cellphonedb安装后显示-bash: cellphonedb: command not found

作者在升级Cellphonedb版本后遇到问题,5.0.0版本不再支持直接命令行交互,需通过Python接口。他们尝试使用Python环境安装并调用,发现与早期版本的命令行操作方式不同。
摘要由CSDN通过智能技术生成

跟着以前的教程做了很久,在conda里面安装卸载安装卸载好几次,每次激活环境之后都是显示

-bash: cellphonedb: command not found

去问gpt也是说cellphonedb是可以通过命令行进行交互的。

但是github上面说明文档里面的示例是用python写的:

from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_degs_analysis_method

cpdb_results = cpdb_degs_analysis_method.call(
        cpdb_file_path = cellphonedb.zip,
        meta_file_path = test_meta.txt,
        counts_file_path = test_counts.h5ad,
        degs_file_path = degs_file_path,
        counts_data = 'hgnc_symbol',
        active_tfs_file_path = active_tf.txt,
        score_interactions = True,
        microenvs_file_path = microenvs_file_path,
        threshold = 0.1,
        output_path = out_path)

而之前的版本,示例代码是这样:

cellphonedb method statistical_analysis test_meta.txt test_counts.txt

尝试了一下,用python3.6环境安装3.0.0版本的cellphonedb,安装完成后输入cellphonedb,回车,显示:

Usage: cellphonedb [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:
  --help  Show this message and exit.

Commands:
  database
  method
  plot
  query

所以就是版本问题了……5.0.0版本不能直接用命令行交互了……因为这个折腾了一晚上,麻了。

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