Mars936的博客

GROMACS: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme VerletGROMACS 2018版以上，在进行非周期性模拟时，mdp文件cut-off scheme= Group时，跑动力学会出现如题错误提示，使动力学无法进行，这时并不是输入文件的错误，而是OpenMP threads设置的问题，可以在bashrc关闭之，即设置

macOS下VMD的设置VMD官网下载vmd194a51-macx86_64.dmg双击进入VMD，可以将VMD拷贝到mac的应用程序中打开终端，进入VMD→Applications→VMD 1.9.4a51-x86_64-Rev9.app→Content→vmd输入vim .vmdrc，就可以编辑.vmdrc文件，根据自己的需要进行设置，保存退出即可要从应用程序中打开程序，不要从程序坞中进入程序，否则程序闪退。Make a Little Progress Every Day！...

关于VMD绘制盒子边框并更改颜色和粗细的问题命令：pbc box -color -width说明：2.1 vmd默认，即输入pbc box后：2.2 自定义，如边框为黄色，边框为5：pbc box -color yellow -width 5Make a Little Progress Every Day！...

CentOS 7下安装Grace其实已有不少安装Grace的blog了，基本都是下载安装包进行安装的，顺利的话就不说了，常会出现一些无法解决的错误，例如：configure: error: M*tif has not been found尝试安装openmotif或者lesstif都不成功的，可以试试：yum install grace同样是5.1.25版，就别费劲非得自己安装了。Make a Little Progress Every Day！...

CentOS 7下VMD的安装及.pdb文件的导出VMD的安装tar xzvf vmd-1.9.4a51.tar.gzcd vmd-1.9.4a51./configurecd srcmake install碳纳米管为例导出.pdb文件2.1 创建碳纳米管2.2 调整碳纳米管，排列方式，直径与长度2.3 在VMD main界面，右键点击显示的文件，选择save Coordinates…根据需要选择Selected atoms和File type，然后Save…即可。Ma

Centos 7安装Notepad++安装snapsudo yum install snapd安装notepad++snap install notepad-plus-plus如提示连接错误：systemctl restart snapd.service成功安装后，在Applications→Accessories里出现Notepad++图标（没有的话重启），运行之（确保snap连接，点击没反应，运行systemctl restart snapd.service后再试），出现w

CentOS 7安装Packmol安装方法：tar -xvzf packmol.tar.gzcd packmolmake如提示找不到编译器：chmod +x ./configure./configure /path/to/your/compiler/yourcompilermake如出现类似.rodata' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC的错误提示：make -no-piMa

产生小分子拓扑文件的方法：acpype和ambertools的安装简单且在centos 7测试不会出错：acpype的安装：pip install acpypeambertools的安装，不要安装最新版21，会报错：conda install -c conda-forge ambertools=20Make a Little Progress Every Day！...