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RSS订阅原创 cellphonedb安装后显示-bash: cellphonedb: command not found
所以就是版本问题了……5.0.0版本不能直接用命令行交互了……因为这个折腾了一晚上，麻了。跟着以前的教程做了很久，在conda里面安装卸载安装卸载好几次，每次激活环境之后都是显示。去问gpt也是说cellphonedb是可以通过命令行进行交互的。
2024-04-08 21:53:30
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原创 双端测序文件SRA下载后无法正确处理为fastq
在处理某个单细胞测序的文件时遇到的这个问题，原文标注数据为双端测序，而无论是用prefetch命令或者直接通过链接下载SRR文件，在我的服务器应用fasterq-dump命令转换为fastq文件时，最终生成的结果只有一个SRR000000_1.fastq文件，看了很多文章说用--split-3或者--split-file又或者是--include-technical参数调整，折腾了好几天，结果依然没有变化，得到的fastq文件不能输入cellranger进行进一步分析。
2024-01-19 11:38:39
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空空如也
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