Day3-木婉清-miniconda-2024.1.31

一、Conda-miniconda-Anaconda （linux的应用商店）

二、安装miniconda

step1 获取脚本

方式一：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 用wget下载这个，从网络下下载资源并默认为当前目录，下载了一个安装包的sh脚本

方法二：
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft（复制老师的到当前目录下）
【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

step2 运行脚本去安装Miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 运行
下载过程遇到press就写q，遇到yes写yes
注意最后要激活

source ~/.bashrc

conda下载包的源泉/厂家，Bioconda生物信息，conda-forge 一些开源包，用的北外镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #显示下载的路径源头，这个包来自哪里

三、使用miniconda

conda list(查看已有的包）
安装fastqc
conda install fastqc -y
conda install fastqc=0.11.7 -y(制定版本，-y是yes的意思，就是说运行过程任何有yes地方回答yes
输入fastqc --help 若有一大段东西说明成功安装
出现base说明在conda了

conda install -c bioconda fastqc 用这个代码装成功了

四、conda环境

4.1介绍：为什么要有这个环境
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
–别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。理解就是一个conda 分身，每个都有各自任务的包

4.2 先看conda环境： conda info --envs(前面带有*就是当前激活的）

4.3 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

4.4创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs

4.5 激活rnaseq环境
conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解：这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看）

4.6 退出
退出当前环境，就运行conda deactivate

上述代码均来自生信星球花花老师，感谢老师的辛苦付出，谢谢老师