Linux（Ubuntu）上FastQC与MultiQC的安装与使用

FastQC是一个在生物信息学领域广泛使用的工具，用于对高通量测序数据进行质量控制。这是一个Java应用程序，需要一个Java运行环境（JRE）。
FastQC的结果只针对一个测序文件，如果想将多个测序文件的结果整合一块来看，可以尝试用MultiQC软件
MultiQC是一种基于Python的工具，用于整合和查看多种类型高通量测序数据的质量控制结果。

安装

1. 安装Java Runtime Environment (JRE)和 Java Development Kit (JDK)

1.1. JRE和JDK

• Java有多种不同的实现；Open JDK和Oracle Java是Java的两个主要实现，它们之间几乎没有区别。
• Java Runtime Environment (JRE)： 由Java虚拟机JVM，类和二进制文件组成，提供环境让我们能够运行Java程序。
• Java Development Kit (JDK)：包含构建Java应用程序所需的JRE以及开发/调试工具和库，有些java程序运行的时候需要调用。

1.2. 安装

1.2.1. apt安装方式（有sudo权限）

• 需要sudo权限，可以在自己的虚拟机或服务器试
• 默认的Ubuntu 20.04软件源包含两个OpenJDK软件包：Java Runtime Environment JRE和Java Development Kit JDK。
• Ubuntu Server 20.04软件源提供的jre及其安装代码：

  sudo apt install openjdk-11-jre-headless  # version 11.0.20.1+1-0ubuntu1~20.04, or
  sudo apt install default-jre              # version 2:1.11-72
  sudo apt install openjdk-16-jre-headless  # version 16.0.1+9-1~20.04
  sudo apt install openjdk-17-jre-headless  # version 17.0.8.1+1~us1-0ubuntu1~20.04
  sudo apt install openjdk-8-jre-headless   # version 8u382-ga-1~20.04.1
  sudo apt install openjdk-13-jre-headless  # version 13.0.7+5-0ubuntu1~20.04
  

在Ubuntu安装JDK和JRE：

1. 安装

   sudo apt-get update
   sudo apt install openjdk-11-jre-headless -y
   sudo apt install default-jdk -y
   

2. 测试是否安装成功

   java -version
   javac -version
   

(安装成功可以不看这条)我在运行sudo apt install default-jdk -y时出现以下报错且安装失败:在查询实验多种方式后，用以下两种途径成功安装：

法一

参考文章https://blog.csdn.net/weixin_44120025/article/details/120934224

cd /etc/apt/apt.conf.d
sudo chmod 777 proxy.conf    #如果显示找不到该文件，就换种方法
sudo gedit proxy.conf        #弹出proxy.conf文件，删除里面的http那两行，保存关闭
sudo chmod 444 proxy.conf 

法二（换源）

参考文章https://blog.csdn.net/Leslie___Cheung/article/details/120885228

sudo cp /etc/apt/sources.list  /etc/apt/sources.list.bak  #备份原文件
sudo chmod 777 /etc/apt/sources.list                      #更改文件权限使其可编辑
sudo gedit /etc/apt/sources.list                          #打开文件进行编辑
#删除原来的文件内容，复制下面的内容到其中并保持
   deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
   deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
   deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
   deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
   deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
   deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
   deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
   deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
   deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
   deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse

安装成功

1.2.2. 预编译安装方式（没有sudo权限）

• 有些java软件要求特殊的jdk版本，需自行下载配置
• Oracle下载页面：https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/
• 参考文章：https://segmentfault.com/a/1190000038587476

2.下载安装FastQC

• 软件主页：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
• 下载页面：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

在Linux上安装FastQC具体过程如下：

1. 创建一个名为“Biosofts”的文件夹

   mkdir Biosofts      
   

2. 进入“Biosofts”文件夹

   cd ~/Biosofts
   

3. 从官方下载网站下载FastQC的最新版本

   wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
   

4. 解压缩下载的文件并检测是否解压成功

   unzip fastqc_v0.12.1.zip -d ~/Biosofts
   ~/Biosofts/FastQC/fastqc  -h
   

5. 将FastQC的路径添加到系统环境变量中并使其生效

   echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc 
   source ~/.bashrc
   

6. 通过输入fastqc -h来检查FastQC是否安装成功。如果出现帮助界面，则说明安装成功。

   fastqc -h
   

下面是我上机实操的运行画面

3.下载安装MultiQC

• multiqc官网：https://multiqc.info/
• multiqc软件包：https://github.com/ewels/MultiQC
• channel也可以用中科大的： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
• 除了conda，大家也可以试试pip安装
• 如果是conda安装，既可以在python3也可以在python2环境安装。

在Linux上使用Anaconda安装multiqc的过程如下：

1. 首先，确保已经安装了Anaconda。如果没有安装Anaconda，请参考我之前文章：Ubuntu中Anaconda的安装与使用

2. 打开终端，通过以下命令创建一个新的Python环境（我创建的名为"myenv"）：

   conda create -n myenv python=3.7
   

   这将创建一个新的Python 3.7环境，你也可以根据需要选择其他Python版本。

3. 激活新创建的环境：

   conda activate myenv
   

4. 接下来，使用以下命令安装multiqc和其依赖项：

   conda install -c bioconda multiqc
   #或者pip安装
   pip install --user multiqc -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
   

   这将从bioconda渠道中安装multiqc及其相关依赖项。bioconda是一个专门用于生物信息学软件的conda渠道。

5. 安装完成后，你就可以在该环境中使用multiqc了。

在创建和激活新的环境后，你可以使用conda list命令来查看已安装的软件包列表，以确保multiqc和其依赖项已成功安装。

运行画面

使用

在Linux中，fastqc和multiqc是两个用于质量控制和报告生成的常用工具。

1. FastQC：

• FastQC是一个用于快速检查测序数据质量的工具。
• 使用FastQC可以生成一个HTML格式的报告，其中包含有关测序数据的各种质量指标和图表。
• FastQC支持FASTQ格式的测序数据，可以分析单个文件或多个文件。
• 命令：fastqc input.fastq 或 fastqc input1.fastq input2.fastq。
• 实例
  我得到的html文件界面

2. MultiQC：

• MultiQC是一个用于整合多个质量控制结果的工具。
• 使用MultiQC可以将多个FastQC或其他质量控制工具生成的报告合并为一个整体的报告。
• MultiQC支持多种类型的报告，包括FastQC、Trimmomatic、Bowtie、BWA等。
• 命令：multiqc . 或 multiqc /path/to/folder.
• 实例得到的html文件界面

以上命令中，input.fastq是待分析的FASTQ格式文件，input1.fastq和input2.fastq是多个文件的示例输入。MultiQC的示例命令中，.表示当前目录，/path/to/folder是包含质量控制报告的文件夹路径。

3.获取测序数据

我后续会更新附带详细图片的获取过程

使用NCBI的网页界面搜索、浏览和下载数据步骤：

1. 访问NCBI网站：打开浏览器，访问NCBI，网址为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 。

2. 搜索数据：在NCBI的主页或相应数据库的页面上，使用搜索栏输入你想要查找的关键词、Accession号、物种名称等，然后点击搜索按钮。

3. 过滤结果：在搜索结果页面，你可以使用筛选器、限定条件和其他选项来缩小结果范围，以便找到你需要的数据。

4. 选择数据：在搜索结果中找到你需要的数据，点击相关条目查看详细信息。

5. 下载数据：在数据的详细信息页面，通常会有一个“Download”或类似的按钮或链接，点击它将会弹出下载选项。选择你想要的文件格式（如FASTA、FASTQ等）以及下载位置，然后开始下载。

这些步骤是笼统的，具体的步骤和界面可能因NCBI网站的更新而有所变化。可以多看看相关教学内容。

上述实机操作画面因为使用的不同方式与账号登录的Linux（带图形界面的是我自己电脑上操作，没有图形界面的是通过老师提供的账号与服务器远程操作的），界面图片和账号以及环境名称会有差别，但整体操作过程是相同的。