2021-10-05

最新推荐文章于 2023-06-12 17:12:44 发布
最新推荐文章于 2023-06-12 17:12:44 发布
阅读量1.6k 收藏
点赞数 1
分类专栏： 分子动力学 文章标签： bash
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Mars936/article/details/120612640
版权

CentOS 7下VMD的安装及.pdb文件的导出

  1. VMD的安装
tar xzvf vmd-1.9.4a51.tar.gz
cd vmd-1.9.4a51
./configure
cd src
make install
  1. 碳纳米管为例导出.pdb文件
    2.1 创建碳纳米管
    在这里插入图片描述
    2.2 调整碳纳米管，排列方式，直径与长度
    在这里插入图片描述
    2.3 在VMD main界面，右键点击显示的文件，选择save Coordinates…
    在这里插入图片描述
    根据需要选择Selected atoms和File type，然后Save…即可。
    在这里插入图片描述
    Make a Little Progress Every Day！
Madi20240106
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
Analytics-Journal-Never-2021-10-15-080348.ips.ca.synced
10-23
Analytics-Journal-Never-2021-10-15-080348.ips.ca.synced
Remake_save_2021-09-16T15.43 05.284Z.json
09-16
本人玩的修仙存档，固定天赋小盒子，重开129次，成就87个，事件50%，天赋75%。休闲次数大概7次，最多一次500岁，但是没渡劫。
阿里巴巴普惠体 V2.0 2021-05-10
06-15
阿里巴巴普惠体 V2.0 20210510
gcc-linaro-11.2.1-2021.10-x86_64_aarch64-linux-gnu.tar.xz
12-21
AARCH64　交叉编译工具链 gcc-linaro-11.2.1-2021.10-x86_64_aarch64-linux-gnu.tar.xz
VMD使用
快乐学术猿
06-29 9926
目录VMD使用打开data文件周期性显示问题原子选择移动原子导出图片导出data文件 VMD使用 打开data文件 在Extensions/Tk Console中，先cd到data文件所在地址，键入：topo readlammpsdata filename.data 周期性显示问题 显示盒子边界: pbc box 模型in-cell显示: pbc wrap -all 取消in-cell显示: pbc unwrap -all 原子选择 选择同一类型的原子: atomselect top "type 1" 移动
VMD 对已经建好的模型进行图片输出
dabaicai_520的博客
04-17 2981
（此过程若是新的Rep中原子比老的Rep中的Rep原子大，则会覆盖，否则不会覆盖，那就需要删除老的Rep；7. 至于其他原子的颜色大小，键的粗细，都可以在Graphics Representations中进行更改，新的Rep中的参数之后比老的Rep中的参数大时才会覆盖之前的，OpenGL Display中显示的才会有相对应的改变，若是新Rep和老的Rep中的参数相同，虽然OpenGL Display 中也会有相对应的改变，但是如果调整分辨率时，可能会出现新老Rep混合的现象。
实验电镜距离测量之Matlab处理
Rockyoung
06-29 460
在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？
MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换
lisa25496的博客
04-20 1万+
MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换 第一次发博文，通过这样的形式把自己的学习过程记录下来。也希望对大家有所帮助。 1 .xsd-.pdb 这部分操作比较简单，主要是在MS中完成。通过MS的export，将.xsd直接转换为,pdb文件。 2 .xsd-.data 此处需要lammps中的小插件——ms2lmp。注意这里是在windows下运行的，所以不需要...
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
iiiridescent的博客
03-06 2299
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
基于DVMD-NNetEn-CEEMDAN-HPOBP-AVOALSSVM的碳排放混合预测研究（Matlab代码实现）
最新发布
weixin_46039719的博客
06-12 258
因此科学合理进行碳排放预测，制定碳达峰的时间表、路线图迫在眉睫。混合预测模型即在一个模型中耦合自上而下宏观分析与自下而上的部门分析，其可以对整个能源系统（从能源开采到终端消费）进行模拟和预测，同时对经济系统的发展演化进行模拟分析，并实现能源系统与经济系统之间的反馈联系。[1]沙爱敏,陈婷,吕凡任,王晓东.基于组合预测模型的交通碳排放量预测研究[J].节能,2023,42(01):72-75.碳排放预测作为碳达峰碳中和工作的理论依据和研究基础，其预测准确度直接影响地区“双碳”目标与政策的制定。
2021-5-7.txt
08-04
长江武汉段AIS暗码，供大家解码学习使用（其实我就是想赚点积分555）
VMD常用命令（转载）
Phd丨jay的博客
06-03 2万+
VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 *****一些额外内容*****VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VM...
VMD-合并模型与生成data文件
weixin_30856965的博客
01-07 1843
一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不包含键能，键长，键角的信息，需要自己参考文献，手动输入。 #在使用时加入-ignore参数就可以自己输入了。 转载于:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/1...
利用VMD在Unity中展示蛋白质的球棍模型和飘带模型
xy_learning的博客
01-23 6997
VMD看似轻巧，可是却是非常强大的蛋白质可视化软件，有点类似Blender短小精悍~ 之前导师（做生物的）让我做一个展示内容，要能用VR来观察蛋白质分子的各种形态，以及他们的动画，于是我就简单研究了一下，借助师兄师姐的帮助，在这里做一个简单的总结。VR部分我就不说了。 首先，在PDB数据库（http://www.rcsb.org/）中下载你想要的蛋白质，主要，下载蛋白质的PDB文件，然后导入V...
VMD建模得到模型
weixin_30391339的博客
01-07 2366
.Download 1.American Mineralogist Crystall Structure Database ：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 下载AMC文件——导入Vesta，导出VMD支持文件，如pdb文件——导入VMD三种方式：1.pdb文件直接拖到display视图窗口；2.直接拖到VMD Main页面；3.Fil...
VMDNAMD命令规则（转载）
weixin_30650039的博客
05-05 673
输出体系的整个带电量：measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件：pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量：measure sumweights $all weight mass 体系总电荷：measure sumweights $...
AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程
recher_He1107的博客
04-01 1万+
标题转载来源于 san’s note 来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大 本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。 一、介绍 可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...
关于VMD相关介绍（一）
hdpai2018的博客
10-18 3785
文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/SyZX3UZaqb6aPJQHYdx4rA 能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。这种专业级的可视化软件不仅能够做出非常漂亮的图片，它还有强大的插件支持各种各样的蛋白质结构分析。 下面给大家介绍一个功能强大的免费蛋白质三维结构可视化软件VMD 。VMD 由伊利诺伊大学研发。下载 VMD 需要先注册获得一个账户，之后就可以根据你的操作系统和机器配置选择合适的版本下载了。当然， 如前所述，注册和下载对于非商业用途的
“无法查找或打开PDB文件”解决办法
热门推荐
子丰的博客
11-23 2万+
子丰在使用VS2013调试运行程序时提示“无法查找或打开PDB文件”： 解决办法： 1. 在VS2013的菜单栏，选择【工具】->【选项】。 2. 在选项窗口中，选择【调试】->【常规】，然后在右侧的窗口中勾选“启用源服务器支持”。 3. 在选项窗口中，选择【调试】->【符号】，然后在右侧的窗口中勾选“Microsoft符号服务器”。 4. 单
.var amout = { '2021-10-01': 0, '2021-10-02': 0, '2021-10-03': 0, '2021-10-04': 0, '2021-10-05': 0, '2021-10-06': 0, '2021-10-07': 0, '2021-10-08': 2.2, '2021-10-09': 2.5, '2021-10-10': 0, '2021-10-11': 0, '2021-10-12': 0, '2021-10-13': 0, '2021-10-14': 0, '2021-10-15': 0, '2021-10-16': 0, '2021-10-17': 0 }; 将对象转换为 var arr = [ { '2021-10-01': 0 }, { '2021-10-02': 0 }, { '2021-10-03': 0 }, { '2021-10-04': 0 }, { '2021-10-05': 0 }, { '2021-10-06': 0 }, { '2021-10-07': 0 }, { '2021-10-08': 2.2 }, { '2021-10-09': 2.5 }, { '2021-10-10': 0 }, { '2021-10-11': 0 }, { '2021-10-12': 0 }, { '2021-10-13': 0 }, { '2021-10-14': 0 }, { '2021-10-15': 0 }, { '2021-10-16': 0 }, { '2021-10-17': 0 } ]
03-14
我可以回答这个问题。您可以使用 Object.entries() 方法将对象转换为数组，然后使用 Array.map() 方法将每个键值对转换为一个对象。以下是代码示例： ``` var arr = Object.entries(amout).map(([key, value]) => ({ [key]: value })); ```

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值