conda如何安装R包

已于 2022-08-09 14:21:38 修改
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分类专栏： conda 文章标签： r语言
于 2022-06-15 09:31:04 首次发布
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conda install r-ggplot2

以【r-R包名】的方式用conda安装R包

其他

conda创建R的环境

conda create -n R3.5
source activate R3.5
conda install r-base=3.5.1

以R3.5.1为例，用【r-base=3.5.1】的方式安装R

conda 退出和删除环境

conda deactivate
conda remove --name R3.5  --all

参考博客：

如何使用conda安装R和R包 - 简书

蒸饺不是很沾
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conda-r-python-snakemake:通过Conda使用R，Python和Snakemake进行可重现的分析
03-13
在Conda环境中安装R，Python和Snakemake 通过Conda使用R，Python和Snakemake进行可重现的分析 该存储库包含安装脚本，用于自动安装R，Python和Snakemake以及在conda环境中用于生物信息学和数据科学项目的其他软件。 安装程序将安装1）r-base和r-essentials，2）python，JupyterLab和核心SciPy软件包，以及3）Snakemake工作流管理系统，允许在本地，群集和云平台上进行交互式或批处理分析。 安装程序还将通过创建以下项目来简化conda env中R的设置：项目级别的.Rprofile和.Renvironment文件，用于在R中设置项目级别的工作目录的.here文件，以及用于临时安装R的外部R库目录R软件包尚未在conda-forge或bioconda渠道上发布。 重要的是，当将R与conda一起使用时
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常用的conda操作命令，方便查询与学习 Conda是一个开源跨平台语言无关的包管理与环境管理系统。由“连续统分析”（Continuum Analytics）基于BSD许可证发布。 Conda允许用户方便地安装不同版本的二进制软件包与该计算平台需要的所有库。还允许用户在不同版本的包之间切换、从一个软件仓库下载包并安装。 Conda是用Python语言开发，但能管理其他编程语言的项目（如R语言），包括多语言项目。Conda可安装Python语言的包，类似于其他基于Python的跨平台包管理器（如wheel或pip）。 一些基于Conda的工具软件： Bioconda，用于计算生物学。 Anaconda Miniconda Anaconda Repository.
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conda安装指定版本R
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06-22 5477
①确保miniconda3安装成功；②明确要安装的版本，且在miniconda中存在（conda search r-base ）配置R的CRAN和Bioconducter。通过在指定位置创建文件Rprofile.site。若是想在非R4.1.2conda环境中使用这个R，使用alias。#配置完成，安装使用R即可。
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conda配置R虚拟环境及导入R包
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如果需要debug需要安装vscDebugger，安装方式如下图所示（参考文献【4】），如果安装的时候报错见参考文献【2】。推荐使用anaconda或者miniconda，创建虚拟环R_env境然后安装R；第七条：的具体操作见参考文献【5】【8】
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详解Anconda环境下载python包的教程（图形界面+命令行＋pycharm安装）
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一：图形界面安装 1、打开Anconda ...3、 ...4、 ...   5、点击Apply然后等待安装完成。...二、命令行（程序员都是这么搞的）  1、直接同时按Windows＋R ...4、等待安装完成。...这几种方式可以安装python的所有包，django只
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在linux系统、conda环境下配置R软件及R包（内含fatal error: glpk.h: No such file or directory不完全解决办法:(
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04-10 702
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2023.11.1用conda安装R环境，并下载Seurat包过程记载
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11-01 1641
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