算法设计与分析之最长公共子序列

简介

最长公共子序列（LCS）是一个在一个序列集合中（通常为两个序列）用来查找所有序列中最长子序列的问题。一个数列 ，如果分别是两个或多个已知数列的子序列，且是所有符合此条件序列中最长的，则称为已知序列的最长公共子序列。 [1]
最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题，也是数据比较程序，比如Diff工具，和生物信息学应用的基础。它也被广泛地应用在版本控制，比如Git用来调和文件之间的改变。

算法

动态规划的一个计算两个序列的最长公共子序列的方法如下：
以两个序列 X、Y 为例子：
设有二维数组f[i,j] 表示 X 的 i 位和 Y 的 j 位之前的最长公共子序列的长度，则有：
f[1][1] = same(1,1);
f[i,j] = max{f[i-1][j -1] + same(i,j),f[i-1,j],f[i,j-1]};
其中，same(a,b)当 X 的第 a 位与 Y 的第 b 位相同时为“1”，否则为“0”。
此时，二维数组中最大的数便是 X 和 Y 的最长公共子序列的长度，依据该数组回溯，便可找出最长公共子序列。
该算法的空间、时间复杂度均为O(n^2)，经过优化后，空间复杂度可为O(n)

具体实现代码

#include <iostream>
#include <cstring>
using namespace std;
const int N = 1024;
int c[N][N], b[N][N];
char s1[N], s2[N];
int len1, len2;
void LCS()
{
	for (int i = 1; i <= len1; i++) {
		for (int j = 1; j <= len2; j++) {
			if (s1[i - 1] == s2[j - 1]) { 
				c[i][j] = c[i - 1][j - 1] + 1;
				b[i][j] = 1;//左上角
			}
			else {
				if (c[i][j - 1] >= c[i - 1][j]) {
					c[i][j] = c[i][j - 1];//上
					b[i][j] = 2;
				}
				else {
					c[i][j] = c[i - 1][j];//左
					b[i][j] = 3;
				}
			}
		}
	}
}
void LCS_PRINT(int i, int j)
{
	if (i == 0 || j == 0) {
		return;
	}
	if (b[i][j] == 1) {
		LCS_PRINT(i - 1, j - 1);
		cout << s1[i - 1];
	}
	else if (b[i][j] == 2) {
		LCS_PRINT(i, j - 1);
	}
	else {
		LCS_PRINT(i - 1, j);
	}
}
int main()
{
	cout << "请输入X字符串" << endl;
	cin >> s1;
	cout << "请输入Y字符串" << endl;
	cin >> s2;
	len1 = strlen(s1);
	len2 = strlen(s2);
	for (int i = 0; i <= len1; i++) {
		c[i][0] = 0;
	}
	for (int j = 0; j <= len2; j++) {
		c[0][j] = 0;
	}
	LCS();
	cout << "s1与s2的最长公共子序列的长度是：" << c[len1][len2] << endl;
	cout << "s1与s2的最长公共子序列是：";
	LCS_PRINT(len1, len2);
	return 0;
}