_data\ERP_CORE-master\ERN\EEG_ERP_Processing';

一会要用到的所有被试的文件夹都在ERN文件夹下面（有初始的脑电数据集和最后存图所用的文件夹，预处理过程中生成的数据集等数据也存在各自被试文件夹下面），而使用的脚本和脚本里要用的文件，比如电极位置、储存着参数的excel等，都在EEG_ERP_Processing里。

PS. 一个可以注意的问题。matlab本身可以在菜单栏里设置路径。我认为这也是很有必要的，特别是如果两次数据分析之间用到的eeglab不一致，建议先点默认。再把用到的文件夹及其子文件添加进去。

两步都做好，我的路径就没有问题了～

 

2、可能是路径带来的问题——后面的代码运行完，前面定义的变量就消失了…

事情是这样的：

做循环前要定义一个被试变量：

SUB = {'18', '32'}

原脚本是1-40，即有40名被试。我只分析两名被试的数据：18号和32号。

到目前为止我设置了三个变量：DIR、Current_File_Path和SUB。

接下来是做循环，以第一个脚本为例（一套预处理流程的脚本作者按步骤分解为多个脚本），这个脚本用来加载数据、移动刺激事件出现潜伏期（考虑了电脑传输刺激的时间）、降低采样率、重参考、电极定位、滤波等：

for i = 1:length(SUB)

    %Open EEGLAB and ERPLAB Toolboxes

    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;

    %Define subject path based on study directory and subject ID of current subject

    Subject_Path = [DIR filesep SUB{i} filesep];

    %Load the raw continuous EEG data file in .set EEGLAB file format

    EEG = pop_loadset( 'filename', [SUB{i} '_ERN.set'], 'filepath', Subject_Path);

    [ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 1, 'setname', [SUB{i} '_ERN'], 'gui', 'off'); 

……（省略）

这里放入了数据载入之前的代码。问题就出在前面——第二步，eeglab一跑完，我开始设置的三个变量全没有了，提示我没有定义SUB……（无语时间）

解决办法1：我把开启eeglab这句代码注释掉，可以顺利跑下来，但后面做ICA时还是遇到了问题（见下文），所以不敢再改原作者的代码了。

解决办法2：但是第二次跑按照第1点里设置好路径问题这个问题就不存在了～

 

3、第一次ICA跑完之后，画出的地形图是空白。

提示：

error: no ICA data for this set, first run ICA

等于前面都白玩了。我怀疑是我对前面代码的改动导致的或多或少存在的问题。于是第二次跑，我不再注释掉eeglab。在路径那里也做了调整（见第1点）。

这些问题都处理之后，ICA的地形图自然就出来啦～～

 开心.jpg

 

PS. 后来请教师姐，eeglab这行代码是可以注释掉的。那么我猜问题可能是matlab本身路径那里没设置好，因为电脑里本来就存在其它版本的eeglab，以前也运行过，而且不小心添加了好多文件夹进去，可能路径太多了，前后会有些干扰？（持续学习中……有些不懂的问题还希望以后会慢慢逐个击破吧～）

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参考文献：

Kappenman ES, Farrens JL, Zhang W, Stewart AX, Luck SJ. ERP CORE: An open resource for human event-related potential research. Neuroimage. 2021;225:117465. doi:10.1016/j.neuroimage.2020.117465

脚本取自网站（见参考文献）：

https://github.com/lucklab/ERP_CORE

数据取自网站（见参考文献）：

https://doi.org/10.18115/D5JW4R