Materials Studio学习笔记（四）——分子建模

1 分子建模 

 本文学习笔记是参考B站UP主月只蓝的视频内容。

UP主的主页链接为

月只蓝的个人空间-月只蓝个人主页-哔哩哔哩视频

月只蓝的视频内容较为基础，适合初学者入门。

视频链接为： 【[月只蓝带你学Materials Studio] 建模篇 第3讲 晶体模型的构建-哔哩哔哩】

 1.1 晶体简介

晶胞可以分为两种，分为晶体晶胞和不定性晶胞。不定形的结构比较复杂。

构建晶体模型的必需的三方面信息。

• 对称性信息：即空间群，一共有230个空间群。
• 晶格常数：3个晶胞长度参数＋3个晶胞角度参数，共6个。
• 晶胞中原子类型及其三位坐标。

晶胞可以想象为长方体，长宽高就是晶格长度参数，凌和凌之间有夹角，这个夹角就是晶胞角度参数。在晶胞里面原子的三维坐标，缺一不可。 

​

如何通过网站获取这些必要信息呢？

（1）对于无机晶体：ICSD（The Inorganic Crystal Structure Database）

特点：海量无机晶体数据，包括常见金属、氧化物、矿物的数据、数据集成在软件Findit中。

（2）有机晶体：CSD（Cambridge Structural Database）

特点：海量的有机晶体数据，常见的有机物、药物、聚合物晶体、MOF、COF的数据。数据集成在CCDC中。

（3）矿物晶体：矿物晶体：AMCSD（美国矿物晶体结构数据库）网站

网站地址为：American Mineralogist Crystal Structure Database 

常见的矿物包括：蒙脱石、高岭石、石膏、云母、叶蜡石等等。

（4）晶体结构＋计算数据：Materials Project网站 https://materialsproject.org/

（5）沸石、分子筛：IZA网站【[月只蓝带你学Materials Studio] 建模篇 第3讲 晶体模型的构建-哔哩哔哩】

（6）新合成的晶体，从SCI正文、附件中获得或者尝试联系作者获得。

（7）自己合成的全新晶体：培养单晶，做XRD测试，再解晶体。

1.2 晶体建模实际举例

有两种方式检查晶体结构的信息。

对于手动方法，需要了解空间群、空间群号、晶体常数和原子坐标。

1.2.1 NaCl晶体

绘制NaCl晶体有两种方法，首先是使用手动方式，另一种是使用CIF文件的方式。

（1）使用手动方式

下面以NaCl为例。首先打开Findit软件（Findit软件需要收费，需自行下载），点击左下角将Type从Normal变为ExclusiveAND。

我们要搜索NaCl晶胞，首先点击Na原子按钮，然后点击Cl原子按钮，然后点击Search按钮：

​

可以看出出现了很多结果，以第一个为例，点击第一个方框，就得到了下面这些数值：

​

在晶格常数中，前三项为晶格长度，后面三项为角度。 

​

将关键信息进行总结得：

​

下面打开Materials Studio软件开始绘制晶体。

首先点击上方Build选项栏中Crystals，再点击Build Crystal：

​

形成如下晶胞：

​

 然后开始添加原子，点击上方Buiild选项栏中Add Atoms：

​

进入下面这个界面，再这个界面进行选择元素和坐标。如下所示：

​

a、b和c栏表示Na的坐标，全部设置为0。而元素选择可以直接电路Element栏中旁边的省略号进入下面这个界面：

​

 直接点击Na，点击OK即可。

而Cl的操作是相同的，只需要注意要将Cl的坐标设置为(0.5,0.5,0.5)，最终晶体模型如下所示：

​

（2）或者使用导入cif文件。

打开Findit软件，选择合适想要模拟的晶胞，如下所示：

​

 点击File选项中Export Checked Long View：

​

将文件进行保存，注意文件的保存路径要为英文，并且文件保存类型的CIF：

​

打开文件夹， 鼠标点击CIF文件，点击复制。打开Materials Studio软件，右击molecule选择Paste，最终结果如下所示：

​

（2）​晶体

首先打开Findit软件，点击Ba、S和O元素：

​

得到如下选项，选择第一个：

​

得到如下结果：

​

​

总结为：

​

绘制晶胞的骨架如下所示：

​

最终结果为：

​