一、Conda-miniconda-Anaconda (linux的应用商店)
二、安装miniconda
step1 获取脚本
方式一:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 用wget下载这个,从网络下下载资源并默认为当前目录,下载了一个安装包的sh脚本
方法二:
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft(复制老师的到当前目录下)
【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】
sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。
step2 运行脚本去安装Miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 运行
下载过程遇到press就写q,遇到yes写yes
注意最后要激活
source ~/.bashrc
conda下载包的源泉/厂家,Bioconda生物信息,conda-forge 一些开源包,用的北外镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #显示下载的路径源头,这个包来自哪里
三、使用miniconda
conda list(查看已有的包)
安装fastqc
conda install fastqc -y
conda install fastqc=0.11.7 -y(制定版本,-y是yes的意思,就是说运行过程任何有yes地方回答yes
输入fastqc --help 若有一大段东西说明成功安装
出现base说明在conda了
conda install -c bioconda fastqc 用这个代码装成功了
四、conda环境
4.1介绍:为什么要有这个环境
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
–别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。理解就是一个conda 分身,每个都有各自任务的包
4.2 先看conda环境: conda info --envs(前面带有*就是当前激活的)
4.3 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.4创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,conda info --envs
4.5 激活rnaseq环境
conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面;
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着,你可以输入fastqc试试,如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了(了解:这些是帮助信息,你只输入了一个软件名称,没有给他跟上操作对象,所以他不会执行命令,就给你显示帮助文档让你看看)
4.6 退出
退出当前环境,就运行conda deactivate
上述代码均来自生信星球花花老师,感谢老师的辛苦付出,谢谢老师