2021-10-05

最新推荐文章于 2025-04-30 16:11:32 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： bash
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版权

CentOS 7下VMD的安装及.pdb文件的导出

  1. VMD的安装
tar xzvf vmd-1.9.4a51.tar.gz
cd vmd-1.9.4a51
./configure
cd src
make install
  1. 碳纳米管为例导出.pdb文件
    2.1 创建碳纳米管
    在这里插入图片描述
    2.2 调整碳纳米管，排列方式，直径与长度
    在这里插入图片描述
    2.3 在VMD main界面，右键点击显示的文件，选择save Coordinates…
    在这里插入图片描述
    根据需要选择Selected atoms和File type，然后Save…即可。
    在这里插入图片描述
    Make a Little Progress Every Day！
实验电镜距离测量之Matlab处理
Rockyoung
06-29 669
在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？
Remake_save_2021-09-16T15.43 05.284Z.json
09-16
本人玩的修仙存档，固定天赋小盒子，重开129次，成就87个，事件50%，天赋75%。休闲次数大概7次，最多一次500岁，但是没渡劫。
VMD 对已经建好的模型进行图片输出
dabaicai_520的博客
04-17 6542
（此过程若是新的Rep中原子比老的Rep中的Rep原子大，则会覆盖，否则不会覆盖，那就需要删除老的Rep；7. 至于其他原子的颜色大小，键的粗细，都可以在Graphics Representations中进行更改，新的Rep中的参数之后比老的Rep中的参数大时才会覆盖之前的，OpenGL Display中显示的才会有相对应的改变，若是新Rep和老的Rep中的参数相同，虽然OpenGL Display 中也会有相对应的改变，但是如果调整分辨率时，可能会出现新老Rep混合的现象。
MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换
lisa25496的博客
04-20 1万+
MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换 第一次发博文，通过这样的形式把自己的学习过程记录下来。也希望对大家有所帮助。 1 .xsd-.pdb 这部分操作比较简单，主要是在MS中完成。通过MS的export，将.xsd直接转换为,pdb文件。 2 .xsd-.data 此处需要lammps中的小插件——ms2lmp。注意这里是在windows下运行的，所以不需要...
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
iiiridescent的博客
03-06 3856
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程
recher_He1107的博客
04-01 1万+
标题转载来源于 san’s note 来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大 本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。 一、介绍 可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...
.var amout = { '2021-10-01': 0, '2021-10-02': 0, '2021-10-03': 0, '2021-10-04': 0, '2021-10-05': 0, '2021-10-06': 0, '2021-10-07': 0, '2021-10-08': 2.2, '2021-10-09': 2.5, '2021-10-10': 0, '2021-10-11': 0, '2021-10-12': 0, '2021-10-13': 0, '2021-10-14': 0, '2021-10-15': 0, '2021-10-16': 0, '2021-10-17': 0 }; 将对象转换为 var arr = [ { '2021-10-01': 0 }, { '2021-10-02': 0 }, { '2021-10-03': 0 }, { '2021-10-04': 0 }, { '2021-10-05': 0 }, { '2021-10-06': 0 }, { '2021-10-07': 0 }, { '2021-10-08': 2.2 }, { '2021-10-09': 2.5 }, { '2021-10-10': 0 }, { '2021-10-11': 0 }, { '2021-10-12': 0 }, { '2021-10-13': 0 }, { '2021-10-14': 0 }, { '2021-10-15': 0 }, { '2021-10-16': 0 }, { '2021-10-17': 0 } ]
03-14
我可以回答这个问题。您可以使用 Object.entries() 方法将对象转换为数组，然后使用 Array.map() 方法将每个键值对转换为一个对象。以下是代码示例： ``` var arr = Object.entries(amout).map(([key, value]) => ...
2021-sc-web-05-band:2021-sc-web-05-band
03-25
标题和描述中提到的"2021-sc-web-05-band:2021-sc-web-05-band"可能是指一个项目或者课程的代码库，可能是关于Web开发的某个阶段或主题，但具体信息不够明确。不过，标签中提到了"CSS"，这代表我们将重点讨论CSS...
CBM219X UMPToolV7200(2021-04-26).zip
07-06
10. **用户文档**：通常，这样的工具会附带详细的用户手册和帮助文档，指导用户如何正确使用各项功能。 CBM219X UMPToolV7200的压缩包中可能包含了执行程序、配置文件、更新包、用户手册等多个文件，用户在使用前...
Analytics-Journal-Never-2021-10-15-080348.ips.ca.synced
10-23
Analytics-Journal-Never-2021-10-15-080348.ips.ca.synced
基于VMD的分子动力学建模（1）
2301_81713206的博客
04-28 657
5、读取并MD执行tcl脚本-source，会在文件中输出lammps文件（这是建立的CNT碳纳米管）6、打开lammps文件，修改原子信息。把分子ID全部是设置为“1”3、cd打开文件夹cases-silicom_nitridde。“ctrl+F”查找，正则表达式用.*替换字符，注意空格问题。1、打开VMD-Extension——Tk Console。2、pwd查看当前路径。4、列出所有文件-ls。
VMD-合并模型与生成data文件
weixin_30856965的博客
01-07 2077
一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不包含键能，键长，键角的信息，需要自己参考文献，手动输入。 #在使用时加入-ignore参数就可以自己输入了。 转载于:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/1...
关于VMD相关介绍（一）
hdpai2018的博客
10-18 4395
文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/SyZX3UZaqb6aPJQHYdx4rA 能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。这种专业级的可视化软件不仅能够做出非常漂亮的图片，它还有强大的插件支持各种各样的蛋白质结构分析。 下面给大家介绍一个功能强大的免费蛋白质三维结构可视化软件VMD 。VMD 由伊利诺伊大学研发。下载 VMD 需要先注册获得一个账户，之后就可以根据你的操作系统和机器配置选择合适的版本下载了。当然， 如前所述，注册和下载对于非商业用途的
VMD常用命令（转载）
Phd丨jay的博客
06-03 2万+
VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 *****一些额外内容*****VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VM...
“无法查找或打开PDB文件”解决办法
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子丰在使用VS2013调试运行程序时提示“无法查找或打开PDB文件”： 解决办法： 1. 在VS2013的菜单栏，选择【工具】->【选项】。 2. 在选项窗口中，选择【调试】->【常规】，然后在右侧的窗口中勾选“启用源服务器支持”。 3. 在选项窗口中，选择【调试】->【符号】，然后在右侧的窗口中勾选“Microsoft符号服务器”。 4. 单
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