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RSS订阅原创 测序数据下载工具——aspera或prefetch从SRA或ENA数据库下载NGS测序原始数据的方法
我想我应该在这里添加一个评论，因为我相信这是一个更普遍的问题，仍然可能以其他方式发生，而不是上面解决的。这将转换SRR6232298.sra文件为两个FASTQ格式文件，即SRR6232298_1.fastq和SRR6232298_2.fastq。的模式，可以使用通配符来批量下载。这将压缩两个FASTQ文件为SRR6232298_1.fastq.gz和SRR6232298_2.fastq.gz。这将将SRR6232298.sra文件转换为三个FASTQ文件，并将它们保存到~/Seq目录中。
2023-11-28 01:40:25
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原创 bcftools的安装和使用已经bam to vcf 【bcftools】
以下内容均是在课堂中，根据老师讲解与帮助完成部分文件和内容由老师提供和准备多种安装方式中，老师已经帮我们提前安装好，这里就不再上机演示了，只演示bam to vcf 【bcftools】的步骤。
2023-11-28 00:21:05
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原创 短序列比对软件——bwa和bowtie2软件
因使用的是老师提供的账号，无sudo权限，老师已将下列软件提前帮我们安装好了，故安装步骤只提供了代码无上机演示图片序列文件为老师提前准备好的，直接复制过来使用的，但文中有给出如何自己获取序列文件。
2023-11-27 23:33:10
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原创 Linux（Ubuntu）上FastQC与MultiQC的安装与使用
是一个在生物信息学领域广泛使用的工具，用于对高通量测序数据进行质量控制。这是一个Java应用程序，需要一个Java运行环境（FastQC的结果只针对一个测序文件，如果想将多个测序文件的结果整合一块来看，可以尝试用MultiQC软件是一种基于Python的工具，用于整合和查看多种类型高通量测序数据的质量控制结果。
2023-10-21 22:42:45
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原创 Ubuntu中Anaconda的安装与使用
Anaconda提供了Jupyter Notebook，一个交互式的开发环境，用于编写和运行Python代码。创建不同版本的环境，并在其中安装不同版本的Python。安装程序会显示许可协议和安装说明。，其中"myenv"是环境名称，"python=3.8"指定了Python的版本。使用conda，你可以列出已安装的包、查找可用的包、卸载包、复制环境等。这是我创建用来下载存放生物软件课程上使用的软件与文件，方便我管理使用和查看，你可以用。安装完成后，关闭终端并重新打开一个新的终端，以便使环境变量的更改生效。
2023-10-20 17:08:59
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空空如也
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