r语言安装r包

首先根据r包存储的地方，就可以分为三种下载方式

cran，bioconductor还有GitHub。bioconductor一般都是生物信息方面的R包。github是代码的托管平台，很多软件，多种语言的程序包也都在这里发布。

CRAN

// CRAN里的r包下载代码
install.packages("dyplr")

注意

1. 这种方法只能够下载cran里的r包，如果r包在github上那就下载不了。
2. 有时候需要更改镜像，也就是说cran在全球的各地都设置了镜像网站可以解决跨地区网络的问题。这个命令使用的默认的下载地址，也就是cran官网。

// 更改镜像
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

注：前一个是更改cran镜像，后一个是更改bioconductor的镜像。最好每次下载r包前更改镜像

bioconductor

在biocondcutor上的r包需要先下载BiocManager包，然后使用BiocManager.install()

// 下载bioconductor上的r包
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager.install("survival")

注 此种安装方法也需要更改镜像。
注 还有就是以前安装bioconductor的包都用srouce命令+bioLite或者BiocInstaller包。大概18年以后，都开始使用BioManager方式安装。

GitHub

这种方法也需要先安装devtools包，进而安装GitHub中的r包

// 下载GitHub上的r包
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("yulab-smu/yulab.utils")##安装的是Y叔的包，后面会说到

其他安装方式

一般来说，接下来只要等着就可以了。有时会因为依赖包而失败。那么就需要你在报错中，找到依赖包，先下载依赖包，再安装需要安的r包。一般这种r命令安装方式就会先安装依赖包。
还有一种错误，是因为需要安装rtools。
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html
这个是各个版本的rtools下载地址。安装时，一定要勾选添加rtools到环境变量。

如果还是安装失败的话，可以去r包所在的网址，下载压缩包。然后在用install.packages命令加载。或者用rstudio上的tools的install package。不过，这种方法不会自动安装依赖包。所以启用包的话，就会失败。

最后，关于GitHub的r包，Y叔开发了r包可以下载。就是在devtool展示的R包。可以非常方便下载。推荐去试一试。
安装命令是，install_zip_gh