conda安装最新版的salmon出现冲突报错

本文讲述了用户在尝试使用conda安装最新Salmon版本时遇到冲突,通过查找资料发现可能是由于源库版本不足。作者采取了安全策略,添加了清华大学镜像源,解决了libgcc-ng版本问题,并在独立环境中成功安装了Salmon1.10.2。

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想用conda安装最新版本的的salmon出现报错

conda Found conflicts! Looking for incompatible packages  

之后是

ResolvePackageNotFound

libgcc-ng[version='>=12']

在网上查资料没有解决,问chatGPT说是要更新conda

再从网上查,发现更新conda有一定风险,因为担心现有其他安装环境崩溃,没有敢直接conda update conda

使用

conda search libgcc-ng

发现没有最高版本也是11开头的,没有12,

推测是现在的conda源没有更高版本的libgcc-ng

于是决定添加conda源

在网上找博客,随便测试了一个清华源

conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

(备注,使用命令conda config --show-sources 可以看现有源有哪些)

添加了清华源后,再看libgcc-ng的版本就有大于11的了

再执行

conda install -c bioconda salmon=1.10.2

没有冲突报错了,顺利安装成功

还好没有更新conda或者做conda clean等风险操作~

备注:先为软件创建自己的环境,激活进入自己的环境后再安装哈

conda create --name salmon

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